Российский престол наследовал Феодор, тринадцатилетний сын Алексея Михайловича. Пользуясь малолетством государя, новые фавориты при дворе начали с особой быстротой разделываться со старыми. Сказался этот процесс и на положении Никона. Сразу оживились все его враги. Патриарху Иоакиму и царю последовали доносы с нелепыми обвинениями Никона в самых ужасных преступлениях. Достаточно представительная и достаточно враждебная Никону комиссия, отправленная в Ферапонтов монастырь, не нашла подтверждения ни одному из этих ужасов. Свидетели показали, что «у Никона ничего дурного не было»265. Однако самым ужасным, с точки зрения властей, явилось то, что Никон называет себя даже в документах и письмах патриархом, а Иоакима патриархом не признает и не молится о нем в уставных прошениях, что он поставил кресты с надписями о своем заточении «за слово Божие и за св. Церковь»... Этого было достаточно, чтобы резко ухудшить положение Никона. В июне 1676 года его перевели в Кириллов Белоозерский монастырь под строжайший надзор, поместили в тесных угарных кельях, отчего он едва не умер. Все кресты с надписями были уничтожены, с металлических сосудов надписи соскоблены. Всех монахов - спутников патриарха разослали в заточение в дальние монастыри. Лишившись друзей, лишившись возможности и физических сил для деятельности, Никон приручил диких лебедей и голубей, которые слетались к его келье, и из всех земных утешений единственным для него стали эти небесные птицы.
Великий святитель оканчивал свою жизнь так же, как начинал - в страданиях от несправедливости и злобы мира сего. Это рамки его земного существования. Этим отчасти объясняется особая острота той устремленности его души к небесному Иерусалиму, к горнему вечному миру, где «скиния Бога с человеками, и Он будет обитать с ними... И отрет всякую слезу с очей их, и смерти не будет уже; ни плача, ни вопля ни болезни уже не будет...» (Откр. 21, 3-4). Стремление к Царству Небесному находило свое естественное отражение в последние годы жизни Никона в его особом тяготении к своему Новому Иерусалиму. Шушерин свидетельствует, что Никон «непрестанное попечение име о обители Воскресенской, о Церкви святей, юже сам основа и не наверши, вельми бо жалея о том и Бога моля непрестанно, яко дабы ему паки во обители Воскресенской быти и навершити каменную великую церковь...»266.
Прошло два года. Царь Феодор Алексеевич мужал, становился способным к восприятию глубоких истин. Наибольшее влияние на него оказывала тетка - царевна Татьяна Михайловна. Она была старшей в царской семье, славилась особой духовностью и благочестием и являлась давней и верной почитательницей патриарха Никона. Она много рассказывала юному царю о той необыкновенной дружбе, которая связывала его отца с Никоном, о том, как много сделал патриарх для их семьи, когда спасал от эпидемии, как эти отношения были нарушены злыми людьми, как был несправедливо осужден и заточен великий святитель. Но особенное впечатление произвели на Феодора Алексеевича вдохновенные рассказы тетки о Новом Иерусалиме. Он пожелал сам посмотреть его. И когда в первый раз 5 сентября 1678 года царь увидел грандиозное здание, обошел монастырь, еще раз послушал рассказ Татьяны Михайловны, пояснявшей, насколько было возможно, величие замысла патриарха Никона об этом месте, то всей душой прилепился к Новому Иерусалиму! Он стал приезжать туда часто. С 1678 по 1680 год Феодор Алексеевич был здесь пять раз. Он молится за службами на Голгофе, жил по нескольку дней в монастыре, молча ходил всюду, смотрел, думал и проникался благоговением перед величием человека, начавшего созидать столь замечательное сооружение.
Новый Иерусалим начал теперь выручать своего основателя! Судьба Никона стала решаться в связи с решением судьбы его творения. По указу государя строительство Воскресенского монастыря возобновлено. Царь лично проверил, все ли в богослужении исполняется здесь по уставу патриарха Никона, и, обнаружив, что устав забыт, повелел восстановить его, записать и строго соблюдать все так, как было при патриархе Никоне. Сначала в 1679 году из ссылки были возвращены все приближенные Никона, в том числе И. Шушерин. Он был взят Татьяной Михайловной во дворец и сделался ее «крестовым дьяком» (ведал имуществом ее домовой церкви). Здесь он получил возможность пользоваться подлинными документами о патриархе Никоне для написания его жития, стал участником и очевидцем многих дальнейших событий.