Когда Непомук в декабре 1788 года вместе с отцом отправился в свое первое концертное турне, он, по-видимому, благодаря содействию Моцарта, во время дебюта в Праге был не только тепло принят семьей Душек, дружившей с Моцартом, но и сразу же введен в аристократические круги общества. На дальнейшем пути в Дрезден произошел несчастный случай, когда коляска перевернулась и маленький Непомук чуть не задохнулся в снегу. К счастью, это происшествие не имело никаких последствий, так что он уже 10 марта 1789 года под бурные аплодисменты сыграл особенно известный в то время фортепьянный концерт С (KV 467) В. А. Моцарта. Продолжая турне через Магдебург и Брауншвейг, в Касселе, где он имел особый успех, он впервые тяжело заболел «черной оспой». Как Гайдн, Моцарт и Бах, Гуммель перенес это опасное инфекционное заболевание, широко распространенное в Европе в XVIII веке. Вольтер уже в 1727 году в своем одиннадцатом философском письме писал, что «из ста человек в мире по крайней мере 60 заболевали оспой». Ее очень боялись, потому что 70 % больных умирали. Только в 1719 году в Париже эпидемия оспы унесла 14 000 жизней, а общее количество умерших от этой инфекционной болезни между 1760 и 1800 гг. составляет 60 миллионов человек. Нам неизвестно, болел ли Гуммель, все лицо которого было сплошь покрыто нарывами, тяжело и продолжительное время, или болезнь протекала в легкой форме, как у Моцарта.
Весной 1791 года отец и сын благополучно прибыли в Лондон, где вскоре встретили Гайдна, концерты которого были приняты английской публикой с огромным восторгом. Когда однажды тринадцатилетнего Гуммеля попросили заменить заболевшего музыканта, он настолько виртуозно исполнил сложную сонату Гайдна, что тот представил его публике как вундеркинда. По-видимому, благодаря содействию Гайдна, у Гуммеля появилась возможность 5 мая 1792 года дать свой первый сольный концерт в рамках знаменитых Соломоновых концертов в Лондоне, где молодой музыкант исполнил, наряду с произведениями Моцарта, собственную сонату.
Летом 1792 года было решено возвратиться домой. И если во время путешествия в Лондон из Дании до Шотландии они пережили ужасную бурю, то на обратном пути чуть не утонули. Прежде чем благополучно причалить в порту Ден Гаага, их судно после двухнедельного плавания занесло к берегам Норвегии. К тому же они попали под пушечный обстрел французского корабля. Из письма отца Гуммеля к своей жене мы узнаем, что отец и сын, находясь в отчаянном положении, были вынуждены сражаться вместе с командой корабля: «Они сделали нас, меня и Гансля, канонирами, и скажу тебе, поневоле станешь храбрым; но гибель французского судна была для меня самой ужасной. Только два матроса и два морских пехотинца были спасены, остальных поглотило бушующее море». В своем «Дневнике концертных турне 1788–1793 гг.» отец Гуммеля описывает и другие эпизоды этого, полного событий, утомительного путешествия отчасти на своеобразном немецком языке, причем наряду с достопримечательностями посещаемых ими городов и многочисленными встречами с выдающимися личностями он педантично записывал все финансовые доходы.
В 1793 году Иоганн Непомук Гуммель снова в Вене; его отец с 1788 года занимал место музыкального директора, построенного в 1786 году в Штархембергер фрайхаузе театра на реке Виден. В первые годы своего пребывания в имперской столице Непомук редко появлялся в обществе, так как занимался в основном музыкой. Сначала отец привел его к Иоганну Георгу Альбрехтсбергеру, одному из учителей Бетховена, для занятий контрапунктом, а позже к придворному капельмейстеру Антонио Сальери, у которого он брал уроки пения и который в 1813 году стал его самым близким другом, даже свидетелем на свадьбе. С августа 1795 года он наконец стал учеником Йозефа Гайдна, который ближе познакомил его с органом. Хотя в эти годы Гуммель как пианист редко выступал в приватных кругах, он считался уже в 1799 году одним из самых знаменитых виртуозов своего времени, чья игра на фортепьяно, по высказываниям современников, была неповторимой, и даже Бетховен не мог сравниться с ним. Это мастерское искусство интерпретации скрывалось за неказистой внешностью. Он был невысок ростом, полноват, с грубо вылепленным лицом, сплошь покрытым оспинами, которое зачастую нервно подергивалось, что производило на слушателей, которые за его провинциальной внешностью никак не ожидали увидеть такого знаменитого музыканта, неприятное впечатление. Насколько он обескураживал свою аудиторию, начиная играть на фортепьяно, можно прочитать в дневнике современника знаменитого виртуоза Карла Черни, который записал однажды: «Среди многих элегантных господ и дам я заметил молодого человека, внешность которого очень бросилась мне в глаза. Обыкновенное, неприятное лицо, которое постоянно подергивалось, в высшей степени безвкусная одежда делали его похожим на деревенского школьного учителя. Но бросались в глаза многочисленные кольца с бриллиантами, которые он носил чуть ли не на каждом пальце. Как обычно музицировали, и наконец попросили этого молодого человека сыграть что-нибудь. И какого Мастера я услышал! Никогда в жизни я не слышал такие новые блестящие трудные вещи, такую чистоту, элегантность и нежность исполнения и с таким вкусом подобранную фантазию; и когда он позже исполнил несколько сонат Моцарта под аккомпанемент Кроммера, для меня эти знакомые мелодии оказались новыми».