Булгарское надгробие конца XIII века.
Однако очень скоро при Берке хане, как считает М.Г. Сафаргалиев, но скорее всего при Менгу-Тимуре, который вместе с русским князем Федором Черемным в 1277–1278 гг. совершил последний поход на булгар и было взято более 30 городов, в том числе и Казань, ордынские ханы перестали играть в суверенитет Булгарии и стали управлять Булгарией непосредственно. Между прочим, именно с Менгу-Тимура начинается и независимое правление постмонгольских ханов в Орде, о чем свидетельствует начало чекана ордынских монет от имени собственно ордынского хана, в данном случае Менгу-Тимура.
С этого времени и вплоть до начала распада Золотой Орды Булгария, потеряв свою государственную самостоятельность, фактически превращается в составную часть Золотой Орды. Но и здесь булгарские феодалы, купцы и мусульманское духовенство пытаются сохранить свое положение. Именно в угоду булгарским купцам продолжается вплоть до 30-х годов XIV века чекан монет в Булгаре и других городах, в том числе и Мукше-Наровчате. Нередко булгарские феодалы и купцы откупали сбор ордынской дани в подчиненных Орде землях. Так, известно, что в 1283-84 гг. два брата бесермянина (так обычно звали булгар-мусульман) откупили право такого сбора в Курско-Липовецкой земле Южной Руси. Некоторые из таких откупщиков благодаря изменению ситуации могли оставаться и на русских землях. Вполне вероятно, что тогда на Руси появились фамилии Баскаковых, Берсеневых, Чеглоковых и других выходцев из булгарской среды.
В Булгарии раннеордынского времени, очевидно, сохранялось, как мы уже подчеркивали, и мусульманское духовенство, которое также стремилось вступить в контакт с ордынцами. Французский монах Гильом Рубрук, проезжая в 1253 г. по Этилии (Нижнее Поволжье), отметил наличие на севере страны, называвшейся Великой Булгарией, и подчеркнул, что «булгаре — самые злейшие саррацины (мусульмане), крепче держащиеся закона Магометова, чем кто-нибудь другой». Известно, что Батый и Берке были весьма лояльны к мусульманам, а Берке хан, как об этом сообщает персидский автор Джузджани — современник первых ордынских ханов, был уже с детства мусульманином.
В 1258 г. на ордынский престол после упорной борьбы сел внук Батыя Берке и, как считает М.Г. Сафаргалиев, «победа Берке в значительной мере была облегчена благодаря поддержке его кандидатуры со стороны мусульманских купцов, привлеченных еще при Батые золотоордынской администрацией и в качестве откупщиков дани. Одновременно он нашел поддержку мусульманского духовенства Хорезма и Булгара, желающего видеть на троне не язычника, а сторонника магометанской религии. Со вступлением на престол хана Берке мусульманские купцы действительно получили доступ ко всем государственным учреждениям, а перед мусульманским духовенством открылось широкое поле для миссионерской деятельности».
Очевидно, при хане Берке в Булгаре начинается строительство главной мечети, ибо, как считают специалисты, закладка фундамента этой мечети относится к основанию раннезолотоордынского слоя (слой 4р). Это было внушительное сооружение из белого камня почти квадратной формы 32 на 34 м, с высоким (25 м) также белокаменным минаретом. Как считает С.С. Айдаров, ближайшие аналогии этой мечети находятся в Малой Азии — мечеть султана Алаеддина первой половины XIII века в столице Сельджукидов Конии. Мечеть в Булгаре была главной или джами (джума) мечетью. Позднее она в какой-то мере стала эталоном для строительства и других мечетей в ведущих городах Орды — Старом Крыму, Бельджамине и др.
Ордынские ханы начинают использовать ислам с его одним из основных положений — «повинуйтесь богу и тем, кто имеет власть» — в своих целях. Следует подчеркнуть и положительное значение этого явления, ибо вместе с исламом в Орду и среду ордынской знати проникает и высокая для того времени арабская, среднеазиатская и булгарская культура. Булгар и окрестности бывшей столицы Булгарии Великого города в это время начинают превращаться в места мусульманского поклонения — своеобразного малого хаджа. В последней четверти XIII века в Булгаре воздвигаются рядом с соборной (джами) мечетью два мавзолея: северный (Монастырский погреб) и восточный (церковь св. Николая), а на горе Балынгуз к северу от развалин Великого города также воздвигается мечеть и появляются первые мавзолеи, в том числе, очевидно, и Маалюм Ходжа (искаженное Балынгуз).