События 1989 г., ознаменовавшегося переворотами в ДУМ Средней Азии и Казахстана (САДУМ) и в ДУМ Северного Кавказа, наглядно показали, что профилактике ваххабизме уделялось недостаточно внимания. Ломка советской системы муфтиятов привела и к хаотизации их внешней деятельности, — Отдел международных связей мусульманских организаций СССР де-факто прекратил свое существование, а достойно продолжить ее традиции смогло лишь ДУМ Закавказья, которое чрезвычайными усилиями своего председателя шейх-уль-ислама Аллахшукюра Паша-заде сумело избежать распада и сохранить авторитет во всей зоне своей юрисдикции.
После распада СССР исламское сообщество России оказалось предоставлено само себе, и внешние связи его лидеров первоначально имели своим приоритетом установление дружеских контактов с богатыми зарубежными единоверцами, на которых возлагалась основная надежда в деле финансирования исламского возрождения. При этом большинством из них был забыт принцип различения полезного и вредного, хорошего и плохого. И если прошедшие школу Отдела международных связей мусульманских организаций СССР мусульманские лидеры — например, Талгат Таджуддин, быстро поняли, чем чреваты дипломатические просчеты в отношениях с «благотворителями» из ваххабитских стран, то новые поколения муфтиев таким «чутьем» не обладали, и многие их представители попали под влияние ваххабитов или же просто были ими завербованы.
По мере развития исламского возрождения внешние контакты российских мусульман перестали ограничиваться только поиском средств и оптимизацией хаджа. В 1997 г. была создана Международная исламская миссия, призванная продолжать дело Отдела международных связей мусульманских организаций СССР и упорядочивать мусульманскую дипломатию России. Правда, к этому времени ни о какой централизованной дипломатии речи уже не шло — российская умма раздробилась более чем на 40 муфтиятов, которые активно враждовали между собой.
С созданием в 1990 г. Исламской партии возрождения духовные управления мусульман встали перед острой необходимостью выстраивать отношения с возродившимися политическими структурами мусульман, которые, как и раньше, не скрывали своей враждебности к официальным институтам управления уммой. Например, в 1992 г. в Казахстане активисты партии «Алаш» пытались свергнуть муфтия Ратбека Насымбаева, а в Таджикистане сторонники Исламской партии возрождения (Партии исламского возрождения Таджикистана) вообще спровоцировали гражданскую войну. В постсоветской России их коллеги также сыграли не последнюю роль в смещении целого ряда муфтиев и разжигании внутримусульманских противоречий, таким образом на несколько лет заставили считаться с собой как с опасной и непредсказуемой силой.
После ликвидации Совета по делам религий СССР мусульмане смогли установить прямые контакты с чиновниками разных уровней и ветвей власти, получив в том числе и доступ к первым лицам. Это обстоятельство сулило большие перспективы, однако и вынуждало серьезно подходить к государственноисламским отношениям, которые ранее определялись лишь несколькими профильными чиновниками Совета по делам религий и были весьма предсказуемы. К сожалению, далеко не всегда обретенная в этой сфере свобода шла на пользу исламскому сообществу — в истории осталось больше негативных примеров взаимодействия мусульманских лидеров с властями. С другой стороны, именно власти оказали традиционным мусульманским организациям серьезное содействие и помогли им пережить, хотя и не без серьезных потерь, тяжелое десятилетие переходного периода.
В 1998 г. в России был создан Межрелигиозный совет России, в число учредителей которого вошли крупнейшие мусульманские структуры страны — Центральное духовное управление мусульман России и Совет муфтиев России. Таким образом стартовал новый этап развития межрелигиозного диалога в России, в рамках которого ведущие духовные лидеры получили возможность для регулярных собеседований. Апогеем межрелигиозно- го сотрудничества стало создание в 2004 г. Межрелигиозного совета СНГ, введение нового государственного праздника Дня народного единства в 2005 г. и проведение в Москве Всемирного саммита духовных лидеров в 2006 г. Кроме того, мусульманские организации стали проявлять больше внимание к двустороннему христианско-мусульманскому диалогу, как в пределах России, так и за рубежом, все с большим интересом затрагивая его теоретическую сторону.