Но противники Церкви были многочисленными, прежде всего внутри самой же Церкви, которую они часто обвиняли в духовном и моральном разложении. Противники Церкви как института претендовали, как водится, на роль реформаторов и защитников истины. И чтобы доказать, что они защищают истину, они при изложении своих концепций опирались на все, что могли найти в священных текстах, философских системах, нравоучительных трактатах. Так, явился некий Присциллиан, умерший в 385 году. Это был набожный испанец, проповедовавший аскетическую монашескую жизнь по примеру отшельников: этот образ жизни был позаимствован на Востоке и начал распространяться. У Присциллиана было свое толкование всего, и он произвел собственный синтез, включив в принятую им христианскую догму интересы, похожие на языческие и свойственные, в частности, древнему друидизму. Но, в отличие от кельтов, он верил в то, что в мире присутствует два противоположных начала — добра и зла, и его учение, за некоторое время нашедшее сторонников, в конечном счете обернулось дуализмом.
Около 660 года армянин по имени Константин основал в своей стране, подверженной различным культурным и религиозным конфликтам, новую секту, отличавшуюся особым преклонением перед апостолом Павлом. Ее члены станут называться павликианами и более века будут представлять собой группу свирепых воинов, против которых Византии придется бороться в то же время, когда она будет защищаться от арабов. К концу VIII века ее миссионеры, очень активные, достигнут Болгарии, и по самый XII век эта секта сохранит на Балканах сильное влияние.
Доктрина павликиан известна плохо, потому что они избегали рассказывать о ней непосвященным и даже внешне сообразовывались с культами и уставами Христианской церкви, чтобы сбить с толку противников и избежать преследований. Но известно, что эта доктрина была основана на вере в два антагонистических начала. По мнению павликиан, мир и живых существ сотворил Демиург, то есть Князь Тьмы. Они напрочь отвергали Ветхий Завет и считали евхаристию жестом, лишенным смысла. Для них крест, хоть в качестве орудия мучительной казни Иисуса, хоть в качестве солярного символа, не представлял особой ценности. Несмотря на все это, они пытались сблизиться с христианством, хотя бы затем, чтобы «подорвать его изнутри», а также чтобы разыскать в Писании аргументы в поддержку своих утверждений. Это был удобный способ обращать в свою веру, не уходя слишком далеко от Церкви, и прежде всего это позволяло создавать силу тем более действенную, что она скрывалась в тени. В результате павликиане в начале VIII века стали достаточно многочисленными, чтобы влиять на политику царств, где они жили. В верхнем течении Евфрата они даже основали колонию, которую долго удерживали вооруженной силой в стране, уже ставшей мусульманской. Когда в 878 году они были побеждены византийцами, значительное число их стало солдатами в императорских армиях, остальных же выслали на Балканы. Там-то павликиане и нашли территорию, подходящую для распространения дуалистической доктрины.
Славяне начали селиться на Балканском полуострове с VI века, создавая там разрозненные и не связанные между собой колонии. Именно болгары объединили разные славянские поселения и дали стране, созданной таким образом к югу от Дуная, свое имя. В середине IX века миссионеры, посланные Римом, принялись проповедовать Евангелие в Болгарии, находившейся на стадии славянского неоязычества. Но по откровенно политическим причинам патриарх Константинопольский, недовольный интересом Рима к землям, которые он считал сферой своего влияния, послал туда собственных миссионеров. Возникло явно выраженное соперничество между христианами римского устава и христианами греческого устава (раскола еще не было), и ситуацией воспользовались секты с манихейскими тенденциями, в первую очередь павликиане. В ходе этого нового смешения традиций и под воздействием разнородных влияний, исходящих из Византии, более или менее признанного убежища всех тогдашних еретиков, возникла новая секта — богомилов.
Во второй четверти X века в Болгарии, в горном и недоступном округе Македонии, сельский священник по имени Богомил начал проповедовать мелкой знати, низшему духовенству и крестьянам. Он призывал не к восстанию против крупной знати и высшего духовенства, а напротив, к смирению и поиску ясности с помощью монашеской жизни — единственного средства найти утешение в этом низком мире, охваченном смутами и ставшем добычей сил Зла. Это было первым предписанием, которое решили соблюдать ученики этого священника, названные по имени своего учителя богомилами: свидетельства единодушно утверждают, что в первое время богомилы были аскетами и отшельниками, одевались в простые одежды, призывали к покорности и кротости, творили многочисленные молитвы и предавались долгим медитациям Они отвергали церковную пышность и все таинства, которые считали бесполезными и чисто формальными, как и все культовые отправления, совершаемые напоказ. И прежде всего они были убежденными иконоборцами, что, впрочем, в то время в Византии не у всех вызывало отторжение. В более мирском плане Богомил и его ученики выступали против силы и богатства учрежденных государств: по их мнению, все это было только тщетой и ничтожеством. То, что правдиво, скромно, смиренно, и есть Христос, но Христос скорее символический, чем реальный, а ждать от этой земли он может только несправедливостей, гонений и слез.