Никон понимал, что далеко не все даже благочестивые люди его времени смогут сразу принять и оценить это его деяние. Он старался окружить свой замысел до самого начала осуществления глубокой тайной. Опасения оказались обоснованными. По мере осуществления Нового Иерусалима (а это было время опалы патриарха) ропот против его строительства нарастал. Более всех слепыми оказались приверженцы старых обрядов, считавшие себя поборниками самых высоких представлений о русской церкви... Среди них и начались «хульные слова» на Никона, «еяже хулы не мощно написати»221. Но и враги патриарха из православных не преминули воспользоваться дерзновенной необычайностью Нового Иерусалима для нападок на его создателя.
Первое открытое обвинение Никона по этому поводу содержится в 13-м вопросе Стрешнева Лигариду и в ответе Паисия. Никону достаточно было во всем сослаться на царя, изволившего утвердить замысел. Можно было целиком прикрыться только версией «случайности» всей затеи. Но патриарх пошел на открытую защиту своего деяния с теоретических богословских позиций. Он очень убедительно и просто основывает свое возражение по 13-му вопросу сначала на смысле иконографического догмата. Он пишет: «Зриши, неправедный ответотворче, како святии апостоли, и святии отцы священными изображении и храмы, и жертвами и священными сосуды в писании и умышлениих очи зрящих, воздвижет же ся теми ум к Боговидению, якоже и Великому Василию мнится священными иконами ум на первообразное возводити». Далее патриарх убедительно показывает, что так же, как не грешно переписывать Евангелия и другие святые книги, писать иконы, изображающие Рождество Христово, Крещение, проповедание, вольные страдания, Воскресение и разрушение ада, так же не грешно, если бы «и самого того Иерусалима кто бы по образу но во славу Божию святое ограждение создал на видение приснопамятного того Иерусалима, в нем же спасительные страсти нашего ради спасения содеяшася... да аще града от первообразного создати беззаконно есть?» Далее Никон добавляет, что нет никакой разницы между образом написанным (то есть собственно иконой) и образом, созданным «воображением (сооружением) святыя вещи»; и то, что является иконами, и то, что является храмами и жертвенниками, - «повсюду от первообразных размножишися»222.
В своих возражениях Никон ни разу не говорит, что создает храм только по образу Иерусалимского храма, но называет свое строительство «святым ограждением» и даже прямо - «градом», создаваемым от «первообразного».
Далее патриарх Никон обращается к догмату «кафоличности церкви». Он говорит о том, что Новый Иерусалим назван так по образу древнего, который продолжает существовать (Никона упрекали, что он как бы «упразнял» палестинский Иерусалим). Но Никон утверждает, что Церковь не привязана к месту, и хотя рассеяна по разным странам, «но есть едина»223. Иными словами, - подобие Иерусалима, создаваемое в какой-либо отдельной части Вселенской церкви (в данном случае в России) может обладать тем же благодатным значением и силой, что и палестинский Иерусалим, не упраздняя значения последнего, поскольку плоды спасительного подвига Иисуса Христа, совершенного в Иерусалиме, равно устраиваются верующими в любой части мира, а не только теми, кто живет в святом городе. По сравнению с этой глубиной богословского мышления Никона рассуждения «ученейшего» Паисия Лигарида о том, что есть только один Иерусалим на земле и второй на небе, а никоновский - это какой-то «третий», оказываются на редкость плоскими и примитивными.