Никона осудили. Но этим не решилась важнейшая проблема, возникшая в связи с его «делом», - кто «преболе» в делах церковных, царь или патриарх? 14 января 1667 года в патриарших палатах состоялось заседание Собора для подписания акта о низложении Никона (вот когда собрались подписывать документ, на основании которого уже низложили и сослали патриарха!). Текст этого документа был составлен согласно «томосу» 1663 года и содержал некоторые выдержки из него. В частности, из «томоса» было заимствовано то место, где говорилось, что всеми «благоугодными» делами владычествовать подобает одному государю, «патриарх же должен быть ему послушен», как лицу, находящемуся «в вещем достоинстве (по сравнению с патриархом!) и являющемуся «местником (наместником?) Божиим...»250 Русские архиереи увидели в этом унижении патриаршего достоинства то же, что видел и Никон, и о чем с такой скорбью и болью свидетельствовал всему свету - незаконное превозношение царской власти над церковной, стремление царя своевольно управлять церковными делами. Как только акт о низложении Никона был прочитан, Павел, митрополит Крутицкий, и Илларион Рязанский, поддержанные рядом архиереев, отказались подписывать его, выразив решительное несогласие с учением о царской и патриаршей власти. Оба они, к великому удивлению царя, патриархов и синклита, демонстративно покинули Собор.
Патриархи поспешили закрыть заседание, предложив архиереям обсудить на дому вторую главу «томоса», откуда было взято указанное место, и представить свои соображения. 16 января было собрано второе заседание по одному этому вопросу. Часть архиереев составили записки, где доказывалось превосходство епископского сана над царским. Но нашлись и такие, которые отдали предпочтение царской власти. Сначала читали записки первого рода. В них содержались яркие убедительные цитаты из Иоанна Златоуста о высоте и великости священного сана, из св. Епифания, Григория Богослова, Григория Двоеслова и других. Превосходство епископского сана перед любым мирским было так ясно выражено у святых отцов, что мысли сторонников иной точки зрения бледнели и выглядели определенно ошибочными. Тогда «защищать» приоритет царской власти взялся Паисий Лигарид. Вот когда ему особенно потребовались его демагогические способности. Он разглагольствовал часами (!), никем не останавливаемый. Паисий давал свои искаженные толкования святоотеческой мысли, стараясь приуменьшить ее силу в определении высоты священства, вспоминал историю царств Иудейского и Израильского, но особенно упирал на ту высоту императорской власти, какая была свойственна языческому Риму, Древнему Египту и другим языческим империям древности!
С раннего утра до позднего вечера шло это заседание. Все устали. Вопрос о «царском служении» был отложен на следующий день. 17 января собрались вновь. Лигарид произнес длиннейшую речь в пользу приоритета царской власти во всех областях жизни, в том числе и в церковной. Он основательно «подкреплял» свои доводы... пламенными похвалами лично Алексею Михайловичу, перечислял его победы, его заботы о Церкви, благочестие, призывал всех молиться за него (как будто русские архиереи недостаточно молились за царя!)... Лигарид брал измором. Заседание опять затянулось до ночи.