Когда Никон узнал, что бежавший из ссылки Неронов, не принеся покаяния, без ведома церковной власти принял монашество с именем Григорий, он послал привести его, но Неронов опять скрылся. Тогда на Соборе 18 мая 1656 года с участием антиохийского патриарха за противление Церкви и патриарху, за самовольное бегство из ссылки Григория (Неронова) постановили отлучить от Церкви и прокляли вкупе с его «единомышленниками иже не покоряющеся святому собору». Духовенство и певчие трижды пропели «анафему»160. Это было уже отлучением не только за исповедание двуперстия, а за все, в чем Неронов и его единомышленники не покоряются Церкви. Когда Григорию попалось недавнее издание «Скрижали» со всеми приложениями, где авторитетом вселенских патриархов утверждались новые русские чины, он пережил глубокий духовный перелом. Внимательно прочитав книгу, Неронов, по его признанию, рассудил: «Кто есмь окаянный аз? Со вселенскими патриархи раздор творити не хошу, ниже противен буду: что же ради и под клятвою у них буду?» В таком настроении он отправился в Москву и решился предстать перед Никоном.
4 января 1657 года Неронов в Кремле объявился Никону, когда тот шел служить обедню. Никон встретил его спокойно, ни в чем не упрекнул, после литургии пригласил к себе. Между ними состоялась беседа, в которой Неронов излил на патриарха целый поток укоризн. «Со вселенскими патриархами несть противен, якоже ты глаголеши, но тебе единому не покорялся...» - говорил он161. Никон молчал. Он всегда хотел примирить своих противников с Церковью. Этого требовала его христианская совесть и забота о сохранении церковного единства. Он с глубоким смирением выслушивал гневные обличения Неронова: «Какая тебе честь, владыко святый, что всякому еси страшен?.. Дивлюся, - государевы царевы власти уже не слышать; от тебя всем страх и твои посланники паче царевых всем страшны... Ваше убо святительское дело - Христово смирение подражати и Его... святую кротость». Никон ответил: «Не могу, батюшко, терпеть, - и подал Неронову письма и челобитные своих противников: - Возьми, старец Григорий, и прочти». Неронов продолжал: «Добро бы, святитель, подражати тебе кроткого нашего учителя Спаса Христа, а не гордостью и мучением сан держати. Смирен убо сердцем Христос учитель наш, а ты добре сердит». - «Прости, старец Григорий, не могу терпеть», - спокойно отвечал патриарх Неронову162, не замечавшему, что своим состоянием и отношением к нему Никон опровергает все его упреки...
Через две недели состоялось официальное примирение Неронова с Церковью, выглядевшее весьма своеобразно и показательно. После воскресной литургии по заамвонной молитве Никон приказал привести в Успенский собор Неронова. Патриарх должен был снять с него проклятия, положенные Собором 18 мая 1656 года. Когда Неронов пришел, Никон обратился к нему: «Старец Григорий, приобщаешися ли святей соборной и апостольской Церкви?» Неронов отвечал: «Не вем, яже глаголеши! Аз убо никогда отлучен был от святыя... Церкви, и Собору на меня никакова не бывало и прения моего ни с кем нет (!)... А что ты на меня клятву положил - своею дерзостью, по страсти своей, гневаяся, что я тебе о той же святей соборной и апостольской Церкви правду говорил (!)...» Не ответив ничего, патриарх Никон заплакал и стал читать над Нероновым разрешительные молитвы. Плакал и Неронов. И причастился Св. Тайн от руки Никона163.
Спустя немного времени, когда Неронов заговорил однажды о старых Служебниках, приверженцем которых он был, Никон сказал ему: «Обои де добры (то есть и старые и новые), все де равно, по коим хощешь, по тем и служишь»164 (то есть служи). И благословил Неронова держаться угодных ему старых Служебников! Никон уступил Неронову также и в том, чтобы в Успенском соборе Кремля по-старому двоили, а не троили «аллилуиа»165.
Но Неронов, примирившись с Церковью, не смог примириться с Никоном и не переставал враждовать и интриговать против него. В том же январе 1657 года царь, увидев за богослужением Неронова, подошел к нему, сказав: «Не удаляйся от нас, старец Григорий». И Григорий ответил: «Доколе, государь, терпеть тебе такову Божию врагу (Никону). Смутил всею русскую землею и твою царскую честь попрал, и уже твоей власти не слышать - от него, врага, всем страх!» Алексей Михайлович, «яко устыдевся, скоро от старца отиде, ничтоже ему рече»166. Что и говорить, Неронов ударил не в бровь, а в глаз - прямо по царскому самолюбию! Это была самая уязвимая точка, и именно в эту точку стали наносить удары все противники Никона. Старец Григорий поносил Никона где мог и как мог. Патриарх терпел. Однажды видели, как Никон, приехав на могилу о. Стефана Вонифатьева († 11 ноября 1656 года) - их общего с Григорием (Нероновым) друга, долго плакал и несколько раз повторял: «Старец Григорий!»167 Вот чего стоило Никону это терпение.