Патриарх Никон отличался небывалой широтой интересов, способностями к самым разным наукам и ремеслам, чрезвычайной начитанностью. С детства более всего на свете полюбивший знания, прежде всего духовные, он не переставал стремиться к ним и учиться всю жизнь. К 1658 году Никоном была собрана библиотека, включавшая более тысячи книг и рукописей. Частью это были книги, перешедшие от прежних патриархов, частью - привезенные Арсением Сухановым за царские деньги, частью - приобретенные Никоном за собственные «келейные» средства. Среди последних оказались ценнейшие издания и рукописи, причем большинство на греческом и латинском языках. Это были древние богослужебные книги, сочинения святых отцов: Дионисия Ареопагита, Иустина Философа, Григория Чудотворца, Климента Александрийского, Киприана Карфагенского, Кирилла Иерусалимского, Афанасия Великого, Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Григория Нисского, Кирилла Александрийского и других; церковно-исторические книги; акты Вселенских и Поместных соборов, «История» Евсевия Кесарийского, Никифора Каллиста, сочинения Плутарха, Демосфена, Геродота, Страбона, Аристотеля153. Любимым чтением патриарха, по свидетельству И. Шушерина, были толкования Иоанна Златоуста на послания апостола Павла. Никон был образованнейшим и умнейшим человеком своего времени.
Если Никон не мог вникать непосредственно в процесс книжной справы, то исправления отдельных обрядов совершались исключительно им самим. При этом патриарх никогда не довольствовался только собственными мнениями, но старался следовать общему верованию Вселенской церкви.
Прибывший в Россию в 1654 году Антиохийский патриарх Макарий, а также представитель Сербской церкви Гавриил и позднее молдавский митрополит Гедеон на местном Соборе Русской церкви 1655 года утвердили верность троеперстия и внесли исправления во многие другие церковные обычаи и обряды. В неделю православия в 1656 году в Успенском соборе Кремля при великом стечении народа эти же святители подробно истолковали правильность троеперстия и прокляли тех, которые упорно держатся обычая креститься двумя перстами. Все это они затем закрепили отдельными грамотами за своими подписями и печатями. Они же благословили и все прочие изменения в русской богослужебной практике. Таким образом, обрядовые преобразования патриарха Никона были совершены по настоянию, благословению и с прямым участием Восточной церкви.
Русская иерархия в данном случае отнюдь не являлась слепым орудием восточных святителей. Принималось только то, что соответствовало общему мнению. В иных случаях разгорались большие споры. Так, на Соборе в 1655 году русское духовенство никак не хотело признавать обливательное крещение законным и не крестить вторично католиков, приходящих к православию. Макарию пришлось подкрепить свои доказательства выписками из древних книг. Когда стало очевидно, что мнение антиохийского патриарха соответствует исконному верованию православия, Никон сказал: «Я русский, сын русского, но мои убеждения и моя вера греческая». Многие архиереи согласились: «Свет веры... воссиял нам от стран Востока»154. Все это означало, иными словами, что хотя мы, русские, привыкли в этом деле думать и поступать по-своему, но раз Вселенская церковь издревле учит иначе, то мы должны изменить привычные взгляды и делать так, как учит Вселенская церковь. Это очень важное свидетельство об экклезиологических воззрениях Никона и многих в Русской церкви. Правда, с такой позицией на этом же соборе оказались согласны не все, некоторые, как пишет Павел Алеппский, «внутренне возроптали», но из страха перед Никоном не стали возражать. Ропот, по-видимому, в русском духовенстве пошел по этому поводу немалый, так как через год вопрос о крещении католиков рассматривался снова.