29 августа 1788 г. последовал Высочайший Указ, согласно которому формируются еще 4 батальона «военного комплекту»: в сентябре того же года 3 из них определялись в галерный флот, а 4-й — в особую эскадру, но также на гребные суда.
Основу новых батальонов составили чины некоторых пехотных полков — Софийского, Кексгольмского, Ингерманландского, — а также часть «адмиралтейских служителей», в основном офицеры и унтер-офицеры и рекруты.
Было очевидно, что столь разношерстная масса едва ли обладает необходимой боеспособностью, поэтому батальоны периодически подкреплялись армейской пехотой. Так или иначе, получив боевое крещение и в целом выполнив свои задачи, гребные батальоны, как это уже бывало в истории морских частей, вновь подверглись реорганизации. Востребованной, как и ранее, оказалась их полковая организация, и 16 декабря 1790 г. 4 галерных батальона «были устроены» в 2 полка 2-батальонного состава на мушкетерском положении (в каждом батальоне 4 мушкетерских и 1 гренадерская роты). Батальонная артиллерия — 2 единорога и 2 трехфунтовые пушки — приобретала статус полковой, но своей структуры не меняла.
Регламентация службы этих полков в мирное время определялась в основном пехотными наставлениями и заключалась в несении караулов и строевых занятиях. Однако отличия от обычной пехоты все же были. В частности, они заключались в том, что солдаты гребных полков должны были принимать участие в морских маневрах, выступая в качестве гребцов, а также в составе десантных команд совершать учебные высадки на берега Финского залива.
Выходов в море было не так много — за 1 навигацию всего 2 раза, поэтому основное внимание уделялось «фрунту» и стрельбам.
Близость к пехоте предопределила переход этих батальонов в сухопутное ведомство, состоявшийся 24 мая 1792 г. Данная акция сопровождалась традиционной неразберихой в вопросе финансового содержания: начался обычный в таких случаях обмен запросами между ведомствами относительно выплаты денежного жалованья батальонным чинам и их вещевого довольствия. Во многом это объяснялось весьма несовершенной системой войскового и флотского обеспечения, и появление нового подразделения в составе армии или «морских служителей», как правило, вызывало массу проблем.
Приобретя, по сути, статус пехотных частей, балтийские гребные батальоны за короткое время почти утратили связь с флотом. Пополнение шло большей частью из армии, откуда направлялись люди, не имеющие навыков службы на судах. С другой стороны, значительная часть офицерского состава этих батальонов получила подготовку в Морском корпусе и нуждалась в приобретении навыков «солдатского строя». Однако подобная неопределенность длилась недолго: преобразования армии и флота, предпринятые Павлом I, проходили достаточно быстро и решительно. Уже в конце 1796 г. гребные полки возвращаются в морское ведомство, и тогда же императору представляется на утверждение проект очередной реорганизации частей морской пехоты. Проект был одобрен, и в январе 1797 г. гребные полки вновь трансформировались в 4 батальона. Это означало, что, в соответствии со своим гренадерским статусом, гребные батальоны включали 1 флигель-роту, то есть гренадерскую, и 5 фузелерных рот. Местом их дислокации были определены г. Роченсальм (батальоны полковника Демидова и подполковника Бушена) и Петербург (батальоны бригадира Болотникова и подполковника Горожанского). Артиллерийские батальоны генерал-майора Преводелюмиана и бригадира Вильде также направлялись один в Роченсальм, другой в столицу.
В течение 1797 г. комплектовался штат батальонов, определялся порядок их снабжения и содержания. Однако императору Павлу I было угодно уже в начале следующего 1798 г. окончательно решить участь гребной пехоты на Балтике. На сей раз речь шла о ее фактическом упразднении: три первых батальона должны были составить гарнизонный полк в Роченсальме, а батальон Горожанского вливался в гарнизонный полк генерал-майора Беклешова в Кронштадте. На деле из всех этих частей по несколько капральств были определены и в адмиралтейские батальоны.