Через Приказ большого дворца царь простирал свою власть на всю экономическую и административную жизнь русских монастырей, сам назначал и смещал настоятелей, делая исключения лишь для самых знаменитых епархий, распоряжался исправлением нравов и внутренних порядков в обителях.
Наконец, «Соборное уложение» Алексея Михайловича 1649 года, каковым были отменены тарханные грамоты, подчинило все русское духовенство, кроме патриарха, по всем гражданским делам особому государственному Монастырскому приказу, в котором светские лица ведали судом но всем искам, предъявляемым духовенству со стороны других ведомств и лиц, и по всем искам духовенства друг другу, что было совсем неканонично. Впрочем, нужно иметь в виду, что цари в то время настолько не отделяли себя в своем сознании от Церкви, что подобные действия и узаконения рассматривались не как вмешательство в церковные дела, а как обязанность царя, имущего власть христианина, блюсти должный порядок в церковных делах. И тем не менее не только низшее духовенство, но и все епископы вплоть до митрополитов включительно отдавались на суд гражданских чиновников Монастырского приказа (даже не на суд царя). Только патриарх в своих «домовых вотчинах» по-прежнему всеми делами ведал сам, но епархия его по мирским делам была подчинена государственному Монастырскому приказу. Неясность положения об этом приказе давала возможность для больших злоупотреблений со стороны приказных бояр, дьяков и прочих чиновных людей.
Церковная власть и высшее духовенство основательно обеспокоились новыми порядками при Алексее Михайловиче. Тут же начались отступления от них. Так, своему любимцу митрополиту Новгородскому Никону Алексей Михайлович в 1651 году дает «несудимую» грамоту на всю митрополию, согласно которой все духовенство, все люди монастырских вотчин по всем делам, кроме «разбойных, татных и убивственных», отдавались на суд митрополита.
«Уложение» 1649 года, кроме того, запрещало патриарху, всем архиереям, монастырям и церквам покупать новые вотчины, брать вотчины в заклад и принимать таковые в «вечный поминок» по душам. А вотчинникам запрещалось продавать или жертвовать свои вотчины Церкви. Характерно, что стольники, стряпчие, дворяне московские и все выборные люди Русской земли на Соборе 1648 года били челом государю, чтобы у духовенства и церквей были отобраны вотчины, которые были приобретены ими с 1580 года, когда им было запрещено приобретать или принимать в дар земельные вотчины. Ибо, несмотря на этот запрет, вотчины все-таки приобретались и принимались в дар, обычно на поминовение души. Челобитье не было принято, хотя царь и приказал составить списки вотчин, приобретенных Церковью с 1580 года. Также было запрещено дарить вотчины при пострижении их владельцев в монашенство, и постригшиеся не имели больше права владеть и управлять своими вотчинами. Разрешались только вклады и жертвы деньгами и другими Ценностями.
Следует обратить особое внимание на то, что все архиереи, монастыри и церкви, особенно более богатые, обязаны были платить очень большие взносы в государственную казну на содержание войска, почтовые нужды, на выкуп пленных, а также давать деньги и хлеб для содержания войска в военное время и в определенном числе ратников с полным вооружением и снаряжением. Кроме того, церковные и монастырские вотчины облагались податями более высокими, чем все прочие земли539. Наконец, в военное время и в других чрезвычайных случаях архиереи, духовенство, монастыри и церкви должны были вносить по государеву указу деньги, хлеб, оружие, посылать людей, а также добровольно вносить, по своему усердию, и свои личные, «келейные» деньги.