В начале октября 1918 года, в связи с дальнейшим обострением обстановки на фронтах Гражданской войны, руководство всеми органами военного контроля (контрразведка) и агентурной разведкой сосредоточивается в Полевом штабе революционного военного совета республики (РВСР), образованного в сентябре 1918 года. Одной из функций штаба являлось составление докладов о стратегическом положении на фронтах, оперативных и разведывательных сводок, а также учет вооруженных сил, сбор и обработка всей информации о вооруженных силах противника. Надо отметить, что в тот период в Полевом штабе работали и бывшие офицеры царской армии, в свое время окончившие Академию Генерального штаба и имевшие необходимые профессиональные навыки по организации разведки, обработке и анализу разведывательной информации. К примеру, разведывательный отдел Полевого штаба возглавлял бывший полковник Генерального штаба, знаменитый впоследствии Маршал Советского Союза Борис Михайлович Шапошников (1882–1945).
1 ноября 1918 года заместитель председателя РВСР Эфраим Маркович склянский (1892–1925), член РВСР Карл-Юлий Христианович Данишевский (1884–1938) и главнокомандующий вооруженными силами республики Иоаким Иоакимович Вацетис (Вациетис, 1873–1938) утвердили штат Полевого штаба РВСР. До надлежащих учреждений и лиц он был доведен секретным приказом РВСР № 197/27 от 5 ноября 1918 года. Согласно штатам, было сформировано всего шесть управлений. Руководство войсковой (тактической) разведкой возлагалось на разведывательное отделение (часть) оперативного управления, а агентурной — на регистрационное управление (РЕГИСТРУПР) Полевого штаба. Последнее позже и стали считать родоначальником нынешнего Главного разведывательного управления Генерального штаба вооруженных сил. Пятого же ноября, ежегодно, все военные разведчики Советского Союза / Российской Федерации стали отмечать как день рождения своего разведывательного органа.
Вначале в состав регистрационного управления входило два отдела: агентурный (разведывательный) и военного контроля (контрразведывательный). В самом конце января 1919 года революционный военный совет республики, в связи с увеличением специфических задач, дополнил штаты регистрационного управления Полевого штаба созданием Морского агентурного отделения, сосредоточившего в своем ведении морскую агентурную разведку вооруженных сил республики. К сведению, 29 января 1999 года разведка военно-морского флота Российской Федерации, не афишируя, но торжественно отметила свое 80-летие.
В феврале 1919 года при регистрационном управлении был организован уже Морской разведывательный отдел (2-й, морской агентурный разведывательный отдел), а на местах соответственно морские разведывательные отделения.
В марте-апреле 1919 года регистрационное управление подверглось существенной реорганизации в соответствии с требованиями VIII съезда Российской Коммунистической партии (большевиков) — РКП(б) [она же: с 1898 года — Российская социал-демократическая рабочая партия, РСДРП, с 1917 до 1918 года — Российская социал-демократическая рабочая партия (большевиков), РСДРП(б), с 1925 года — всесоюзная Коммунистическая партия (большевиков), ВКП(б), с 1952 года — Коммунистическая партия Советского Союза, (КПСС). Согласно новому штату оно стало включать отделы сухопутной и морской агентурной разведки, а также военно-цензурный отдел. В то же время отдел военного контроля (контрразведка) был выведен из состава регистрационного управления и подчинен Управлению делами революционного военного совета республики и всеРоссийской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и саботажем (ВЧК).
Ввиду близкого окончания войны и постепенного перехода к миру начальник Полевого штаба РВСР 16 февраля 1920 года дал указание начальнику регистрационного управления «организовать агентурную разведку в широком масштабе», выходя за рамки сопредельных с советской Россией стран. Необходимо было начать сбор сведений о политическом, экономическом и военном состоянии таких государств, оказывающих или способных оказать в будущем влияние на внешнюю политику пограничных с Россией стран. В первую очередь сбор разведывательной информации должен был охватить следующие страны: Францию, Великобританию, Германию, Италию, Швецию, Китай, Соединенные Штаты Америки, Балканские страны, государства Ближнего востока. Кроме этого, особое внимание, как отмечалось в Указании, следовало уделить выяснению состояния вооруженных сил тех государств, вооруженное столкновение с которыми в данный период было наиболее вероятно. К таким в начале 1920 года относились: Польша, Финляндия, Латвия, Эстония, Литва, Румыния, Турция, Азербайджан, Армения, Персия (Иран), Афганистан и Япония.