Во всяком случае по опыту Великой Отечественной войны в ходе проведения активных военных действий и хорошо подготовленных операций с нашей стороны достигались значительно лучше оперативно-стратегические результаты и при меньших потерях, чем в проводимых периодически бесплодных частных операциях и боевых действиях.
Ввиду отсутствия у высшего военного командования и Генерального штаба долгосрочных планов ведения военных действий в Афганистане, вся деятельность советских войск строилась на основе ежемесячных планов, которые утверждались обычно Министром обороны. Их разработка осуществлялась командующим войсками Туркестанского военного округа совместно с главным военным советником в афганской армии под общим руководством Оперативной группы Министерства обороны, находившейся в Кабуле. Рассмотрение и утверждение этих планов, особенно в бытность Министра обороны Д. Ф. Устинова, носили весьма затяжной и мучительный характер. Иногда пока утверждались планы разгрома тех или иных группировок моджахедов, обстановка существенно менялась и по ходу развития событий приходилось изменять и планы. Для того, чтобы понять истоки такой системы управления, нужен небольшой экскурс в историю.
Громоздкая, недостаточно поворотливая, бюрократическая система управления в той или иной мере всегда давала о себе знать в русской армии. Об этом писал еще Ф. Энгельс после Крымской войны 1853–1856 гг. Эти явления дали о себе знать в русско-турецкую 1877–1878 гг., в русско-японскую и первую мировую войны. Не удалось избавиться от этого порока и в Советской Армии. Например, одной из причин первоначальных неудачных действий в районе озера Хасан в 1938 г., да и в районе Халхин-Гола (до вступления в командование Г. К. Жукова) явились именно запутанность и искусственное усложнение системы управления. Так, в районе озера Хасан с управлением сравнительно небольшим количеством войск могли бы справиться командир корпуса и командующий войсками Дальневосточного военного округа с оперативной группой. Но спешка и требование высших властей немедленно уничтожить вторгшие японские части привели к вмешательству в боевое управление многочисленных инстанций, которые не давали возможности друг другу нормально работать. Непосредственно управлял боевыми действиями командир 39-го стрелкового корпуса В. Н. Сергеев, над ним был командующий 1-й армией К. П. Подлас.
В их дела непрерывно вмешивались и пытались отдавать распоряжения соединениям и частям, находившимся в районе боевых действий начальник штаба Дальневосточного военного округа Г. М. Штерн (с опергруппой), а также прибывший из Москвы (тоже с оперативной группой) армейский комиссар Л. З. Мехлис. Управление осуществлял также командующий войсками округа В. К. Блюхер со своим штабом, которых непрерывно теребили запросами об обстановке и указаниями народный комиссар обороны К. Е. Ворошилов, Генштаб, Главное политическое управление и другие органы. Такая система управления ничего, кроме бестолковщины и неорганизованности порождать не могла. После этого была советско-финская война.
Война 1941–1945 гг., которая благодаря своим масштабам и напряжению, делала порой просто невозможной излишнюю опеку и централизацию, хотя стремление к этому сохранялось. И эта тенденция дала о себе знать и во время афганских событий. Советскими войсками в Афганистане командовал командующий 40-й армией, подчиненной командующему Туркестанского военного округа. Чуть позже над ними появилась еще одна командная инстанция — Главное командование Южного направления (в Баку). Командные функции по отношению к войскам в Афганистане сохраняли Главнокомандующие сухопутными войсками и ВВС, командующие родами войск и тыла. Все эти управленческие инстанции в свою очередь подчинялись Министру обороны и Генштабу. Политической работой руководило главное политическое управление. Все они непрерывно запрашивали те или иные данные по обстановке и пытались так или иначе влиять на советские войска в Афганистане.