Портрет царя Ивана Грозного. В. Васнецов. 1897 год.
Введение опричнины самым непосредственным образом сказалось на судьбе описываемой местности. Для опричников Ивана Грозного недалеко от Опричного двора были поселены калашники, то есть пекари, и кислошники, приготовлявшие капусту, соленья, квасы. Здесь находились две Кисловские слободы – патриаршая и дворцовая. В конце XVII века тут насчитывалось 124 двора. Позже тут была и слобода, управлявшаяся Царицыной мастерской палатой, в которой жили мастерицы-портные, швеи-вышивальщицы, постельницы, портомои, комнатные бабки.
Ситуационный план с обозначением предполагаемой территории Опричного двора Ивана Грозного.
Сооружению новой царской резиденции Ивана Грозного предшествовал снос всей прилегающей к этому району застройки. По свидетельствам немцев-опричников Г. Штадена и А. Шлихтинга, царь приказал разломать дворы многих князей, бояр и торговых людей на запад от Кремля, на высоком месте в расстоянии ружейного выстрела; было снесено нескольких тысяч строений. Строительство Опричного двора длилось около 8 месяцев. 12 января 1567 года Иван Грозный перешел на новый свой двор, что за городом против Ризположенских ворот. Наиболее полное описание Опричного двора содержится в записках Г. Штадена, в которых он сообщает, что «длина и ширина двора равнялись 130 саженям, что примерно соотносится с современными размерами описываемого квартала. Описание двора относится ко второй половине 1570 – первой половине 1571 годов, так как в нем упомянуты захваченные во время похода на Новгород церковные колокола. По запискам Штадена двор имел трое ворот: северные, восточные и южные. На территории Опричного двора были выстроены здания приказов: судебного, розыскного и губного. По всей видимости, здания приказов являлись самыми большими постройками. К одной из больших палат были пристроены крыльца. На западной стороне ворот не было (там была большая площадь, ничем не застроенная). Здесь находились все поварни, погреба и мыльни (бани). Над погребами были сверху надстроены большие сараи, где хранились многочисленные съестные припасы. Хозяйственные постройки были сосредоточены в западной части двора и отделены внутренним деревянным забором. Справа от забора располагался великокняжеский двор. Часть построек соединялась переходом на столбах, который шел вокруг всех покоев и до стен. Этим переходом Иван Грозный мог пройти сверху от покоев по стенам в церковь, которая стояла вне ограды перед двором на восток. Церковь эта была выстроена крестообразно, и фундамент ее шел вглубь на восьми дубовых сваях; три года она стояла непокрытой. У этой церкви висели колокола, которые великий князь отобрал в Новгороде». По всей видимости, в описании Штадена имелась в виду церковь Петра и Павла, так как именно она упомянута в одной редкой летописной записи, описывающей пожар Москвы в 1571 году. Описание церкви позволяет сделать вывод, что она была выстроена из камня, и осталась недостроенной. Во время пожара 1571 года она не сгорела, а с нее сорвало верхи и отбросило в Кремль. Все постройки Опричного двора были из прекрасного елового леса, вырубленного в районе Клина. Это подтверждается и относительной скоростью возведения весьма значительного по масштабам комплекса построек. Из камня кроме церкви сделаны были один или несколько погребов и надстроенная над ними небольшая каменная сводчатая палатка. В этой палатке, очутившийся на Опричном дворе 30 мая 1571 года Штаден спасался от пожара. Пожар этот, вызванный нашествием крымского хана Девлет-Гирея нанес Москве и ее жителям огромный ущерб. Несмотря на принятые меры предосторожности Занеглименье также сильно пострадало от огня. Сгорели и постройки Опричного двора. Находившиеся на церкви Петра и Павла колокола упали на землю и расплавились. Каменная Петропавловская церковь сильно обгорела: «загореся Петр Святы на Арбате и сорвало с него верх и выбросило в город Кремль». Этот взрыв мог быть вызван запасами пороха, хранившимися рядом с церковью. Во время этого пожара погибло множество людей, включая и тех которые находились на Опричном дворе. Видимо после пожара и отмены опричнины в 1572 году Опричный двор некоторое время пребывал в запустении. Но в 1575 году Иван Грозный произвел новый раздел страны, посадил на царский трон казанского царевича Симеона Бекбулатовича, выделив себе отдельный удел. В связи с этим он вновь поселился на бывшем Опричном дворе: «А сам князь великий жил за Неглинною на Петровке на Орбате, против каменного мосту старово». Выражение «на Петровке» обязано своим происхождением уже упоминавшейся церкви Петра и Павла. Сама же эта церковь, по всей видимости, не была восстановлена после пожара, и больше в источниках не упоминается.