Первый момент Смуты : боярская смута. В царствование болезненного Федора Иоанновича (1584 – 1598 гг.) фактически правителем страны являлся Борис Годунов. Основным его соперником в дворцовых интригах были бояре Вольские и Глинские, связывавшие свои надежды с сыном Грозного от последней жены Марфы Нагой – царевичем Дмитрием. Царевич, его мать и другие Нагие, не без влияния Бориса, были высланы из столицы и проживали в Угличе.
15 мая 1591 г. 9-летний Дмитрий был найден во дворе с перерезанным горлом. Следственная комиссия князя Василия Шуйского пришла к выводу, что с царевичем во время игры с ножом случился припадок падучей болезни (эпилепсии). Народная же молва и противники Годунова приписывали убийство Борису, для которого Дмитрий действительно был единственной серьезной преградой на пути к царскому трону.
Одним из наиболее ярких дел царствования Федора Иоанновича было учреждение, не без подсказки Б. Годунова, патриаршества на Руси в 1589 г. (первым патриархом стал Иов). Этот акт сделал Русскую Православную Церковь полностью самостоятельной, повысил ее международный авторитет как центра православия и укрепил позиции церкви в московском обществе, особенно в условиях, когда большинство христианских церквей Европы подписали Флорентийскую унию, в том числе московский митрополит Исидор, за что был изгнан со священного престола.
После смерти в январе 1598 г. царя Федора, в чем многие его современники обвиняют Годунова, династия Рюриковичей прекратила свое существование. Полтора месяца шла ожесточенная борьба за трон между партиями Б. Годунова и Федора Никитича Романова (будущий патриарх Филарет). В ход шло все: интриги, подкуп, угрозы, выдача дворянскому войску жалования за три года вперед и т.п. Несмотря на сопротивление боярской думы, 17 февраля 1598 г. Земский собор, по предложению патриарха Иова, избрал царем Б. Годунова (1598 – 1605 гг.). Выбранный на царство вопреки воле определенной части крупного боярства, Борис, как верный ученик Ивана Грозного, проводил политику экономического и политического ограничения власти крупных феодалов, делая ставку на дворянство и бюрократию.
Борис Годунов освободил дворянские земли от обложения налогом, выделив их в так называемые "белые земли". Им были приняты меры по ужесточению сыска беглых крестьян. Боярам было запрещено выводить крестьян из черных земель для заселения своих вотчин. Эту привилегию оставили лишь дворянам.
Одним из ярких проявлений противостояния боярства и Годунова были события 1600 г. Осенью здоровье Бориса резко ухудшилось, появился призрак вновь освобождавшегося трона. В центре заговора против Годунова встали бояре Романовы. 26 октября 1600 г. царские стрельцы разгромили двор Романовых в Москве, на котором находилось несколько сот их вооруженных сторонников и дворовых людей. Среди последних присутствовал еще никому не известный Юрий Отрепьев.
Поводом для разгрома послужил донос на Александра Никитича Романова, якобы хранившего у себя "колдовские коренья" с целью извести Бориса и всю его семью. Коренья действительно были найдены, и начался самый большой «колдовской» процесс XVII в. Многие из двора Романовых были казнены, сами же бояре попали в опалу.
В критические годы разрухи, голода и внутренних сумятиц в России появилось новое явление – самозванство. Некоторые современные исследователи полагают, что «питательным слоем» для самозванцев был постепенный распад древнерусской соборной ментальности, вызревание индивидуального сознания, выходившего из рабского подчинения коллективному мнению, а также традиционное «мифологическое осмысление мира», основанное на узнавании, отождествлении новых предметов, образов с увиденными ранее.
В 1603 г. в Братчине – имении польского князя Адама Вишневецкого объявился 22-летний беглец из Московии, заявивший, что он чудом спасшийся младший сын Ивана Грозного – угличский царевич Дмитрий, впоследствии получивший прозвище Лжедмитрий. Историкам удалось более или менее полно реконструировать его жизненный путь. Юрий Богданович Отрепьев родился в небогатой дворянской семье, предки которой выехали из Литвы на службу в Москву. Отец его был сотником в стрелецких войсках. Честолюбивый молодой дворянин поступил на службу к Михаилу Никитичу Романову и занял, по всей видимости, при нем достаточно высокое положение. Последнее обстоятельство заставило его осенью 1600 г. скрыться от царского гнева и виселицы в Суздальском Спасо-Ефимьевском монастыре.