С благословения патриарха Иосифа были изданы «Шестоднев», «Учительное Евангелие», «Кормчая», в которых говорилось, что они исправлены по греческим книгам и указанию греческих святителей и по книгам «острожския печати», то есть южно-русским96.
В 1649 году в Россию с Украины по вызову властей приехали Арсений Сатановский, Дамаскин Птицкий, Епифаний Славинецкий, устраивая обучение русских людей языкам и наукам, занимаясь исправлением русских книг по греческим, переводами с греческого и собственными сочинениями. С такой же целью боярин Федор Михайлович Ртищев в 1649 году создает под Москвой Андреевский монастырь, населяя его учеными малороссийскими монахами (до 30 человек), приглашает 12 киевских певчих, которые заводят на Москве пение по новым киевским распевам, обучая тому же и русских хористов. Кроме того, Ртищев отправляет некоторых молодых москвичей на учебу в Киев97. В Россию приезжает множество восточного и киевского духовенства.
Дело исправления русских книг и обрядов в пользу греческих идет полным ходом задолго до того, как Никон становится патриархом. Для большего успеха этого дела в 1649 году на восток посылается старец Троице-Сергиевой лавры Арсений Суханов с целью сбора древних книг и рукописей.
В 1652 году, еще до смерти патриарха Иосифа, им самим делается распоряжение поминать на многолетиях по всем церквам четырех восточных патриархов98, что означает публичное признание единства России со Вселенской церковью и признание греческих патриархов православными. Отсюда с неизбежностью следует вывод, что их авторитет во всех вопросах церковной жизни не подлежит сомнению.
Параллельно с этим идет дело общего оздоровления церковной и духовно-нравственной жизни России. При содействии о. Стефана, царя и других ревнителей благочестия на архиерейские кафедры и видные протоиерейские места поставляются примерные и деятельные пастыри, стремящиеся к водворению подлинного благочестия во всех областях жизни, а наипаче - в богослужении. Возрождается живая устная проповедь, хомовое пение отменяется, упраздняется многоголосие.
Особым усердием в деле улучшения церковной жизни отличались в то время, не считая о. Стефана и царя, такие ревнители благочестия, как боярин Федор Михайлович Ртищев, его сестра Анна, боярин Морозов, протоиереи Иоанн Неронов, Аввакум, Логгин, Лазарь, Даниил и др. Эти люди пользовались расположением царя и очень большим влиянием в обществе. Они постоянно участвовали во всех важных церковных делах, запросто входили к патриарху, предлагая ему свои советы и пожелания, писали обличительные и нравоучительные письма архиереям. Дом Федора Ртищева сделался своего рода духовным клубом, где все ревнители благочестия часто встречались друг с другом, спорили, делились мнениями, где можно было, не боясь говорить все, что на душе.
В этот же дом, в атмосферу этих споров и деяний попал и архимандрит Никон, быстро сделавшийся одним из самых видных и авторитетных ревнителей. Все друзья стояли за улучшение духовной и церковной жизни, но в отношении к авторитету Греческой церкви они резко разделялись на две части. Ртищев, его сестра, Морозов полностью придерживались взглядов царя и о. Стефана о необходимости единения с Греческой церковью и обращения с этой целью к греческой учености. Неронов, Аввакум, Лазарь, Даниил, напротив, полагали, что для улучшения церковной и духовной жизни в России достаточно лишь исправления нравов, отмены многоголосия, введения живой проповеди и некоторых исправлений по древним русским же книгам и рукописям. Греческую православную ученость и практику тогдашней Греческой церкви они решительно отвергли на том единственном основании, что современные греки представлялись им крайне неблагочестивыми людьми (много едят, нет у них смирения, неправильно или небрежно крестятся и т. д.). По мнению этой части ревнителей, не русские отступили от древних обрядов, а греки, и оттого образовалось несогласие в книгах и церковной практике между Русской и Восточной греческой церквами. Исключение здесь представлял один Неронов, который все же признавал авторитет Восточных патриархов и допускал возможность греческим ученым править наши книги, но только после тщательного испытания этих греков «на благочестие».