Тяжело больного Никона решили везти по рекам на стругах. Двинулись в путь сначала по Шексне, а затем по Волге. И вот тогда началось нечто необычайное! Из городов и сел, никем не призываемый, встречать Никона повалил народ. Люди несли своему патриарху кто что мог из съестных припасов и дорожных вещей, подходили под благословение, бежали со слезами далеко по берегу, провожая печальные струги. Утром 16 августа достигли Толгского Богородицкого монастыря в шести верстах от Ярославля. За полверсты от обители Никон велел остановиться. Силы покидали его. Он исповедался и причастился Св. Тайн запасными дарами великого четверга. Затем доплыли до монастыря, из которого навстречу вышли игумен со всей братией. Среди них оказался бывший архимандрит ярославского Спасского монастыря, а ныне ссыльный монах Сергий, тот самый, который особенно усердствовал в поношении Никона во время его осуждения. Никон тогда предсказал ему бесчестие и ссылку, что в точности и исполнилось. В этот день, 16 августа, Сергий после литургии прилег в келье отдохнуть и, едва уснув, увидел Никона, будто вошедшего к нему и сказавшего: «Брате Сергие, восстани, сотворим прощение!» Тут же проснувшись, Сергий услышал стук в дверь, монастырский сторож сообщал ему, что по Волге сюда приближается струг с патриархом Никоном. Теперь Сергий увидел тяжело больного Никона, заплакал, припал к его ногам «со многими умильными словами, вопия: «Прости мя, святче Божий, яко всех сих поношений на тя, яже понесл еси, повинен аз, досаждая и всякую злобу святыни твоей во время изгнания твоего творя, угождая собору!» Никон простил его и благословил.
Когда подплыли к Ярославлю, город загудел. Жители во множестве устремились к речке Которосли, где у монастыря Всемилостивого Спаса остановились струги с патриархом. Видя его в таком состоянии, люди «с плачем великим и рыданием» бросились в воду, припадали к руке и ногам святителя, прося прощения и благословения. Одни на берегу, другие по пояс в воде продвигали струг, на котором возлежал Никон. Воевода Ярославля со множеством народа, архимандрит Спасского монастыря с собором своей обители и духовенством города пришли к Никону выразить свою любовь, сострадание, поклонение, получить благословение. От крайней слабости Никон уже не мог благословлять, люди сами прикладывались к его руке (а ведь официально Никон был просто монах). Вокруг него собралось так много народа, что ввиду его тяжелого состояния решили перевезти струги на другой берег.
Спускались сумерки. В городе заблаговестили к вечерне. Блаженный Никон начал «конечне изнемогати и озиратися, яко бы видя неких пришедших к нему; такожде своима руками лице и власы и браду и одежду со опасением опрятовати, яко бы в путь готовитися». Архимандрит Кириллова монастыря Никита, сопровождающий Никона, и остальные братия поняли, что приближается смертный час патриарха, и начали «исходное последование над ним пети». Никон «возлег на уготовленном одре, дав благословление своим ученикам, руце к перcем пригнув, со всяким благоговением и в добром исповедании, благодаря Бога о всем, яко во страдании течение свое соверши, с миром успе, душу свою в руце Богу предаде, Его же возлюби. От жития сего отыде в вечное блаженство в настоящее лето 7189 (1681) месяца августа в 17 день»270.
Со скорбной вестью в Москву поскакал Чепелев. Царь Феодор Алексеевич, еще не зная ничего, послал в Ярославль свою карету «со множеством коней добрейших». Карета прибыла через два дня после смерти патриарха. На ней устроили прочное «возило», куда поставили гроб, и медленные кони повезли тело Никона в Новый Иерусалим.
Над русскими просторами поплыли печальные звоны. Народ со слезами выходил встречать почившего святителя. В Александровской слободе игуменья девичьего монастыря «со всеми черно- ризицами числом не менее двусот изыде во сретение вне монастыря со звоном, и со славославием, поюще литию, слезы точаще, с великим воплем восклицающе, плачуще о лишении своего пастыря и учителя, и проводише поприще едино, целовавше тело блаженного, возвратишася паки во обитель». Торжественно встречала печальный поезд Троице-Сергиева лавра. Архимандрит Викентий со всей братией вышел к святым воротам, над гробом Никона пели литию, «целовавше тело блаженного со слезами».
