По своим прежним представлениям Никон поначалу примыкал к этой части ревнителей. Однако, встретившись с противоположными точками зрения, он в силу своей врожденной пытливости и стремления разбираться во всем до конца дал себе труд вникнуть в суть вопросов поглубже. С огромным вниманием Никон вел беседы с такими людьми, как иерусалимский патриарх Паисий (бывший в Москве в 1649 году), митрополит Назаретский Гавриил (прибывший в Москву в 1650 году по поручению Паисия специально для убеждения Никона), митрополит Навпакта и Арты Гавриил Власий, посланный в Россию после «прений о вере» с греками Арсения Суханова с единственной миссией убедить русских в православии и учености греков, киевские ученые монахи, особенно Епифаний Славинецкий99.
Общение с этими людьми решило идейный выбор Никона, Он стал склоняться к признанию авторитета Греческой церкви. Патриарх Паисий, побеседовав с Никоном, направил через Посольский приказ письмо государю, где писал: «... В прошлые дни говорил есмы со преподобным архимандритом Спасским Никоном, и полюбилась мне беседа его; и он есть муж благоговейный и досуж (то есть в данном случае - любящий проводить досуг в серьезных духовных беседах. - Авт.) и верный царствия вашего; прошу, да будет иметь повольно приходити к нам и беседовати по досугу, без запрещения великого вашего царствия»100. Запрещения, надо думать, не последовало. Алексей Михайлович был явно рад тому, что беседа его «собинного друга» «полюбилась» иерусалимскому патриарху. Это утверждало царя и о. Стефана в правильности их оценки Никона.
По словам самого Никона, патриарх Паисий в этих беседах «зазирал» его «за разные церковные вины» и в том числе за неправильное двуперстное крестное знамение, настаивая на троеперстии101.
Таким образом, уже в 1649 году, в конце своего настоятельства Ново-Спасским монастырем Никон понял указанный выше характер взаимоотношений России с Греческой церковью, понял и необходимость церковных преобразований для приведения русской литургической практики в соответствие с греческой, согласился на троеперстие и на многое другое, что впоследствии составило содержание произведенных им обрядовых изменений. В противном случае вряд ли, узнав о постановлении Никона в митрополиты, патриарх Паисий написал бы государю: «Похваляем благодать, что просвети Дух Святый и избрали есте такого честного мужа, преподобного инокосвященника и архимандрита господина Никона... и он есть достоин утверждати церковь Христову и пасти словесныя овца Христова».
В 1649 году по крайней слабости здоровья запросился на покой новгородский митрополит Аффоний, тот самый, что некогда посвятил Никона во игумены Кожеозерской обители. Единодушным решением царя, его синклита, патриарха Иосифа, собора архиереев и кружка «ревнителей» на виднейшую в России Новгородскую кафедру был избран архимандрит Никон и 11 марта 1649 года возведен в сан митрополита. Архиерейскую хиротонию совершил патриарх Иосиф с митрополитами Варлаамом Ростовским, Серапионом Сарским, архиепископами Маркеллом Вологодским, Моисеем Рязанским, Ионой Тверским и епископом Рафаилом Коломенским102.
Архиерейский сан не изменил строгого подвижнического образа жизни Никона, придав ему только еще больше сил в деяниях на благо Церкви, Совершая частные богослужения, отличавшиеся чинностью и благолепием, Никон с увлечением говорил проповеди, что привлекало в храм множество народа (живая проповедь была в те времена еще очень необычным явлением). Он построил в Новгороде митрополичьи палаты, в трудные времена старался помогать горожанам, чем мог. В его митрополичьем доме была открыта «погребная» палата, где в голодный период ежедневно кормились от 100 до 300 и более человек103. Однако новгородцы не спешили привязываться к новому владыке.