Российский престол наследовал Феодор, тринадцатилетний сын Алексея Михайловича. Пользуясь малолетством государя, новые фавориты при дворе начали с особой быстротой разделываться со старыми. Сказался этот процесс и на положении Никона. Сразу оживились все его враги. Патриарху Иоакиму и царю последовали доносы с нелепыми обвинениями Никона в самых ужасных преступлениях. Достаточно представительная и достаточно враждебная Никону комиссия, отправленная в Ферапонтов монастырь, не нашла подтверждения ни одному из этих ужасов. Свидетели показали, что «у Никона ничего дурного не было»265. Однако самым ужасным, с точки зрения властей, явилось то, что Никон называет себя даже в документах и письмах патриархом, а Иоакима патриархом не признает и не молится о нем в уставных прошениях, что он поставил кресты с надписями о своем заточении «за слово Божие и за св. Церковь»... Этого было достаточно, чтобы резко ухудшить положение Никона. В июне 1676 года его перевели в Кириллов Белоозерский монастырь под строжайший надзор, поместили в тесных угарных кельях, отчего он едва не умер. Все кресты с надписями были уничтожены, с металлических сосудов надписи соскоблены. Всех монахов - спутников патриарха разослали в заточение в дальние монастыри. Лишившись друзей, лишившись возможности и физических сил для деятельности, Никон приручил диких лебедей и голубей, которые слетались к его келье, и из всех земных утешений единственным для него стали эти небесные птицы.
Великий святитель оканчивал свою жизнь так же, как начинал - в страданиях от несправедливости и злобы мира сего. Это рамки его земного существования. Этим отчасти объясняется особая острота той устремленности его души к небесному Иерусалиму, к горнему вечному миру, где «скиния Бога с человеками, и Он будет обитать с ними... И отрет всякую слезу с очей их, и смерти не будет уже; ни плача, ни вопля ни болезни уже не будет...» (Откр. 21, 3-4). Стремление к Царству Небесному находило свое естественное отражение в последние годы жизни Никона в его особом тяготении к своему Новому Иерусалиму. Шушерин свидетельствует, что Никон «непрестанное попечение име о обители Воскресенской, о Церкви святей, юже сам основа и не наверши, вельми бо жалея о том и Бога моля непрестанно, яко дабы ему паки во обители Воскресенской быти и навершити каменную великую церковь...»266.
Прошло два года. Царь Феодор Алексеевич мужал, становился способным к восприятию глубоких истин. Наибольшее влияние на него оказывала тетка - царевна Татьяна Михайловна. Она была старшей в царской семье, славилась особой духовностью и благочестием и являлась давней и верной почитательницей патриарха Никона. Она много рассказывала юному царю о той необыкновенной дружбе, которая связывала его отца с Никоном, о том, как много сделал патриарх для их семьи, когда спасал от эпидемии, как эти отношения были нарушены злыми людьми, как был несправедливо осужден и заточен великий святитель. Но особенное впечатление произвели на Феодора Алексеевича вдохновенные рассказы тетки о Новом Иерусалиме. Он пожелал сам посмотреть его. И когда в первый раз 5 сентября 1678 года царь увидел грандиозное здание, обошел монастырь, еще раз послушал рассказ Татьяны Михайловны, пояснявшей, насколько было возможно, величие замысла патриарха Никона об этом месте, то всей душой прилепился к Новому Иерусалиму! Он стал приезжать туда часто. С 1678 по 1680 год Феодор Алексеевич был здесь пять раз. Он молится за службами на Голгофе, жил по нескольку дней в монастыре, молча ходил всюду, смотрел, думал и проникался благоговением перед величием человека, начавшего созидать столь замечательное сооружение.
