2 декабря 1680 года Феодор Алексеевич в пятый раз посетил Воскресенский монастырь и обратился к архимандриту и старцам («возсия бо свыше на него солнце правды Христос Бог наш») со следующим предложением: «Аще хощете да взят будет семо Никон патриарх, наченший обитель сию... дадите мне прошение о сем за своими руками, сиреч челобитную, и Бог милостивый помощь подаст и то дело исправится»267. Братия «вси единодушном написаша Государю прошение».
Феодор Алексеевич показал прошение патриарху Иоакиму, сказав и о своем желании вернуть Никона в Воскресенский монастырь. Иоаким отказался поддержать это намерение, ссылаясь на то, что Никона осудил Собор во главе с вселенскими патриархами, и поэтому одни русские архиереи не могут изменить этого решения. Опечаленный царь все же решил утешить Никона и написал ему собственноручное письмо, в котором ободрял узника и обещал непременный пересмотр его дела и освобождение. Царь писал, в частности, что «от многих» слышит, что Никон «премудр бе зело и Божественного Писания снискатель, и истинный рачитель и поборник по святей непорочной вере, и хранитель святых Божественных догматов»268. Такова характеристика Никона его друзьями-единомышленниками.
Никон тем временем угасал. Архимандрит Кириллова монастыря Никита в середине 1681 года извещал патриарха Иоакима, что Никон «вельми изнемогает и близ смерти», что он принял схиму, не благоволив «переменити имени». Никита спрашивал, как и где похоронить узника. Иоаким, не сообщив ничего царю, ответил, чтобы похоронили, «якож и прочим монахам бывает», и погребли в паперти церкви в Кириллове монастыре. Случайно узнав об этом, Феодор Алексеевич приказал Иоакиму немедленно вернуть свое письмо, но тот ответил, что поздно, письмо уже отправлено в Кириллов. А Никон в те же дни из последних сил сам написал письмо в Воскресенский монастырь: «Благословение Никона патриарха сыном нашим: архимандриту Герману, иеромонаху Варлааму, монаху Сергию, монаху Ипполиту и вкупе всей братии! Ведомо вам буди, яко болен есмь болезнию великою, встать не могу, на двор выйти не могу ж, лежу в гноищи... умереть мне будет внезапу. Пожалуйте, чада моя, не помните моей грубости, побейте челом о мне великому государю; не дайте мне напрасною смертью погибнуть; уже бо моего жития конец приходит»269.
Получив это послание, братия Нового Иерусалима «исполнились плача» и немедленно передали письмо государю. Тот срочно собрал Собор, синклит, зачитал письмо Никона. Все единодушно высказались за его возвращение. Иоаким на сей раз согласился. За Никоном тут же отправили посланных во главе с дьяком И. Чепелевым (а в ссылку Никона отправлял, между прочим, пристав по фамилии Шепелев).
Дня за два до его прибытия Никон вдруг начал оживляться и готовиться в путь, делая это неоднократно. Окружающие «мняху яко в скорби и в беспамятстве сия творит». В самый день приезда царских гонцов Никон с утра начал собираться, велел одеть себя в дорожную одежду, вынести в креслах на крыльцо и сказал своим людям: «Аз готов есмь, а вы чесо ради не убираетеся, зрите вскоре бо по нас будут». Но люди думали, что он говорит это по болезни. Можно представить себе их удивление, когда тотчас в Кириллов прибыло царское посольство с приказом: «блаженного Никона» возвратить со всяким тщанием в Воскресенский монастырь! Патриарх с великим трудом встал, выражая благодарность государю, и снова опустился в кресло.
Тяжело больного Никона решили везти по рекам на стругах. Двинулись в путь сначала по Шексне, а затем по Волге. И вот тогда началось нечто необычайное! Из городов и сел, никем не призываемый, встречать Никона повалил народ. Люди несли своему патриарху кто что мог из съестных припасов и дорожных вещей, подходили под благословение, бежали со слезами далеко по берегу, провожая печальные струги. Утром 16 августа достигли Толгского Богородицкого монастыря в шести верстах от Ярославля. За полверсты от обители Никон велел остановиться. Силы покидали его. Он исповедался и причастился Св. Тайн запасными дарами великого четверга. Затем доплыли до монастыря, из которого навстречу вышли игумен со всей братией. Среди них оказался бывший архимандрит ярославского Спасского монастыря, а ныне ссыльный монах Сергий, тот самый, который особенно усердствовал в поношении Никона во время его осуждения. Никон тогда предсказал ему бесчестие и ссылку, что в точности и исполнилось. В этот день, 16 августа, Сергий после литургии прилег в келье отдохнуть и, едва уснув, увидел Никона, будто вошедшего к нему и сказавшего: «Брате Сергие, восстани, сотворим прощение!» Тут же проснувшись, Сергий услышал стук в дверь, монастырский сторож сообщал ему, что по Волге сюда приближается струг с патриархом Никоном. Теперь Сергий увидел тяжело больного Никона, заплакал, припал к его ногам «со многими умильными словами, вопия: «Прости мя, святче Божий, яко всех сих поношений на тя, яже понесл еси, повинен аз, досаждая и всякую злобу святыни твоей во время изгнания твоего творя, угождая собору!» Никон простил его и благословил.