Вскоре бывшие гестаповцы обрели силу и влияние. Они взяли на себя ответственность за реорганизацию кадров службы безопасности и разведки Насера.
Командир личной охраны Гитлера и начальник гестапо Варшавы Леопольд Глейм (в Египте — Али Нашер) руководил истязаниями друзей Эли Когена после их ареста в 1954 году: он был признанным специалистом по этой части. Бернхард Бендер (в Египте — полковник Ибн Салем) был начальником Глейма, а ранее — главным советником Генриха Гиммлера.
Под руководством Йохима Дэмлинга, бывшего майора СС и начальника гестапо в Дюссельдорфе, по образцу концентрационных лагерей была создана система центров для интернированных. Эли Коген попал в один из таких центров во время допроса по делу о диверсионных актах в 1954 году.
Неудивительно, что лидер профсоюзов Западной Германии утверждал: «Египет Насера является питательной средой для неонацистов».
Ситуация стала критической, когда началась Суэцкая кампания в октябре 1956 года, в ходе которой Израиль вместе с Великобританией и Францией вторгся в Египет. Месть Насера сделала жизнь 45 тысяч евреев, оставшихся в Египте, еще более невыносимой. Их насильно изолировали в гетто, брали в заложники и сажали в тюрьмы, на них накладывались коллективные штрафы. Закрывались синагоги, еврейские школы и больницы. Иврит был запрещен даже в молитвах. Еврейские врачи и другие профессиональные специалисты лишались частной практики, а их собственность часто конфисковывалась. В кафе и ресторанах появились объявления: «Евреям и собакам вход запрещен». Все евреи обязаны были иметь удостоверение личности желтого цвета — унизительная мера, восходящая к средним векам и нацистской Германии.
В течение недель, последовавших за Суэцкой кампанией, операция «Гошен» проводилась как никогда энергично. В этот период около 10 тысяч человек покинули страну и переехали в Израиль.
Среди тех, кто хотел остаться, были в основном пожилые евреи, которые не могли покинуть землю, где они родились.
В ноябре Эли Когена вновь арестовали. На этот раз он был уверен, что его казнят: он активно работал на сионистов в течение многих лет, поэтому было очевидно, что дело его раскрыто.
Однако в течение трех недель пребывания в тюрьме он не потерял здравомыслия, которое спасало его уже дважды. И теперь ему удалось убедить следователей в том, что он был сионистом только по своему убеждению. Никаких фактов его деятельности не было вскрыто.
Тем не менее ему объявили, что он будет выслан из Египта. И вновь Эли удивил власти: он попросил продлить срок своего пребывания в стране. Власти с негодованием отказали ему: он должен покинуть Египет с первым отбывающим пароходом.
20 декабря 1956 г. Эли Коген ступил на борт парохода «Мзир», принадлежавшего Красному Кресту и использовавшегося для вывоза репатриантов. У него были небольшой чемодан и мизерная сумма в египетских фунтах, разрешенная законом о валюте для эмигрантов. В его паспотре стояла отметка: «Не действителен для возвращения в Египет».
Пароход прибыл в Неаполь, где пассажиры должны были пересесть на корабли, выделенные для них израильским правительством. Эмигрантов было так много, что ждать приходилось довольно долго. Эли провел несколько недель в маленьком номере гостиницы в Генуе. Но позднее он говорил, что в те дни был в «приподнятом настроении».
Наконец он достал место на итальянскбм грузовом пароходе «Фелипе Гримони», который вышел из Неаполя в начале февраля, а 12 февраля прибыл в порт Хайфа.
Тысячи евреев иммигрировали в Израиль благодаря усилиям Эли в Египте. Настало время, когда и он присоединился к ним.
Однако впереди его ждали еще более великие дела.
Как и все иммигранты, в Хайфе Элц получил документы гражданина Израиля. Однако это не облегчило ему первые дни пребывания в стране. Он чувствовал себя чужаком.
В Египте письмо в Израиль рассматривалось как преступление, наказуемое смертной казнью, поэтому Эли не писал родителям в течение шести лет, и не знал, где они проживают.