Весть о кончине Никона сильно подействовала на молодого царя. Он спросил Чепелева, каково духовное завещание усопшего. Дьяк ответил, что говорил об этом с Никоном, но тот сказал: «Вместо моея духовныя да будет мир и благословение царю... и всему их царскому дому, а о душе моей и о грешнем моем теле, о погребении и поминовении, о всем да будет он, благочестивейший царь... строитель и елико благоволит, тако сотворит». Феодор Алексеевич был тронут до слез и благоволил отпеть и похоронить Никона как патриарха с самыми великими почестями. Иоаким, несмотря на многие уговоры государя, отказался поминать Никона «патриархом» и по этой причине не поехал на погребение, благословив митрополиту Новгородскому Корнилию возглавить отпевание и поминать почившего так, как «повелит царь».
Утром 26 августа 1681 года тело патриарха Никона привезли и остановили на Елеонской горе против Воскресенского монастыря, у часовни, сооруженной, как пишет Шушерин, «во знамение общей любви и совета» Никона и Алексея Михайловича «к начинанию обители святыя и именованию, еже есть Новый Иерусалим...»271 Предварительно Никона облачили в подобающие святительские одежды, надели архиерейскую мантию, панагию, схиму272. Началось небывало торжественное погребение, длившееся непрерывно десять с половиной часов273. Никона поминали «патриархом». Царь читал 17-ю Кафизму, Апостол, пел вместе с хором. Святители похоронили по его завещанию, в Воскресенском соборе в Предтеченской церкви под Голгофой. С пением «Святый Боже...», обливаясь слезами, Феодор Алексеевич придал тело Никона земле. Необычное поведение царя обращало на себя всеобщее внимание. Шушерин пишет, что все весьма дивились, «видя тако творяща царя и толикия сердечныя любви ко святейшему Никону патриарху показующа, яко не слышно в нынешних родех тако творяща царя: и в память предыдущему (в смысле последующему. - Авт.) роду во удивление сие сотвори»274. Это было в самом деле весьма многозначительно, особенно если учесть, что здесь, среди царской семьи, стоял будущий император Петр, уже достаточно взрослый, чтобы хорошо запомнить картины погребения Никона...
В это время на Востоке вселенских патриархов уже объезжал царский посол Прокопий Возницын, получая от них соборные грамоты, которыми кафолическая церковь охотно и с радостью разрешала Никона, восстанавливала его патриаршее достоинство и причисляла к лику первопрестольных святейших московских патриархов. В сентябре 1682 года грамоты были доставлены в Москву.
Все это, а особенно необыкновенное следование сперва живого, а затем почившего святителя от Кириллова монастыря до Нового Иерусалима, явилось сплошным триумфом патриарха Никона. Православная Россия под колокольные звоны выходила на реки и дороги встречать, славить и оплакивать своего патриарха. Это было поистине всенародным признанием, вменявшим ни во что неправедное извержение и осуждение Никона. Не дожидаясь формального восстановления его в патриаршем достоинстве, даже не зная, что такое восстановление последует, народ припадал к нему как к святителю-исповеднику и страстотерпцу. Это был поразительный случай, когда напор народной веры взламывал и отбрасывал прочь даже официальное соборное определение! Вот когда в полной мере обнаружилось, что русский народ по-настоящему любит и чтит патриарха Никона, безгранично верит в его праведность!.. Как и он безгранично верил в праведность русского народа, засвидетельствовав навечно эту веру созданием Нового Иерусалима - явным указанием на великое кафолическое значение Русской Православной Церкви... Такая вера народа не бывает тщетной. У гробницы патриарха Никона в Воскресенском монастыре с конца XVII по начало XX века были зафиксированы многие случаи чудесных исцелений и благодатной помощи людям после молитвенного обращения к Никону275.