С момента основания Министерства народного просвещения в сентябре 1802 года Московский университет вел интенсивную переписку с петербургскими ведомствами этого министерства: собственно Департаментом народного просвещения и Главным правлением училищ. В делах Главного правления училищ (РГИА, ф. 732, on. 1) мы находим документы о служебных производствах в Московском университете, которые должны были проходить здесь обсуждение, — представления к производству в званиях ректора, деканов, ординарных и экстраординарных профессоров, адъюнктов, докторов, магистров и кандидатов, а также канцелярских чиновников университета. Большая часть этих документов дублирует материалы Департамента народного просвещения, поскольку через него поступала на утверждение министру.
Именно в фонде этого департамента (РГИА, ф. 733) должно было находиться большое количество различного рода документов, повторяющих материалы сгоревшего архива Московского университета и таким образом восполняющих его утрату. Особенно важным при этом было бы обнаружение корпуса официальной переписки попечителя Московского учебного округа с министром народного просвещения (как мы увидим ниже, такого же рода частная переписка между П. И. Голенищевым-Кутузовым и А. К. Разумовским за 1810–1812 годы значительно расширяет наши представления об университетской истории тех лет). Однако в первые годы работы министерства такие своды писем не составлялись, причем большая часть разрозненных документов, не вошедших в законченные дела, была списана при реорганизации канцелярии департамента в 1817 году. Таким образом, от периода 1803–1812 гг. по Московскому учебному округу в фонде остался лишь набор из нескольких десятков никак не связанных друг с другом дел (оп. 28). В действительности, даже эти документы представляют огромный интерес для исследователя. Среди них — письмо поэта И. И. Дмитриева, в котором он отказывается от должности попечителя Московского университета, предложенной ему императором после смерти М. Н. Муравьева, собственноручный послужной список учителя Грибоедова, немецкого профессора И. Т. Буле, и его переписка с Департаментом народного просвещения, дела об утверждении ректоров и деканов университета, содержащие любопытные подробности их избрания, документы, связанные с приглашением в университет студентов из Финляндии, и т. д.
Отсутствие систематического собрания текущей официальной документации, относящейся к Московскому университету, отчасти компенсируется полным корпусом отчетов по университету, которые ежегодно с конца 1802 г. поступали в Петербург, обнаруженных нами в том же фонде (оп. 95). С принятием университетского устава определяется постоянная форма этих отчетов. В соответствии с разделами устава в них приводится полный состав профессоров и преподавателей Московского университета по факультетам, списки новопроизведенных или выбывших профессоров, адъюнктов, докторов, магистров и кандидатов, а также избранных в этом году почетных членов университета. Университет сообщал о представленных им конкурсных задачах и сделанных новых открытиях, выпущенных им сочинениях и переводах, пополнении библиотеки и музея, состоянии ботанического сада, физической, химической и астрономической лаборатории, медицинских учреждений при нем, ходе дел в университетском суде, числе и характере занятий магистров и кандидатов в педагогическом институте. Приводилось число обучавшихся в этом году студентов, с разделением по факультетам, а также число поступивших и выбывших, те же сведения сообщались и об академической гимназии и благородном пансионе. Отдельная глава была посвящена деятельности ученых обществ, издаваемым ими журналам, проведенным экспедициям, состоявшимся открытиям. В отчете рассказывалось также об управлении и надзоре за училищами Московского учебного округа, о визитаторских поездках профессоров. В целом отчеты содержат уникальную информацию по истории университета, в особенности связанную со студентами, произведенными в течение года в ученые степени, полные списки которых с указанием даты и научной отрасли здесь приводятся. Эти списки по информативности превосходят более известные исследователям отчеты в «Московских ведомостях» (см. ниже), и мы находим в них немало имен, дорогих русской культуре.