Что касается управления церковными делами, то для XVII века характерна подчиненность их и государственным и церковным инстанциям, так что можно определенно говорить о двуедином (церковно-государственном) управлении Русской церковью. При этом мера и характер государственного участия в церковном управлении не была определена, изменялась, не имела строго очерченных граней, во многом зависела от произвола государей.
Первейшей задачей Никона явилось поэтому всемерное обеспечение должного приоритета церковной власти в делах Церкви. Между Никоном и Алексеем Михайловичем с самого начала была достигнута договоренность, и как полагают, даже закрепленная особой грамотой113, согласно которой царь представлял патриарху полную самостоятельность в управлении Церковью, то есть всеми богослужебными делами, назначением и перемещением духовенства, судом по чисто духовным делам. Церковные владения и денежные средства считались общенациональным достоянием. В случае особой нужды (например, войны) царь мог безвозмездно взять столько церковных средств, сколько было нужно. Власти епархий и монастырей могли расходовать лишь строго определенные деньги на текущие нужды. Все непредвиденные и крупные расходы делались только с разрешения царя. Во всех монастырях и епархиальных управлениях постоянно пребывали государственные чиновники, под бдительным контролем которых находились церковные имения и средства. Они же судили церковных крестьян и других людей по гражданским и уголовным делам. Особый Монастырский приказ в Москве согласно «Уложению» 1649 года ведал все духовенство, кроме патриарха, по гражданским и уголовным делам. Хотя Никон в 1649 году вместе со всеми поставил свою подпись под «Уложением», он внутренне не был с ним согласен, а сделавшись патриархом, заявил об этом открыто. Больше всего его возмущало, что светские лица - бояре Монастырского приказа - имели право судить по гражданским искам духовных лиц. Он считал это положение в корне нецерковным и нехристианским. Еще в бытность Никона митрополитом Новгородским царь, знавший его взгляды, дал ему «несудимую грамоту» на всю митрополию, согласно чему из ведения Монастырского приказа на суд митрополита передавались все дела подчиненных церкви людей, кроме дел «убийственных, татных и разбойных». Став патриархом, Никон оформил такую же неподсудность Монастырскому приказу своей Патриаршей епархии (а в то время патриарх, как и все правящие архиереи, имел свою особую епархию, состоящую из Москвы и обширных прилегающих земель). Как бы в противовес «Уложению» 1649 года Никон издал «Кормчую книгу», содержащую святые каноны Церкви и различные узаконения о Церкви древних благочестивых греческих царей. Как мы увидим, до конца своего патриаршества Никон не переставал бороться против Монастырского приказа. Следует отметить, что это была борьба не за полную «свободу» Церкви от государства (чего в России того времени и быть не могло), а лишь за восстановление должного канонического авторитета патриарха и всего духовенства в делах сугубо духовных, а также за некоторое допустимое условиями России расширение прав церковной власти над подчиненными людьми по гражданским делам.
Свою патриаршую деятельность Никон начал со всестороннего улучшения церковной жизни. Прежде всего он поднял на небывалую высоту чинность, благолепие, учительность и молитвенность богослужения114. Он сам служил все воскресные, праздничные службы и службы всем особо чтимым святым. В будни он всегда неукоснительно присутствовал в храмах за Божественной литургией. Он ввел в обиход церквей строгую уставность, неспешность, обязательную устную проповедь. Никон полностью искоренил в Церкви многоголосицу. Было упразднено также и уродливое хомовое пение. Вместо этого в храмах зазвучали стройные греческие и мелодичные киевские распевы.