Для ведения церковных дел и суда по сугубо духовным делам архиереи имели немалый штат архиерейских бояр, дьяков, казначеев, судей, заседавших в том же приказе при епископии.
Теперь общий порядок управления церковными делами проясняется. Твердо можно установить, что все епархиальные дела, в том числе и суд за тяжелые уголовные преступления служилых людей епископа и крестьян архиерейских вотчин, были изьяты из ведома местных гражданских властей - воеводств, так что архиереи были вполне независимы от воевод тех областей, которые составляли епархию. «Епископ распоряжается в воеводстве со властию, не допускающею прекословия», - пишет архидиакон Павел. Не следует поэтому преувеличивать роль царских «надсмотрщиков», «судей» и «управляющих» в епархиальных приказах. Все они, как миряне, конечно, считались с мнениями и требованиями епархиального архиерея, решали дела в согласии с ним и по его благословению, хотя могли и доносить о действиях епископа царю. Ибо нигде никогда не упоминается о каком-либо серьезном столкновении епископа и его людей с чиновниками государя в епархиальных приказах. Видимо, этот двусоставный механизм епархиальных управлений, несмотря на сложность, работал вполне слаженно и согласно.
Архидиакон Павел отмечает, что управители епископии были «люди пожилые и благонадежные».
Власть епископа Коломенского простиралась на 15 городов, в том числе на такие, как Кашира, Серпухов, Тула, с многочисленными селениями, насчитывавшими в общей сложности сотни тысяч жителей. «Говорят, - пишет архидиакон Павел, - будто эта епархия бедна и мала, да поможет ей Бог! А она больше области трех патриархов: Антиохийского, Александрийского и Иерусалимского, и нет тут никого, кто бы причинял потери, подвергал вымогательству и гнету...»549
Здесь же архидиакон Павел сообщает, что вопреки восточным обычаям архиереи не производят «канонический сбор с паствы», но взимают его ежегодно со священников, с каждого по величине его паствы и доходов его церкви; самый бедный священник платит один рубль в год. Имущество архиерея, в том числе недвижимое, по смерти его поступает в распоряжение государства. Епископ Коломенский, как и все прочие, имел своих, то есть приданных ему на постоянную службу, стрельцов, которые охраняли его палаты, сопровождали в поездках. Они получали содержание от епархии и были подчинены непосредственно архиерею. У епископа города Коломны их было 300.
В конце лета 1655 года Павел Алеппский побывал в первой «высшей» русской епархии - Новгородской митрополии. Как ни странно, сам Новгород, по свидетельству архидиакона Павла, был в то время значительно меньше Коломны. Но новгородские земли представляли собой огромную территорию. «Воевода этого города важнее всех воевод в этой стране: когда он бывает у царя, то садится выше всех». Однако новогородский «митрополит больше воеводы», - замечает архидиакон Павел. Ему подведома территория более чем в 2 тысячи верст. Под его началом состояло, по Павлу Алеппскому, 400 благоустроенных монастырей, в том числе Архангельский, Соловецкий, Варлаамов Хутынский и другие. Митрополиту Новгорода были подчинены 2 тысячи священников. Он владел 70 рыбными озерами, множеством угодий, деревень и земель. В числе служителей митрополита Павел Алеппский называет писцов, ратников, иконописцев, портных, управляющих, поверенных, судей в Духовном приказе, казначеев и множество клириков. Всем им содержание шло от епархии550.
Все 12 русских архиереев имели в Москве свои подворья с большими палатами и церковью. Имели в Москве свои подворья и все более или менее видные монастыри. Самый значительный монастырь, Троице-Сергиева лавра, имел в столице, по сведениям архидиакона Павла, 21 подворье. В подворьях постоянно жили духовные и светские служители архиереев и монастырей; жалование им шло от их епархий и обителей551.