В 1590 году одна из башен обрушилась на алтарную часть будущей церкви и полностью разрушила ее. Кто-то усмотрел в этом дурной знак, предлагалось даже отказаться от строительства хора, но герцог рассудил по-другому — и алтарная часть была даже увеличена, что можно заметить и в наше время. Только в 1597 году Михаэльскирхе была освящена.
Сегодня Михаэльскирхе — одно из самых замечательных творений Ренессанса в Германии. Здесь самый большой церковный зал в мире, изумительный орган.
Внутри церковь построена по канонам Ренессанса, как пилястровая церковь с хорами. В наполненном светом зале все внимание акцентируется на главном алтаре с иконой «Падение ангела» (1591 года) работы Кристофа Шварца, изображающей архангела Михаила, низвергающего Люцифера с небес.
Во внутреннем убранстве примечательны изысканно-невесомый «Ангел святого источника» работы Губерта Герхарда (1596), ларец с мощами святых целителей Космы и Дамиана (1400) у алтаря святых Петра и Павла (третьего справа), часовня Ангельского приветствия (третья слева) с двумя алтарными фигурами работы Иоганна Баптиста Штрауба (1770).
Одна из самых значимых для христианского мира реликвий Михаэльскирхе — мощи святых Космы и Дамиана. Реликварий с мощами был приобретен в год окончания Тридцатилетней войны (1618-1648). К войне примешалась еще и страшная эпидемия чумы (1632-1634), уничтожившая треть населения города. В 1632 году шведский король Густав Адольф в ходе боевых действий захватил Мюнхен, но столица Баварии чудом избежала разграбления. В центре города на Мариенплац установлена 11-метровая колонна Девы Марии, возведенная в 1638 году курфюрстом Максимилианом — благодарность за то, что Мюнхен уцелел во время нашествия шведов. Позолоченная бронзовая фигура Девы Марии работы скульптора Губерта Герхарда, установленная на колонне, изображает Богоматерь на лунном серпе, с короной и Младенцем. Первоначально с 1613 года эта фигура находилась в алтаре Фрауенкирхе, а позднее ее перенесли на главную городскую площадь. Ангелы на соколах, украшающие колонну, уничтожают дракона, льва, змия и василиска — символы бедствий Мюнхена: голод, войну, чуму и неверие.
Вдохновленные помощью Богоматери, жители Мюнхена начали проявлять большой интерес к христианским святыням. В 1648 году курфюрст Максимилиан I (1573-1651) приобрел в Бремене за 2 тысячи талеров реликварий с мощами святых Космы и Дамиана Аравийских. Святыню торжественно доставили из Бремена в Мюнхен, в церковь святого Михаила. Первоначально реликварий установили в главном алтаре, где он и находился до 1819 года. Позже его перенесли в боковую часовню, где святыня стала более доступной для поклонения верующих.
Внешне реликварий напоминает саму церковь святого Михаила в миниатюре. В центре по горизонтали — дверцы с замком, на внутренней части — четыре цветных изображения, рассказывающие о подвигах святых Космы и Дамиана. Реликварий обрамляют барельефы 12 апостолов, а с торца изображены сами святые врачи-бессребреники. Внутри на специальных подушечках помещены два других малых реликвария в виде темно серых шапочек-пилоток, расшитых жемчугом и рубинами. В них и находятся кости святых Космы и Дамиана, а также их родных братьев — Леонтия, Анфима и Евтропия.
Интересно, что в православной традиции известны три пары братьев-целителей по имени Косма и Дамиан: Асийские (то есть родившиеся в Малой Азии), мирно скончавшиеся своей смертью; пострадавшие в Риме (побиты камнями в правление императора Карина); Аравийские, или Киликийские (те самые, мощи которых находятся в мюнхенской Михаэльскирхе). И у всех «двоиц» разные дни памяти, одинаково чтимые православной церковью. В целом у христианских историков по этому поводу есть расхождения: одни признают всех целителей с такими именами, другие — двоих, а некоторые — только Аравийских, считая, что все легенды сложены об одних и тех же людях. Никаких документов, касающихся жизни и смерти Космы и Дамиана, не сохранилось, все сведения основаны лишь на житиях. Жили они примерно в одно и то же время, в конце III — начале IV века, так что не исключено, что существовала только одна пара братьев.
Жизнеописание Космы и Дамиана Аравийских (XIII век) вобрало в себя эпизоды житий всех пар святых братьев, добавив к ним и народные предания. Приведем наиболее известные предания о них.