Легаспи объявил Манилу городом в 1571 году. Испанская историография изображает его основателем этого города, однако на самом деле и до прихода испанцев Манила была оживленным торговым центром. Рассказы о ее богатствах возбудили воображение колониального наемника, обосновавшегося в Себу. Он строил Манилу на развалинах мусульманского княжества раджи Солимана. В последующие годы над ней развевалось много разных флагов.
В 1574 году сюда вторглись китайцы; в 1600, 1614 и 1617 годах нападали голландцы; с 1762 по 1764 год Манилу оккупировали британские войска; с 1898 по 1946 год Филиппины были колонией США; в 1942–1945 годах их оккупировала Япония.
В боях за освобождение во время второй мировой войны Манила была почти полностью разрушена, сохранились лишь отдельные постройки колониальной архитектуры, в которой заметно испанское римско-католическое влияние.
Столица сильно разрослась вокруг старого городского центра Интрамурос и глубоко вторглась в пределы провинций Рисаль и Булакан. Отсюда вдоль побережья Манильского залива до провинции Рисаль и дальше до манильского аэропорта протянулся бульвар Рохаса. За последние годы эта великолепная улица стала неузнаваемой: человек отвоевал у моря землю, и Манила получила в свое распоряжение еще несколько квадратных километров. Культурный центр и новые здания отелей, построенные в конце 70-х годов, изменили силуэт столицы. Еще в 1971 году волны Манильской бухты часто перекатывались через невысокие парапеты набережной и затопляли бульвар. Теперь можно лишь догадываться о том, что когда-то здесь все покрывала вода; суда встают на якорь далеко в море. Процесс отвоевания земли у моря не прекращается — Манила все больше наступает на бухту. В то время бульвар Рохаса славился многочисленными увеселительными заведениями, некоторые из них зачастую работали круглые сутки. Фантастические названия, неоновая реклама, зазывалы, обещающие клиентам бог знает какие удовольствия. Многие из подобных заведений сохранились в Маниле до сих пор. Они теряются среди многоэтажных отелей и современных торговых центров, предназначенных для туристов и для тех, кто живет на бульваре Рохаса или по соседству.
В ресторанах предлагаются самые изысканные блюда, цены чрезвычайно высокие, рассчитанные на богачей. По соседству с Культурным центром разместилось здание американского посольства, по размерам и архитектуре, как обычно, весьма претенциозное. Там же, на бульваре Рохаса, раскинулся парк Рисаля площадью примерно 60 гектаров. Это то место, где 30 декабря 1896 года был расстрелян национальный герой Филиппин. На высокой мачте, которую видно далеко с моря, сейчас развевается флаг республики. Здесь стоит памятник Хосе Рисалю. На медной табличке выгравирован текст его прощального письма. Феерическая игра фонтанов, огромные цветочные часы, а также разбитые по китайскому, японскому и итальянскому образцам сады придают парку особую прелесть.
В Маниле много противоречивого и очаровывающего. За Тондо, вдалеке от бульвара Рохаса, расположено китайское кладбище — говорят, будто бы это самое большое китайское кладбище за пределами Китая. Среди простых и скромных могил встречаются и оборудованные кондиционерами склепы-дома для усопших, построенные из стали и бетона.
Манила лежит на островах и полуостровах. Интрамурос (букв. «внутри стен») когда-то был островом; теперь протоки высохли, заровнялись, поросли травой.
Президентский дворец на реке Пасиг, некогда дом крупного испанского землевладельца, а позднее — испанских генерал-губернаторов, находится на одном из трех островов, образующих район Сан-Мигель. Значительная часть грузового транспорта столицы идет по реке Пасиг и ее притокам.
Это создает серьезные проблемы для города, в частности заболоченность земли осложняет строительство высотных зданий. Местные власти решили наметить программу, предусматривающую мероприятия по очистке водных путей, так что в недалеком будущем древние протоки вокруг Интрамуроса наполнятся водой, как это было в старые времена.
Внутри Интрамуроса, старого центра Манилы, находится древняя крепость Сантьяго. Форт Сантьяго — это и прошлое и настоящее Манилы. Во все периоды истории, когда над Филиппинами развевались флаги чужеземцев, форт был крепостью, тюрьмой и камерой пыток. Его подземные каземагы хранят чудовищные тайны, здесь узников подвергали жестоким истязаниям. Многие так и не вышли из заточения.
С 1976 года Манила снова стала столицей. Предпринятая в 1950 году попытка перенести столицу в город Кесон-сити, расположенный у северо-восточных границ Манилы, оказалась неудачной: потребовались слишком крупные капиталовложения, но Кесон-сити в известной мере сохранил за собой статус символической столицы.