29 сентября 1458 года городская крепость и весь кремль вновь выгорели дотла.
Великий князь Иван III укрепил крепостные стены в городе. При нем в 1480 году Русь фактически освободилась от татаро-монгольского ига, тяготевшего над Русью почти три столетия, хотя вплоть до взятия Казани Иваном Грозным в 1552 году татары неоднократно нападали на Муром.
В 1538 году, как сказано в летописи, Сафа-Гирей «царь Казанский же, яко змий вынырнув из хвраетия» (хвороста), вновь подступил к Мурому, сжег предместье, но не мог взять самого города: граждане, затворясь в крепости, оборонялись крепко, отражая неприятеля из пушек и пищалей, и вскоре под натиском войск князя Дмитрия Вельского татары отступили.
В 1539 году казанцы вновь появились в муромских и нижегородских землях. Один из летописцев, сравнивая то время с Батыевым, говорит: «Батый протек молниею русскую землю, казанцы же не выходили из ее пределов и лили кровь христиан как воду. Обратив монастыри в пепел, неверные жили и спали в церквах, пили из св. сосудов, сыпали горящие уголья в сапоги монахам и заставляли их плясать».
В течение трех столетий Муром неоднократно сжигался дотла, жители города либо были истреблены, либо уведены в плен, и только благодаря неистребимому духу народа, его постоянному стремлению к творческому созиданию город пережил все невзгоды, выстоял все стихии.
Несмотря на то, что границы Русского государства в XVI столетии значительно продвинулись на восток, казанские ханы постоянно угрожали русским городам.
Строительство города Васильсурска в 1523 году в устье реки Суры при впадении в Волгу закрепило границу Русского государства на расстоянии 150 км от Казани.
После неудачного похода на Казань в 1549 году Иван Грозный принял решение захватить ее и возвратить земли Поволжья и реку Волгу их исконному владельцу - русскому народу. Небезынтересно знать, что решающее значение сыграла муромская рать в битве под Казанью в 1552 году, когда многочисленное войско Ивана Грозного дрогнуло от неожиданной вылазки татар. «Казанцы еще не уступали своих трофеев, - пишет Карамзин, - но явились муромцы, дети боярские, стародавним племенем и доблестью: ударили, сломили неприятеля, втиснули в ров. Победа решилась…»
Взятием Астрахани в 1556 году завершилось освобождение русских земель от татарского ига, после чего начался быстрый расцвет культуры, искусства, материального благосостояния государства.
Муром потерял значение форпоста русского государства на восточной границе и получил возможность для мирного развития.
С утверждением централизованного русского государства после полного освобождения от татаро-монгольского ига Муром зажил полнокровной жизнью, залечивая раны, нанесенные войнами, пожарами, голодом и болезнями. После долгого перерыва, длившегося около трех столетий, возобновилась муромская ярмарка.
В честь победы над Казанью в Муроме были созданы высокохудожественные произведения русского национального зодчества - Преображенская церковь Спасского монастыря, Благовещенская церковь; зодчими Бармой и Посником, строителями церкви Василия Блаженного в Москве в 1565 г., выстроена также одношатровая Козьмодемьянская церковь.
По образцу владимирского Успенского собора в XVI веке строится Богородицкий собор в кремле, Николо-Зарядская церковь и другие сооружения, большинство из которых до нашего времени не сохранилось.
Однако есть основания предполагать, что каменное строительство на территории города было, по всей видимости, и в значительно ранний исторический период - в XI - XII столетиях.
К сожалению, сегодня из-за отсутствия достаточных данных невозможно представить себе город XI - XII вв. Это время ждет тщательных изысканий, которые помогли бы узнать планировку бывшей столицы Му-ромо-Рязанского княжества. Некоторые сопоставления со Старой Рязанью, входившей в это княжество, то, что епископ Муромо-Рязанской епархии находился в Муроме, а также обнаруженные в 1873 г. при реставрации Богородицкого собора обломки белокаменных колонн и капителей, относящихся, по определению губернского архитектора Артлебена, к XII веку, подтверждают мысль, что на территории города начало каменного строительства можно отнести к XI - XII векам и, по всей видимости, по своим формам архитектура была близка к архитектуре Старой Рязани.
Существование собора, построенного около 1170 года муромским князем Юрием Владимировичем, подтверждается историком Голубинским, который отмечает, что «неназываемая по имени церковь в Муроме, которую создал муромский князь Юрий Владимирович, умерший в 1174 году, вероятно, есть та церковь Рождества Богородицы, которая является ныне Муромским собором».