Новый Иерусалим начал теперь выручать своего основателя! Судьба Никона стала решаться в связи с решением судьбы его творения. По указу государя строительство Воскресенского монастыря возобновлено. Царь лично проверил, все ли в богослужении исполняется здесь по уставу патриарха Никона, и, обнаружив, что устав забыт, повелел восстановить его, записать и строго соблюдать все так, как было при патриархе Никоне. Сначала в 1679 году из ссылки были возвращены все приближенные Никона, в том числе И. Шушерин. Он был взят Татьяной Михайловной во дворец и сделался ее «крестовым дьяком» (ведал имуществом ее домовой церкви). Здесь он получил возможность пользоваться подлинными документами о патриархе Никоне для написания его жития, стал участником и очевидцем многих дальнейших событий.
2 декабря 1680 года Феодор Алексеевич в пятый раз посетил Воскресенский монастырь и обратился к архимандриту и старцам («возсия бо свыше на него солнце правды Христос Бог наш») со следующим предложением: «Аще хощете да взят будет семо Никон патриарх, наченший обитель сию... дадите мне прошение о сем за своими руками, сиреч челобитную, и Бог милостивый помощь подаст и то дело исправится»267. Братия «вси единодушном написаша Государю прошение».
Феодор Алексеевич показал прошение патриарху Иоакиму, сказав и о своем желании вернуть Никона в Воскресенский монастырь. Иоаким отказался поддержать это намерение, ссылаясь на то, что Никона осудил Собор во главе с вселенскими патриархами, и поэтому одни русские архиереи не могут изменить этого решения. Опечаленный царь все же решил утешить Никона и написал ему собственноручное письмо, в котором ободрял узника и обещал непременный пересмотр его дела и освобождение. Царь писал, в частности, что «от многих» слышит, что Никон «премудр бе зело и Божественного Писания снискатель, и истинный рачитель и поборник по святей непорочной вере, и хранитель святых Божественных догматов»268. Такова характеристика Никона его друзьями-единомышленниками.
Никон тем временем угасал. Архимандрит Кириллова монастыря Никита в середине 1681 года извещал патриарха Иоакима, что Никон «вельми изнемогает и близ смерти», что он принял схиму, не благоволив «переменити имени». Никита спрашивал, как и где похоронить узника. Иоаким, не сообщив ничего царю, ответил, чтобы похоронили, «якож и прочим монахам бывает», и погребли в паперти церкви в Кириллове монастыре. Случайно узнав об этом, Феодор Алексеевич приказал Иоакиму немедленно вернуть свое письмо, но тот ответил, что поздно, письмо уже отправлено в Кириллов. А Никон в те же дни из последних сил сам написал письмо в Воскресенский монастырь: «Благословение Никона патриарха сыном нашим: архимандриту Герману, иеромонаху Варлааму, монаху Сергию, монаху Ипполиту и вкупе всей братии! Ведомо вам буди, яко болен есмь болезнию великою, встать не могу, на двор выйти не могу ж, лежу в гноищи... умереть мне будет внезапу. Пожалуйте, чада моя, не помните моей грубости, побейте челом о мне великому государю; не дайте мне напрасною смертью погибнуть; уже бо моего жития конец приходит»269.
Получив это послание, братия Нового Иерусалима «исполнились плача» и немедленно передали письмо государю. Тот срочно собрал Собор, синклит, зачитал письмо Никона. Все единодушно высказались за его возвращение. Иоаким на сей раз согласился. За Никоном тут же отправили посланных во главе с дьяком И. Чепелевым (а в ссылку Никона отправлял, между прочим, пристав по фамилии Шепелев).
Дня за два до его прибытия Никон вдруг начал оживляться и готовиться в путь, делая это неоднократно. Окружающие «мняху яко в скорби и в беспамятстве сия творит». В самый день приезда царских гонцов Никон с утра начал собираться, велел одеть себя в дорожную одежду, вынести в креслах на крыльцо и сказал своим людям: «Аз готов есмь, а вы чесо ради не убираетеся, зрите вскоре бо по нас будут». Но люди думали, что он говорит это по болезни. Можно представить себе их удивление, когда тотчас в Кириллов прибыло царское посольство с приказом: «блаженного Никона» возвратить со всяким тщанием в Воскресенский монастырь! Патриарх с великим трудом встал, выражая благодарность государю, и снова опустился в кресло.