Покорение Великого Новгорода Иваном III в 1478 году. Высылка знатных новгородцев в Москву. А. Кившенко. 1880 год.
О дальнейшей судьбе Опричного двора в конце XVI – начале XVII веков сведений сохранилось немного. Пискаревский летописец сообщает, что во времена Смуты некоторое время на нем жил князь Дмитрий Шуйский. После воцарения Лжедмитрия I в 1605 году во дворах на Никитской улице были поставлены прибывшие вместе с Мариной Мнишек поляки. Они заняли бывший Опричный двор, поскольку знали о его государственном значении (и доныне эта местность имеет важное государственное значение). Во время восстания москвичей в мае 1606 года все дворы, на которых стояли поляки, подверглись сильному разгрому. После избрания на царство Михаила Федоровича Романова значительная часть территории бывшего Опричного двора, прилегавшая к Большой Никитской улице и современному Романову переулку, была пожалована дяде нового царя Ивану Никитичу Романову. Вскоре после этого на его дворе была выстроена деревянная домовая церковь Знамения Богородицы. По вполне вероятному предположению В. В. Сорокина, Знаменский храм был поставлен на месте бывшей церкви Петра и Павла на Опричном дворе.
Иван царевич на прогулке с опричниками. М. Авилов. 1880 год.
По старому московскому преданию первую, деревянную Знаменскую церковь поставил здесь некто Дружина Коптев в 1613 году в честь восшествия Романовых на царство. По другой, более известной версии, ее построил здесь, около 1625 года Иван Никитич Романов, брат патриарха Филарета и дядя царя Михаила Федоровича, на пожалованном ему племянником имении на Смоленской улице (так тогда называлась ул. Воздвиженка). В храме Знамения на Романовом дворе проводил патриаршие богослужения Патриарх Филарет Никитич. Знаменская церковь упоминается в 1625 году с приделами в честь преподобных Сергия Радонежского и Варлаама Хутынского, основанными еще в 1619 году, и по древнему обычаю самостоятельными от главной церкви – с отдельными входами. Приделы в честь этих святых устроены в память о чудесном видении в Спасских воротах, где в честь него была помещена икона прпп. Сергия и Варлаама Хутынского, изображающая этих святых молящимися перед ликом Спасителя. В честь этого видения Флоровские ворота были переименованы в Спасские. (Эти приделы не были возобновлены после 1812 года). В пожар 1629 года церковь Знамения горела, но скоро была возобновлена с теми же приделами, и вновь освящена.
Призвание Михаила Феодоровича Романова на царство 14 марта 1613 года. Г. И. Угрюмов. 1800 год.
Иван Никитич Романов, по прозванию «Каша» скончался в 1640 году и погребен в Новоспасском монастыре. «Лета 7148 (1640) июля в 18 день преставися раб Божий болярин Иоанн Никитич Романов-Юрьев». Владение его перешло к его сыну Никите Ивановичу. При храме было древнее кладбище. «…И то кладбище тесно. А подле кладбища избы церковных причетников… А от церковной стены до тех изб 4 сажени. А по государеву указу… попу Борису вместо его прежнего дворового места… дано по двор боярина Никиты Ивановича Романова, где задворны его боярские люди… и быть тому месту впредь церкви Знамения Пресвятыя Богородицы церковных причетников в дворовых местах безповоротно. И около той церкви старое кладбище огорожено забором наглухо… А по государеву указу церкви Знамения Богородицы, что у двора боярина Никиты Ивановича Романова умерших у тоя церкви погребать не велено».
Портрет Патриарха Филарета (Феодора Никитича Романова). Н. Тютрюмов. Середина XIX века.
Деревянная церковь в честь иконы Богородицы Знамение, построенная либо Дружиной Коптевым в 1613 году в честь восшествия Романовых на царство, либо позже Иваном Никитичем Романовым, посвящена родовому молению дома Романовых. Икона Знамения Пресвятой Богородицы является покровительницей рода Романовых.