Надо сказать, что такое понимание Универсума было вполне логичным в модели Лилли, но все же такое схематическое, «формальное» видение мира тяготило ученого. Поэтому он постоянно искал альтернативу научному концептуальному мировоззрению. И в конечном итоге благодаря йоге Патанджали, а потом с помощью чилийского мистика Оскра Ичазо д-р Лилли пришел к выводу, что для достижения единения с Абсолютом необходимо отбросить как «программирующего», так и «программу». Вот что он пишет о своем новом понимании: «Новая, более тотальная медитация проходила следующим образом: „Мой мозг — гигантский биокомпьютер. Я сам — метапрограммист в этом биокомпьютере. Мозг расположен в теле. Ум — средство программирования в биокомпьютере“. Это основные положения, использованные в „Человеческом биокомпьютере“. Ключом к медитации было: „Кто я?“, ответ: „Я не есть мое тело, я не есть мой мозг, я — не мой ум, я — не мое мнение“. Позднее это было расширено до более действенной, несущей энергию медитации из пяти частей: „Я не биокомпьютер. Я не программист, я не программирование, я не программированное, я не программа“. Когда медитация прогрессировала до последнего пункта, я неожиданно оказался способным разорвать связи с биокомпьютером, с программистом, с программированием, с запрограммированным, и вспять, в стороне — в стороне от ума, мозга, тела, — наблюдать, как они работают и существуют отдельно от меня. Таким образом для меня Патанджали был расширен и переведен в более современную терминологию. Старый „наблюдатель“ был частью программиста, „старое наблюдение“ было одной программой из серии программ. Существовало некоторое частичное совпадение между концепциями, но новая концепция была значительно шире старой». Отметим, что эти слова принадлежали доктору медицины с огромным стажем научной работы.
Итак, если «духовное» отрицается или выносится за скобки, это ведет к низведению Абсолюта до гигантского суперробота, сверхсистемы, в которой человек играет роль микроскопического бездушного элемента. Вместе с тем, если мы будем ясно различать «духовное» и «идеальное», тогда рабочая гипотеза, в которой моделью мозга служит компьютер, может принести нам множество полезных открытий, применимых на практике. Зная принцип работы мозга, можно оказывать сознательное на него воздействие с целью просмотра данных, содержащихся в «банке данных», т. е. в памяти; становятся понятными механизмы программирования и метапрограммирования. Например, внедренные в детстве автоматические метапрограммы, осуществленное извне насильственное метапрограммирование (когда программы осознанно или нет закладываются в момент шока (об этом см. ниже)), во взрослом состоянии продолжают функционировать ниже уровня сознания. Такие программы из области бессознательного могут контролировать сознательно заложенные программы и принуждать к противоречащим этим сознательным программам поступкам, вызывая различные психические конфликты. С помощью ряда психотехник можно переводить бессознательные содержания в область сознания, а потом решать их дальнейшую «судьбу» (будут ли они стерты или интегрированы в общую метапрограмму). Более того, знание механизмов работы биокомпьютера может иметь непосредственное отношение к актуализации глубоких религиозных переживаний (о чем будет сказано ниже).
О том, что компьютерная концепция мозга может служить хорошей рабочей моделью для практического применения, свидетельствуют, к примеру, успехи нового направления в психологии именуемого нейролингвистическим программированием (сокращенно НЛП). Идея НЛП зародилась в начале 1970-х годов, прежде всего благодаря усилиям лингвиста Джон Гриндера и математика, психотерапевта и специалиста в области компьютеров Ричарда Бэндлера, которые изучали методы эффективного изменения поведения человека. В настоящее время методы НЛП применяются в бизнесе, государственном управлении, спорте и т. д.