В 1899 году был рукоположен в священника. С 1906 года служил в различных католических приходах Германии, Швейцарии, Нидерландах. Во время Первой мировой войны служил капелланом на фронте. В 1916 году, участвуя в битве, был серьезно ранен в ногу, которую из-за опасности гангрены ампутировали. Был награжден орденом «Железный Крест», став первым священником, получившим эту награду.
В 1937 году арестован нацистскими властями и провел шесть месяцев в заключении, после чего отправлен в концентрационный лагерь Заксенхаузен. Был освобожден из него с условием, что он не будет проповедовать христианство. После окончания войны поселился в Мюнхене. Руперт Майер умер 1 ноября 1945 года от инсульта во время служения святой мессы.
Останки Руперта Майера с 1948 года покоятся в зале перед алтарем под простой могильной плитой из красного мрамора. Поверх плиты — букет цветов из латуни. Со временем, когда могила стала местом паломничества, члены Марианской конгрегации ходатайствовали перед Папой римским причислении Майера к лику блаженных.
3 мая 1987 года был причислен к лику блаженных римским Папой Иоанном Павлом II. Его именем названа улица в немецком городе Пуллах.
На правой боковой стенке крипты — бронзовый бюст Руперта Майера, почитаемый верующими и паломниками. Правое плечо бюста отполировано касаниями многих рук. С июля 2008 года за алтарем находится музей Конгрегации. Часть его посвящена Руперту Майеру. Фотографии и документы последовательно показывают этапы его жизненного пути — начал простым гражданином, человеком из народа, затем стал священником-иезуитом, потом — бойцом Сопротивления и наконец — блаженным католической церкви.
Собрание музея рассказывает о благочестии и духовности католической веры. Многие культовые и культурные объекты экспозиции были переданы в дар или приобретены марианцами на протяжении столетий. К ним относятся копия Черной Мадонны из Бельгии, статуэтка маленького монашка-августинца и многие другие. На памятной доске музея увековечены имена щедрых меценатов.
Среди других экспонатов — дарохранительница, чаши, литургические облачения и прочие предметы богослужения.
О Черной Мадонне или, как ее еще называют, «Фойерзише Мадонна» — Пламенная Богоматерь — существует легенда.
В 1609 году в Фуа-Нотр-Дам (бельгийская провинция Намюр) был срублен древний дуб.
В его дупле была найдена статуя Девы Марии с Младенцем Иисусом. Она была помещена в один из бельгийских монастырей, который вскоре стал местом паломничества. Дерево распилили на куски, которые разделили между самыми значительными церковными и светскими деятелями, при условии, что из этих деревянных кусков будут вырезаны такие же статуи, как та, что находилась в дупле.
Один такой кусок был отдан брату баварского курфюрста Максимилиана I, архиепископу Кельна Фердинанду, чьим духовником был первый глава мюнхенской Марианской конгрегации отец Георг Шреттель. Фердинанд пожертвовал этот драгоценный кусок дерева в качестве вступительного взноса в Конгрегацию, чтобы стать ее членом, а скульптор Ганс Крумпер создал статую Мадонны. Из-за темного цвета ее называют Черной, или Пламенной.
На первом этаже был когда-то молитвенный зал, собственно Бюргерзааль, или зал граждан. Здесь же находилась и часовня Пречистой Девы. В 18921898 годах здесь был создан барельеф в стиле необарокко из отдельных фрагментов, изображающих страсти Христовы, начиная с моления о чаше в Гефсиманском саду и заканчивая снятием с Креста. Над ним трудились скульпторы Йозеф Эльснер и Ганс Шпренгер. Каждый фрагмент состоит из четырех персонажей. 26 мая 1898 года тогдашний архиепископ Мюнхена и Фрайзинга Франц Иосиф благословил открытие барельефа и пожертвовал Бюргерзаалькирхе каменный крест.
Верхняя часть — Оберкирхе, служившая основным местом собраний марианцев, блистает лепниной в стиле рококо работы Йозефа Георга Бадера, росписями Антона фон Гумшта и других художников. От входа в верхний зал Оберкирхе ведут правая и левая лестницы, украшенные изображениями Богоматери Милосердия в стиле раннего барокко. На левой лестнице Дева Мария укрывает верных своим плащом.
В годы Второй мировой войны интерьер сильно пострадал от пожара, и значительную часть украшений пришлось реставрировать. В частности, был разрушен главный алтарь. От него сохранился великолепный барельеф «Благовещение» работы тирольского резчика Андреаса Файстенбергера (1710 год). Фигура ангела в стиле барокко, объявившего Марии о воплощении Иисуса, сияет серебром и золотом.