Когда подплыли к Ярославлю, город загудел. Жители во множестве устремились к речке Которосли, где у монастыря Всемилостивого Спаса остановились струги с патриархом. Видя его в таком состоянии, люди «с плачем великим и рыданием» бросились в воду, припадали к руке и ногам святителя, прося прощения и благословения. Одни на берегу, другие по пояс в воде продвигали струг, на котором возлежал Никон. Воевода Ярославля со множеством народа, архимандрит Спасского монастыря с собором своей обители и духовенством города пришли к Никону выразить свою любовь, сострадание, поклонение, получить благословение. От крайней слабости Никон уже не мог благословлять, люди сами прикладывались к его руке (а ведь официально Никон был просто монах). Вокруг него собралось так много народа, что ввиду его тяжелого состояния решили перевезти струги на другой берег.
Спускались сумерки. В городе заблаговестили к вечерне. Блаженный Никон начал «конечне изнемогати и озиратися, яко бы видя неких пришедших к нему; такожде своима руками лице и власы и браду и одежду со опасением опрятовати, яко бы в путь готовитися». Архимандрит Кириллова монастыря Никита, сопровождающий Никона, и остальные братия поняли, что приближается смертный час патриарха, и начали «исходное последование над ним пети». Никон «возлег на уготовленном одре, дав благословление своим ученикам, руце к перcем пригнув, со всяким благоговением и в добром исповедании, благодаря Бога о всем, яко во страдании течение свое соверши, с миром успе, душу свою в руце Богу предаде, Его же возлюби. От жития сего отыде в вечное блаженство в настоящее лето 7189 (1681) месяца августа в 17 день»270.
Со скорбной вестью в Москву поскакал Чепелев. Царь Феодор Алексеевич, еще не зная ничего, послал в Ярославль свою карету «со множеством коней добрейших». Карета прибыла через два дня после смерти патриарха. На ней устроили прочное «возило», куда поставили гроб, и медленные кони повезли тело Никона в Новый Иерусалим.
Над русскими просторами поплыли печальные звоны. Народ со слезами выходил встречать почившего святителя. В Александровской слободе игуменья девичьего монастыря «со всеми черно- ризицами числом не менее двусот изыде во сретение вне монастыря со звоном, и со славославием, поюще литию, слезы точаще, с великим воплем восклицающе, плачуще о лишении своего пастыря и учителя, и проводише поприще едино, целовавше тело блаженного, возвратишася паки во обитель». Торжественно встречала печальный поезд Троице-Сергиева лавра. Архимандрит Викентий со всей братией вышел к святым воротам, над гробом Никона пели литию, «целовавше тело блаженного со слезами».
Весть о кончине Никона сильно подействовала на молодого царя. Он спросил Чепелева, каково духовное завещание усопшего. Дьяк ответил, что говорил об этом с Никоном, но тот сказал: «Вместо моея духовныя да будет мир и благословение царю... и всему их царскому дому, а о душе моей и о грешнем моем теле, о погребении и поминовении, о всем да будет он, благочестивейший царь... строитель и елико благоволит, тако сотворит». Феодор Алексеевич был тронут до слез и благоволил отпеть и похоронить Никона как патриарха с самыми великими почестями. Иоаким, несмотря на многие уговоры государя, отказался поминать Никона «патриархом» и по этой причине не поехал на погребение, благословив митрополиту Новгородскому Корнилию возглавить отпевание и поминать почившего так, как «повелит царь».