На следствии по этому делу Нащокин и Матвеев, конечно, отрицали, что говорили с Зюзиным от царского имени и предлагали патриарху вернуться. Зюзин взял всю вину на себя, сказав, что «своровал» (совершил это политическое преступление), желая восстановить мир в Церкви и обществе. За это правительственный суд приговорил его, разумеется, к смертной казни. Но вдруг по просьбе детей царя казнь заменили ссылкой в Казань на дворянскую службу.
Патриарх мог укорять себя за доверчивость, но он был чист в совести своей, ибо сам не стремился к возвращению на патриаршество. Интрига лишь всколыхнула всегда таившееся в нем чувство любви к Алексею Михайловичу, заставив вновь глубоко поверить в его дружбу, в возможность возрождения прежних отношений. Но если это оказалось обманчивым и друг не нашел в себе силы в решающий момент настоять на принятии искренне вернувшегося Никона или обманывал его умышленно, то это по крайней мере избавляло патриарха от лишних иллюзий. Теперь Никон знал в точности, что главою Церкви его уже не хотят видеть ни за что. Раньше он не отвергал совсем возможности вновь вернуться к правлению, если изменятся духовные воззрения царя. Теперь в этом вопросе возникла определенность. Она была немаловажной в стратегии его дальнейшей борьбы, позволяла сделать некоторые уступки, чтобы привести все к скорейшему и мирному исходу.
В этот же день 18 декабря 1664 года на обратном пути из Москвы Никон спокойно сказал царским послам, что нет нужд звать вселенских патриархов, ибо он, как раньше обещался, так и ныне обещается не возвращаться на патриарший престол, предлагает избрать нового патриарха и просит лишь принять некоторые условия его окончательного отречения. Из них важнейшим было - сохранить в его полном распоряжении три монастыря его строения со всеми приписными обителями и вотчинами. Никон предлагал кончить дело по-домашнему и в принципе соглашался на то, чтобы вопрос о его судьбе и избрании нового патриарха был решен одними русскими архиереями.
13 января 1665 года Никону предложили письменно изложить условия своего окончательного ухода от правления, что он и сделал в тот же день.
Примерно в сентябре 1665 года был созван Собор русских архиереев и духовенства. На нем присутствовали все архипастыри, кроме Сибирского и Архангельского, приславших грамоты с заведомым согласием на все решения Собора204.
Условия Никона были подробно рассмотрены. В соборном решении осуждались резкие поступки Никона, проклятия, наложенные им на некоторых бояр и архиереев из числа врагов, и определялось, что Никон впредь не будет именоваться «Московским и Всея Руси», но только «патриархом» и во всем повиноваться новому правящему патриарху, называя его не «сослужебником», а «архипастырем» и «начальником», как и все прочие архиереи. Во всех делах он должен поступать как и другие епископы, с разрешения государя и благословения правящего патриарха. За ним оставлялись для содержания три монастыря его строения, но без приписных обителей. Эти монастыри должны были находиться в духовном ведении тех епископов, в чьих епархиях они находятся, а не во власти Никона. По делам этих монастырей он должен сноситься с епархиальными архиереями и только с их согласия что-либо делать в этих монастырях. Он не должен также никого рукополагать без разрешения епархиальных епископов205.
С канонической точки зрения соборные решения были в общем правильны. Но они разрушали все планы и замыслы Никона, стремившегося отвоевать в свое полное и независимое управление хотя бы небольшой «остров» в Русской церкви - группу своих монастырей. Однако очень важно отметить, что свои, русские архиереи, осудив резкие поступки Никона, не сочли нужным подвергать его самого ни суду, ни извержению из сана.
Этому соборному определению Алексей Михайлович не дал хода. Оно не было доведено до сведения Никона. Между тем вокруг Никона продолжали возникать различные «дела», от которых лихорадило общество. 12 ноября 1665 года царю доложили, что два патриарха - Антиохийский Макарий и Александрийский Паисий уже едут в Москву. Константинопольский Дионисий и иерусалимский Нектарий отказались приехать, сославшись на запрет турецких властей.