Тем не менее, утрата целого корпуса прямых источников по истории университета за данный период не делает ее создание невозможной, поскольку существует большое количество взаимодополняющих материалов, как архивных, так и опубликованных, которые с той или иной степенью близости оказались связаны с деятельностью университета.
Приступая к обзору архивных фондов, относящихся к университетской истории начала XIX века, отметим, что они естественно разделяются на фонды, связанные с деятельностью правительственных структур, в составе которых университет находился, и фонды личного происхождения. Фонды первой группы очень велики по объему, имеют сложный состав, однако в силу утраты значительного количества документов Московского университета из-за пожара и некоторых других причин, содержат, по большей части, лишь редкие, разрозненные дела интересующего нас периода. Определенной широтой охвата материала отличается лишь фонд Департамента народного просвещения, находившегося в Петербурге, где можно было бы надеяться найти копии многих документов, утраченных в Москве, однако и эта надежда оправдывается лишь частично.
Напротив, фонды личного происхождения, даже и очень небольшие в количественном отношении, содержат интереснейшие материалы, проливающие свет на многие важные страницы истории университета. По характеру фондообразователей их условно можно разделить на фонды, отразившие деятельность университетского руководства — директора, кураторов (здесь бесценным источником являются фонды, связанные с попечителем М. Н. Муравьевым), фонды, в которых сохранились документы профессоров и преподавателей университета того времени (наиболее интересным по содержанию из обнаруженных нами бесспорно является фонд Каменецких, вобравший в себя переписку профессора И. А. Гейма), и, наконец, несколько личных фондов и коллекций, включивших материалы выдающихся людей этой эпохи — студентов или слушателей Московского университета, их воспоминания и переписку (назовем здесь М. А. Дмитриева, И. Д. Якушкина, Н. И. Тургенева, Н. Ф. Грамматина).
Четыре из исследованных нами архивных фондов представляют собой собрания делопроизводственных документов, обращавшихся в составе Министерства народного просвещения, которые отражают повседневную жизнь Московского университета с ее официальной стороны. Это, прежде всего, собственно фонд канцелярии Московского университета (ЦГА г. Москвы, ф. 418). Из-за понесенных утрат при пожаре материалы этого фонда фактически (за исключением нескольких отрывочных документов последней четверти XVIII в.) начинаются с 1813 года. Тем не менее, журналы временной комиссии по управлению учебным округом, созданной после пожара, совета университета (оп. 249) и советов отдельных факультетов (оп. 332, 477) и особенно университетского правления (оп. 109) за 1813 год дают нам некоторые сведения о происходившей осенью 1812 года эвакуации университета, о понесенном им ущербе, судьбе его членов, вступивших в московское ополчение, и др. Здесь нами обнаружены новые биографические данные, касающиеся пребывания в университете декабриста Н. М. Муравьева.
В лучшей сохранности, чем допожарный архив Московского университета, оказались бумаги канцелярии попечителя Московского учебного округа (ЦГА г. Москвы, ф. 459). Дело в том, что в конце августа 1812 года попечитель П. И. Голенищев-Кутузов, спешно уезжая из Москвы, оставил канцелярию в подвале собственного дома, который затем хотя и пострадал от грабителей, но уцелел при пожаре. В книгах исходящих дел канцелярии Московского учебного округа, которую организовал вместе с созданием самого округа попечитель М. Н. Муравьев, отражались названия и краткое содержание всех официальных писем и документов, проходивших через руки попечителя. В фонде (оп. 11) сейчас хранятся пять книг исходящих дел за 1803–1807 годы, вышедших из канцелярии Муравьева, но отсутствуют аналогичные тома из канцелярий попечителей А. К. Разумовского и П. И. Голенищева-Кутузова, (появляясь вновь только при попечителе А. П. Оболенском). Зная отношение обоих названных попечителей (особенно Голенищева-Кутузова) к канцелярской работе (см. ниже воспоминания канцеляриста М. П. Третьякова), можно предположить, что такие книги при них не велись, а соответствующие дела оказались просто списаны через некоторое время и, таким образом, утрачены для исследователей. Однако и дошедшие до нас канцелярские книги времен попечительства М. Н. Муравьева дают обильный материал по управлению университетом и становлению его деятельности в первые годы университетских реформ, рассказывают о приглашении немецких ученых и поощрении собственных профессоров, которыми с равной энергией занимался Муравьев, о первых шагах университетских ученых обществ и научных журналов, успехах молодых студентов и научных работах заслуженных профессоров этого времени.