Ему удалось найти адрес своего брата Мориса в Рамат-Гане, пригороде Тель-Авива. Эли отправился к брату. Мориса не было дома, но сосед проводил Эли до квартиры его родителей, расположенной в южной части города на песчаных дюнах в районе Бат-Яма. Район этот населен был преимущественно выходцами из Северной Африки и египетскими евреями.
Эли остановился около современного белого дома в самом конце дороги. Она называлась «Дорогой мучеников Каира», в память о друзьях Эли, которые погибли или находились в застенках Насера. Это название будет постоянно напоминать Эли о совсем недавнем прошлом.
Возвращение было и горьким, и радостным. Родители несказанно обрадовались ему и засыпали его вопросами. А самый младший брат Абрам, на двадцать лет моложе Эли, посмотрел на него безучастно и спросил: «Кто этот человек?»
Даже для членов семьи Эли стал немного чужим. Он и раньше не проявлял своих чувств открыто, а долгие годы подпольной работы в Египте усугубили его скрытность. На вопросы родителей он отвечал скупо и кратко. Было ясно, что он не хотел говорить о своих делах в Египте.
Морис Коген вспоминал: «Эли был словно закрытая книга. Он и потом никогда не рассказывал нам о своей подпольной деятельности. От него мы ничего не узнали… Он прятал свои мысли, как банкир прячет свои сокровища в прочном сейфе».
Эли долго и трудно привыкал к новому дому. Израиль озадачивал и разочаровывал его во многих отношениях.
Оставаясь глубоко религиозным человеком, он был потрясен безверием многих израильтян. Эли приходил в ярость от того, что евреи, говорящие на языке Библии, могли совершать преступления или обманывать. Многие из них не соблюдали Субботы и других больших праздников, а ведь они были евреями и жили на родной земле. Эли не мог понять всего этого. В своей вере Эли был идеалистом, и отступления от идеалов он воспринимал очень болезненно.
В Египте Эли столкнулся с предрассудками европейских евреев по отношению к ближневосточным братьям. Эта болезнь и сейчас терзает израильское общество, но тогда для религиозных идеалистов, как Эли, эта проблема была особенно мучительной.
Другие проблемы носили более личный характер. Ему было тридцать два года. В этом возрасте большинство мужчин имеют семью или карьеру, или то и другое. У Эли не было ни того ни другого.
Он жил в одной комнате с одиннадцатилетним братом и находился на иждивении родных. Героизм его прошлой деятельности не имел здесь никакого значения, так как никто о ней не знал. Казалось, его многообещающие задатки остались невостребованными.
Разочарованный и угнетенный, Эли нашел забвение в самообразовании. Подпольная работа в Египте оставляла мало времени для учебы, и он решил наверстать упущенное. Эли стал изучать современный иврит и греческий, совершенствовать немецкий и итальянский языки. Он опять увлекся математикой и электроникой, прочитал несколько учебников по этим дисциплинам. В квартире родителей Эли оборудовал темную комнату и вновь занялся фотографией.
Эли ещё долго оставался без работы. Братья с гордостью рассказывали о службе в израильской армии, а он молча слушал и не мог разделить их восторга. Эли так долго жил один, что чувствовал себя чужим в своей собственной семье.
Несколько месяцев он провел, путешествуя автостопом по Израилю. Только в конце 1957 года ему предложили работу в министерстве обороны. Это не было случайностью. Разведывательные органы Израиля знали об Эли гораздо больше, чем его родные. Его кандидатуру они наметили сразу, но работу предложили лишь через год, дав ему вначале осмотреться.
Эли направили в контрразведку. Он должен был изучать арабские газеты, переводить их на иврит и на основе газетной информации делать анализ политической обстановки. Иногда ему приходилось писать характеристики на ведущих арабских политических деятелей, используя материалы прессы и собственные знания психологии египтян. Эли прекрасно справлялся со своими обязанностями, однако вскоре стал тяготиться ими, ибо был профессиональным разведчиком. Он не мог выносить однообразия и рутины кабинетной жизни. Через некоторое время Эли занялся изучением торговли и бухгалтерского дела, чтобы заполнить свободное время. Примерно год спустя он обратился к своему руководству и заявил о желании заняться активной деятельностью.