В середине января 1894 года водянка сильно увеличилась: «Ступни ужасно отекают; вода дошла до груди, отсюда — страшная одышка». Из рукописной истории болезни Брукнера, которую вел в то время лечащий врач, доктор Рихард Хеллер, и которая хранится в Институте истории медицины Венского университета, мы узнаем, что для облегчения при одышке была произведена пункция диафрагмы. Обрадовавшись улучшению, Брукнер писал тогда: «Вода ушла из груди, но ноги пухнут. Еще у меня немного воды в животе». Это замечание указывает на то, что речь могла идти о наличествовавших уже с 1892 года застойных явлениях в печени, о застойном асците, который обусловливал скопление жидкости в области живота. С этого времени по настоянию доктора Хеллера он должен был придерживаться строгой (бессолевой), по большей части молочной диеты, исключающей алкоголь и табакокурение. Кроме того, Брукнер подвергался медикаментозному лечению. Ему, как явствует история болезни, был прописан дигиталис, который наряду с диуретином и препаратом теобромина считался в то время лучшим сердечным средством. В одном из Венских учебников медицины того времени уточняется лечебный эффект этих средств: «Среди сердечных средств доверия заслуживают только фолиа дигиталис, в то время как эрзацы не эффективны. Следует прописывать листья дигиталиса в виде порошка, а для нормализации мочеиспускания — еще и диуреагин — препарат теобромина».
Несмотря на лечение и соблюдение строгого постельного режима, болезнь, хотя с меньшей интенсивностью, продолжалась. В сентябре 1893 года, во время пребывания на отдыхе в Штирии, он снова слег, а после тяжелого кризиса в ноябре его состояние было настолько тяжелым, что он, опасаясь приближения смерти, составил завещание.
К всеобщему удивлению, он почувствовал себя в январе 1894 года настолько хорошо, что отважился на вторую поездку в Берлин. Однако это улучшение состояния было кратковременным, и в марте ему снова стало так плохо, что он потребовал последнего причастия. Однако, кризис был снова преодолен. Свой 70-й день рождения Брукнер отмечал в Штирии, хотя врачи категорически запретили ему участвовать в торжествах по случаю юбилея. В октябре он снова начал читать лекции в университете, но ему очень трудно было из-за одышки подниматься по лестнице в аудиторию. Он задыхался, даже взбираясь на кафедру. Один из слушателей вспоминает: «Он часто останавливался, поднимаясь на кафедру и говорил студентам: „Кабы не одышка, я был бы еще хоть куда!“». Вскоре Брукнер был вынужден навсегда отказаться от преподавательской деятельности. Состояние снова стало угрожающим, продолжали отекать ноги, увеличение количества жидкости в области плевры в декабре сильно затрудняло дыхание, и он во второй раз пригласил священника со святыми дарами.
1895 год прошел без тяжелых кризисов, состояние было, однако, неустойчивым, начался прогрессирующий распад личности. Это выразилось, прежде всего, в том, что Брукнер все больше начал впадать в детство, а его религиозность стала переходить в манию. В декабре 1895 года он писал брату: «Я, к сожалению, все еще нездоров».
12 января 1896 года в зале Музыкального ферейна исполнялась его 4-я симфония и «Те Деум». Брукнера, худого как скелет, донесли до его ложи в креслах. Он обратился к руководителю концерта господину фон Пергеру со словами извинения: «Вы же знаете, мое сердце доставляет мне много хлопот». В начале июля появились признаки сильного удушья, за которым последовало воспаление легких. В этот период Брукнер подолгу лежал без сознания и врачи не верили уже в возможность преодоления кризиса. Но 16 июля он снова почувствовал облегчение, встал с постели и потребовал, чтобы его вывели в сад. Наконец, 11 октября он в середине дня почувствовал сильный озноб, был отведен в постель и в течение нескольких минут, повернувшись на левый бок, простился с жизнью.
Диагноз, зафиксированный доктором Хеллером в истории болезни гласит: «Брукнер страдал хроническим заболеванием сердечной мышцы, что сопровождалось постоянно увеличивающейся одышкой при движении, скапливанием жидкости в плевре, отеком ног, отеком печени, затрудненным мочеиспусканием, расширением сердца. Дважды он перенес катаральную пневмонию». С точки зрения сегодняшнего дня, этот диагноз абсолютно верен. Заболевание сердечной мышцы Брукнера соответствовало так называемому заболеванию коронарных сосудов сердца, что впоследствии привело к атеросклерозу и сужению венечных сосудов. Видимо, неумеренная еда, курение и сидячий образ жизни способствовали развитию атеросклеротических процессов. Был ли еще дополнительный фактор риска в форме повышенного кровяного давления — неизвестно, поскольку измерение кровяного давления еще не стало в то время обычной процедурой. За несколько месяцев до смерти появились признаки недостаточности в левой половине сердца, сопровождаемые развитием отека легких, связанным с тяжелой одышкой. Сердечная недостаточность обусловила также склероз мозговых сосудов, что привело к изменению его личности. Смерть могла произойти в результате остановки сердца, что прекратило его дальнейшие страдания.