Конкретные задачи войскам, которые не определили политическое и высшее военное руководство теперь уже ставила сама жизнь, условия обстановки, в которых им пришлось действовать. Они охраняли важнейшие объекты в Кабуле и других гарнизонах, где они расположились, аэродромы, основные автомобильные магистрали, осуществляя проводку автоколонн с различными грузами, предназначенными как для 40-й армии, так и для нужд Афганистана, поддерживали органы государственной власти в 21 провинциальном и во многих уездных и волостных центрах. Вели совместные с правительственными войсками и самостоятельные боевые действия по отражению нападения вооруженных отрядов мятежников и разгрому наиболее опасных их группировок. Осуществляли борьбу с караванами, доставлявшими оружие и боеприпасы в Афганистан с территории Ирана и Пакистана.
Группа офицеров Министерства обороны во главе с генералом армии В. И. Варенниковым, (руководитель рабочей группы генерал-лейтенант В. А. Богданов), занимающаяся обобщением опыта боевых действий в Афганистане, весь период пребывания советских войск в Афганистане (по характеру выполнявшихся задач) разделяет на следующие четыре этапа.[45]
Первый: с декабря 1979 г. по февраль 1980 г. Ввод советских войск в Афганистан, размещение их по гарнизонам, организация охраны пунктов дислокации и перечисленных выше объектов.
Второй: с марта 1980 г. по апрель 1985 г. Ведение активных боевых действий, в том числе широкомасштабных, как, например, в провинции Кунар в марте 1980 г. Работа по реорганизации и укреплению вооруженных сил Демократической Республики Афганистан.
Третий: с апреля 1985 г. по январь 1987 г. Переход от активных действий преимущественно к поддержке афганских войск советской авиацией, артиллерией и саперными подразделениями. Применение мотострелковых, воздушно-десантных и танковых подразделений главным образом в качестве резервов и для повышения морально-боевой устойчивости афганских войск. Подразделения спецназначения продолжали вести борьбу по пресечению доставки оружия и боеприпасов из-за рубежа. Оказание помощи в развитии вооруженных сил ДРА. Частичный вывод советских войск из территории Афганистана.
Четвертый: с января 1987 г. по февраль 1989 г. Участие советских войск в проведении афганским руководством политики национального примирения. Активная деятельность по укреплению режима, оказание помощи в становлении вооруженных сил ДРА. Продолжающаяся поддержка боевой деятельности афганских войск. Подготовка советских войск к выводу и полный их вывод.
Боевые действия советских войск носили как характер плановых операций, проводимых по утвержденным командованием ежемесячным планам против наиболее сильных группировок (всего проведено 416 таких операций), так и неплановых действий, когда приходилось вести непредвиденные действия, навязанные противником.
Первые носили, как правило, более крупномасштабный характер. В частности, несколько крупных операций было проведено в изолированной горной долине и ущелье реки Панджшер против вооруженных формирований Ахмат Шаха, разгрому крупного базового района оппозиции в районе Дарзаб (на границе провинций Джаузджан и Фарьяб); в зеленой зоне Джабаль-Уссарадж, Чарикар, Махмудраки в 1982 г., в районах Кандагара, Герата, Кундуза, в провинциях Баглан, Каписа, Парван, в провинциях Логар, Нанганхар, Пактия и в округе Хост в 1985–1986 гг.
Одной из последних крупных операций советских войск, проведенных совместно с афганскими войсками, была операция под кодовым названием «Магистраль», в результате которой осуществлено деблокирование дороги Гардез — Хост и проводка автомобильных колонн с запасами материальных средств для войск гарнизона и населения (в конце 1987-начале 1988 гг.).
Кроме того в Афганистане проведено 220 частных операций и боевых действий в зонах ответственности соединений по уничтожению отдельных вооруженных отрядов мятежников, устройству засад на караванных путях, оказанию помощи своим подразделениям, расположенным отдельно и решения других задач. Проведено также большое количество рейдовых действий в предполагаемых районах расположения противника с целью разведки его сил и средств, а также засадных действий на путях выдвижения караванов моджахедов и их вооруженных отрядов.