Ежегодно проводилось несколько армейских операций, в которых участвовали части и подразделения одной-двух мотострелковых дивизий, десантных и инженерных войск, артиллерии и основные силы авиации. Более частыми были операции в масштабе дивизий и полков. В связи с тем, что большое количество войск было задействовано на охране гарнизонов, коммуникаций, даже для проведения армейских операций задействовалось обычно не более 10–15 тыс. человек, включая подразделения обеспечения. Численность в дивизионных и полковых операциях, составляло около одной пятой части их списочного состава. Все это также не могло не сказываться на эффективности проводимых боевых действий.
Если на первых двух этапах при проведении совместных боевых действий афганские правительственные войска играли лишь вспомогательную роль, то, начиная с 1985 г., они уже окрепли и начали проводить и самостоятельные операции при поддержке в ряде случаев советской авиации и войск. С 1987 г. советские войска по существу прекратили активные наступательные действия. И за исключением периода, когда проводилась операция «магистраль», вели лишь периодические боевые действия в случаях, когда мятежники совершали нападения на гарнизоны и коммуникации.
Главная причина низкой социально-политической эффективности боевых действий как советских, так и афганских войск состояла в том, что результаты военных действий не закреплялись политическими мерами. Так, в долине р. Панджшер за десять лет было проведено 12 крупных операций и большое количество боевых действий других масштабов, мятежники неоднократно изгонялись из этой территории, но государственные власти в этом районе так и не закрепились. В Афганистане около 30 тыс. кишлаков (сельских населенных пунктов), в ходе боевых действий освобождались многие тысячи из них. Но новые органы власти создавались лишь в 1-й тысяче из них и то лишь во многих случаях лишь на короткое время.
Чаще всего правительственные органы посылали в освобожденные населенные пункты эмиссаров из Кабула или уездных центров, которых никто не знал на местах. В отличие от этого моджахеды назначали старостами наиболее авторитетных местных жителей, что и обеспечивало большую прочность их власти. Все это обесценивало и во многом делало бесплодными проводимые боевые действия против моджахедов.
Отметим также, что часто бессмысленные бомбо-штурмовые и ракетно-артиллерийские удары были малоэффективными в военном отношении.
Они лишь противопоставляли местное население советским и правительственным войскам не принося серьезного урона вооруженным формированиям моджахедов, в то же время приводили к большим жертвам среди мирного населения, разрушению населенных пунктов, ирригационных систем, посевов и садов.
Охрана и оборона мест своего расположения, аэродромов, других важных объектов и коммуникаций, борьба с противником, действующим партизанскими методами, стала одной из задач, которую пришлось выполнять советским войскам в Афганистане и к которой она оказалась в целом наименее подготовленной. Дело в том, что и во время гражданской войны 1918–1921 гг., и при освобождении Западной Белоруссии, Западной Украины и при вводе войск в Прибалтийские страны и во время второй мировой войны в Европе, в Китае и других военных акциях Советская Армия (особенно первоначально) воспринималась большинством населения соответствующих стран, как армия-освободительница и ей практически никогда (кроме советско-финской войны) не приходилось иметь дело с организованным сопротивлением, а тем более с массовым партизанским движением в своем тылу. Советские войска, как правило, встречали помощь и поддержку от местного населения. Поэтому то, что ожидало их в Афганистане — хорошо организованные террористические и партизанские действия — оказались неожиданными. Задача охраны объектов и коммуникаций, как и проводка автоколонн с грузами по дорогам, из второстепенной превратились в одну из главных боевых задач, которые пришлось практически осваивать путем проб и ошибок уже в ходе военных действий на территории Афганистана.
Не на высоте оказались наши штабы и в деле организации разведки и конкретного изучения театров военных действий на территории сопредельных государств. С этой проблемой пришлось столкнуться еще при подготовке и проведении Маньчжурской операции 1945 г., когда оказалось, что мы очень слабо знали положение оборонительных сооружений и особенно сети дорог на территории Маньчжурии.