Столь же незамедлительно Филарет показал, что «новая метла по новому метет». К счастью для Дионисия и его товарищей, он заинтересовался накопленным без него опытом преследования еретиков и остался им неудовлетворен. Патриарх догадался спросить бывшего тогда в Москве иерусалимского патриарха Феофана: «Есть ли в ваших греческих книгах прибавление: “и огнем”?»
— Нет, — ответил Феофан, — и у вас тому быть непригоже; добро бы тебе, брату нашему, о том позаботиться и исправить, чтоб этому огню в прилоге (ненужном дополнении. — А.Б.) и у вас не быть.
В этой беседе, переданной современником, есть одна существенная деталь, опровергающая версию о поиске Филаретом истины: ведь еще до ответа Феофана он называет слова «и огнем» прибавлением! Ясно, что для себя Филарет уже решил, кто прав, а кто виноват, и единолично пересмотрел приговор соборного суда.
Теперь костоломный маховик сделал полный оборот, и те, кто его толкал, сами попали под колесо. В начале лета 1619 года в Москве, в патриаршей палате, начал заседания освященный собор с участием двух патриархов — московского и иерусалимского. На этот раз обвинителем выступал оправданный архимандрит Дионисий, державший свою речь более восьми часов. Дионисий с товарищами был освобожден из-под стражи и смог вернуться в Троицу. Логин, старец Филарет, дьякон Маркелл и конечно же Антоний Подольский были прокляты как еретики и в цепях отправлены в «места не столь отдаленные».
Место несгибаемого Дионисия занял столь же несгибаемый Антоний Подольский, не сломленный пытками и издевательствами, продолжавший отстаивать свои взгляды и на суде, и в ссылке, а потому уготовивший себе наиболее жестокую участь.
Его упорство произвело известное впечатление даже на патриарха Филарета, усомнившегося в правоте своих советчиков. Не то чтобы Филарет поколебался вынести приговор — этого от него нельзя было ожидать. Но при отъезде из Москвы патриарха Феофана он потребовал: «Тебе бы, приехав в Греческую землю и посоветовавшись со своею братьею, вселенскими патриархами, выписать из греческих книг древних переводов, как там написано о Святом Духе».
Патриарх подозревал, и справедливо, что сторонники Дионисия вошли в соглашение с приезжими греками, но не знал, способен ли иерусалимский патриарх ради этого соглашения солгать (ведь сам Филарет в этих книжных тонкостях не разбирался). По приезде на Восток патриарх Феофан выполнил просьбу своего московского собрата и вместе с антиохийским патриархом Герасимом прислал в Москву грамоту против прибавления в водосвятной молитве слов «и огнем». Между тем в российской столице продолжалось устное и письменное «обличение» Антония Подольского: пострадавшие от его проповеди ученые мужи энергично добивали коллегу. Против его трактата был пущен в оборот обличительный трактат. Взамен обвинений группе Дионисия в неверной правке Потребника Антоний был обвинен в искажениях при подготовке к печати Псалтыри (изданной уже после его заточения, 3 октября 1619 года).
К счастью, не все направленные в Антония стрелы долетали до далекого северного края, куда он был сослан. Многое там зависело не от церковных властей, а от вполне самовластных воевод, нуждавшихся в толковых администраторах. Антонию сравнительно недолго пришлось терпеть голод и холод в оковах и заточении. В 1621/22 году он стал помощником Мирона Андреевича Вельяминова в описании земель, лежащих вдоль Северной Двины. В 1624 году государевы писцы завершили свой огромный труд, и Вельяминов отправился с результатами валовой переписи в Москву за наградой, а Подольский остался в ссылке. Однако его заслуги были учтены: в 1626 году он был направлен в более теплые края. Получая свое прежнее (разрядное) и довольно высокое годовое жалованье в 33 рубля, ссыльный занимался организацией производства селитры в Козельске.
Сведений о дальнейшей службе Антония Подольского в документах не имеется, и положение ссыльного, по-видимому, вновь ухудшилось. Как раз в это время от двора патриарха Филарета расходилась по стране новая волна реакции, отмеченная сожжением в 1627 году «Учительного Евангелия» Кирилла Транквиллиона «за слог еретический и составы, обличившиеся (обнаруженные) в книге». Тогда же изданный Печатным двором Катехизис Лаврентия Зизания был запрещен к выпуску в свет. В следующем году гонения охватили уже всю церковнославянскую литературу «литовской печати», выпущенную православными типографиями Белоруссии и Украины, входившими в состав Речи Посполитой. Эти книги массово изымали из церквей, заменяя их произведениями московского Печатного двора, конфисковались они также у частных лиц, как повально «еретические». Подозрения пали и на греческие книги, издававшиеся в западноевропейских типографиях. О латинских книгах вообще не было речи — их давно зачислили в разряд содержащих «яд ереси».