16 апреля 1653 года в Москву прибыл константинопольский патриарх Афанасий Пателар. Он вполне утвердил Никона в правильности намеченных изменений и «зазирал» патриарху «в неисправлении божественного писания и прочих церковных винах». Спустя год, 5 апреля 1654 года, Афанасий скончался в Лубенском монастыре на Украине и скоро был причислен к лику святых. Мощи св. Афанасия «Седящего» находятся ныне в Харькове, являются по сей день предметом почитания в Русской церкви и засвидетельствованы Богом как особый источник благодати. Покидая Москву, св. Афанасий между прочим писал Алексею Михайловичу: «Великий господин, святейший Никон, патриарх Московский и Всея Руси, по благодати Божией, глава Церкви и исправление сущия православныя христианския веры, и приводит словенских овец Христовых во едино стадо... Только тебя, великого государя, мы имеем столп и утверждение веры, и помощника в бедах, и прибежище нам и освобождение. А брату моему, государь, и сослужителю, великому господину, святейшему Никону - освещать соборную апостольскую церковь Софии - премудрости Божией»140 в Константинополе. Эти слова ясно выражают полное одобрение деятельности Никона и отчетливое понимание главных церковно-политических целей обрядовых исправлений в Русской церкви. В июле 1653 года от муромского воеводы пришла жалоба на прот. Логгина, будто он похулил иконы Спасителя и Божией Матери. Никон созвал в своей крестовой церкви Собор духовенства по этому поводу. Логгин отрицал вину, говоря, что он высказался в том смысле, что «Сам Спас и Пресвятая Богородица честнее своих образов». Собор счел такое противопоставление опасным, способным вызвать соблазн, и постановил наказать Логгина содержанием под арестом с приставом. По словам Неронова, еще ранее Логгин «обличал» Никона в «небрежном и высокоумном и гордом житии», то есть оскорблял патриарха. Неронов на этом Соборе вступился за Логгина и в тот же день донес государю, что Никон хулил царское величество. Через несколько дней патриарх вновь созвал Собор духовенства и пожаловался на Неронова. Тогда рассерженный Неронов стал поносить Никона и весь собор за множество других «провинностей». Он сыпал укоризнами и оскорблениями, проговариваясь в запальчивости о подлинных причинах возмущения против Никона: «Прежде ты имел совет с протопопом Стефаном и его любимыми советниками... Доселе ты друг наш был - на нас восстал». Неронов далее осуждал Никона за то, что он других укоряет в жестокости, а сам тоже предает на мучения, подвергая телесным наказаниям, что Никон хулит ныне «Уложение» 1649 года, тогда как сам же его подписывал, и т. д. Среди множества его укоризн не прозвучало ни одного упрека в исправлении обрядов!141
По 55-му правилу св. апостолов («Аще кто из клира досадит епископу, да будет извержен»). Собор осудил Неронова, определив послать его на смирение в монастырь. Но из сана его не извергли. Друзья Неронова Аввакум, Даниил и другие направили царю челобитную против Никона. А Аввакум поехал даже провожать своего опального друга в Каменский вологодский монастырь на Кубенское озеро. Вернувшись оттуда 13 августа того же 1653 года, Аввакум пришел в Казанскую церковь, где служил ранее Неронов, и вознамерился вместо Неронова читать поучения на Евангелие за всенощным бдением. Соборная братия не дала ему читать, сказав, что он протопоп в г. Юрьевце, а не в этом храме, и что читать поучения поручено им, соборным священникам. Тогда Аввакум перестал ходить в храм, а завел свои «всенощные» в сушильном сарае на дворе Иоанна Неронова, говоря, что «в некоторое время конюшни-де иные церкви лучше». В это сушило к нему стеклось более 30 прихожан Казанской церкви. Донесли царю и патриарху. Поступок Аввакума был не чем иным, как самовольным отделением от Церкви и стремлением отторгнуть других людей, устройством «самочинного сборища». В одну из ночей стрельцы окружили сушило и арестовали всех там находившихся (более 40 человек). Оказалось, что этим «сборищем» в Москве руководил не один Аввакум, а еще и протоиерей Даниил из Костромы и Логгин из Мурома.
Последовавшие наказания были самым минимальным из тех, что могли быть применены по такому делу в те времена. В Успенском соборе Кремля в присутствии царя за литургией были торжественно лишены сана (острижены и разоблачены) протоиереи Даниил и Логгин. При этом Логгин, когда с него сняли однорядку и кафтан, как вспоминает с явным удовлетворением Аввакум, «Никона порицая, через порог в алтарь (!) в глаза Никону плевал и, схватя с себя рубашку, в алтарь в глаза Никону бросил»142. Логгина сослали в деревню под присмотр родного отца... Даниила отправили в Астрахань в ссылку. А когда дошла очередь до Аввакума, больше всех виновного, то по личной просьбе царя с него не сняли сана и даже не запретили в служении, а отправили в ссылку в Сибирь.