Свою патриаршую деятельность Никон начал со всестороннего улучшения церковной жизни. Прежде всего он поднял на небывалую высоту чинность, благолепие, учительность и молитвенность богослужения114. Он сам служил все воскресные, праздничные службы и службы всем особо чтимым святым. В будни он всегда неукоснительно присутствовал в храмах за Божественной литургией. Он ввел в обиход церквей строгую уставность, неспешность, обязательную устную проповедь. Никон полностью искоренил в Церкви многоголосицу. Было упразднено также и уродливое хомовое пение. Вместо этого в храмах зазвучали стройные греческие и мелодичные киевские распевы.
Патриарх Никон служил очень спокойно, сосредоточенно произносил возгласы приятным, низким и тихим голосом, часто проповедовал. Проповеди его отличались красноречием, содержали много образов и примеров из Св. Писания и предания, сочинений св. отцов, житий святых, священной и гражданской истории, были глубокими по мысли, очень пространны и часто произносились в состоянии высокого духовного подъема. Историк церкви Макарий (Булгаков) утверждает, что в то время среди архиереев не было равного Никону в слове115.
Никон любил храм и богослужение всей душой. Он вполне разделял общее представление о храме как образе Царства Небесного, и о священнослужителях как одушевленных иконах Христа Спасителя и ангелов Его, пребываюших во славе горнего мира. Поэтому, будучи в личной жизни строгим подвижником и очень скромным в одеждах, Никон за богослужением считал необходимым по возможности самые красивые и драгоценные облачения для духовенства. Никто из русских святителей не имел столь богатых и прекрасных богослужебных риз, как он. У Никона это было не просто пристрастием к внешней красоте, это проистекало из глубокого убеждения в том, что Церковь земная должна являть людям в видимых вещественных образах дивную красоту и славу Церкви Небесной, Иерусалима Нового. Ибо возведение людей к мирам иным, к жизни в Царствии Небесном - основная задача православной Церкви. Здесь сказывалось символическое восприятие церковных вещей как содержащих в себе таинственное присутствие того, что ими изображается.
Пример патриарших богослужений быстро был воспринят всей Русской церковью, так что чинность, неспешность, благолепие и учительность службы скоро сделались общепризнанной нормой, отступления от которой и по сей день считаются грехом.
Никон действовал не только примером, но и специальными письменными и устными распоряжениями по этому поводу.
Предметом его особой заботы явились ставленники. В устроенном для них особом приказе ищущие рукоположения, числом обычно до 30-40 человек, с трепетом готовились к своеобразному экзамену, который Никон устраивал для них. Патриарх сам подходил к каждому ставленнику и предлагал прочесть из раскрытой книги какой-либо богослужебный текст. Если ставленник читал достаточно свободно и осмысленно, Никон ставил против его имени в списке пометку «достоин», а если чтение не удавалось, кандидата отправляли домой ни с чем. Все ставленники должны были иметь при себе ходатайство прихожан своей церкви и рекомендации духовных лиц и государственных чиновников местности, из которой они прибыли. При облачении рукополагаемого в священные одежды Никон сам истолковывал духовный смысл молитв на облачение каждой одежды так, чтобы новопосвященный хорошо запомнил их символическое значение. Каждому рукоположенному давалась ставленническая грамота с печатью и подписью патриарха. Рукоположения происходили за каждой обедней, которую служил Никон, даже за литургией Преждеосвященных даров и за Пасхальной литургией116.
Патриарх делал очень многое для поднятия на должную высоту авторитета русского духовного сословия. Павел Алеппский свидетельствует об огромном уважении в обществе даже к рядовым священникам. «Воеводы и власти равным образом уважают и почитают их и, как нам приходилось видеть, снимают перед ними свои колпаки... Когда священник идет по улице, то люди спешат к нему с поклоном для получения благословения»117. Перед архиереем воеводы стояли с непокрытыми головами, не смея сесть даже по приглашению118. Особым указом Никон вменял в обязанность священникам и диаконам воспитывать своих сыновей так, чтобы они непременно становились священнослужителями, не унижая чести духовного сословия переходом в сферу мирских занятий. Впоследствии Собор 1666-1667 годов придал этому распоряжению Никона силу закона119. Все священники, диаконы и даже их жены носили особые одежды, по которым их можно было отличить120. Тем паче монахи всегда должны были ходить в своих одеждах, клобуках и мантиях. Монахов, которые дерзали появляться в городе без мантии, немедленно ссылали «в сибирские страны ловить соболей». Архиерея никто из мирян не должен был видеть иначе, как только в архиерейской мантии121.
Русские священники в большинстве своем были истинными пастырями, душу свою полагавшими за други своя, делившими с народом и радость, и горе, и жизнь, и смерть. Тот же очевидец Павел Алеппский, описывая ужасы губительной эпидемии в 1654 году в Коломне и округе, сообщает о подлинно героическом поведении священнослужителей, до конца оставшихся с паствой.
Помимо того что они постоянно служили обычные службы, они днем и ночью находились в храмах, исповедуя и причащая привозимых туда умирающих людей. Никто из духовенства не уехал из пораженных эпидемией мест. Почти все духовенство Коломны и окрестностей умерло. Храмы долгое время стояли без службы...122
Такого высокого духовно-нравственного состояния духовенства патриарх Никон достигал поощрением ревностных пастырей, рукоположением достойных и строгими наказаниями нерадивых и распущенных. Вот что пишет по этому поводу Павел Алеппский: «От того Бог отступился и тот навлек на себя Его гнев кто совершил проступок или провинился перед патриархом: пьянствовал, или был ленив в молитве, ибо такового патриарх немедленно ссылает в заточение. В прежнее время сибирские монастыри были пусты, но Никон в свое управление переполнил их злополучными настоятелями монастырей, священниками и монахами. Если священник провинился, патриарх тут же снимает с него колпак: это значит, что он лишен священнического сана. Бывает, что он сам сжалится над ним и простит его, но ходатайства ни за кого не принимает, и, кроме царя, никто не осмелится явится перед ним заступником»123. Но Алексей Михайлович решался заступиться далеко не часто. Павел Алеппский наблюдал очень знаменательный случай. В Саввино-Сторожевском монастыре царю бил челом один греческий диакон, которого Никон сослал в этот монастырь с запрещением в служении.
Диакон просил царя, чтобы ему разрешили служить. Царь ответил: «Боюсь, что патриарх Никон отдаст мне свой посох и скажет: возьми его и паси монахов и священников; я не прекословлю твоей власти над вельможами и народом, зачем же ты ставишь мне препятствия по отношению к монахам и священникам?»124