Основным типом противолодочных кораблей являлись катера - малые охотники за подводными лодками Это был довольно удачный по своей конструкции катер. Он отличался высокими мореходными качествами и живучестью. Восемь водонепроницаемых переборок позволяли ему оставаться на плаву даже при разрушении от взрывной волны или затоплении двух отсеков. Благодаря отличным обводам он плавал даже в семи-восьмибалльный шторм. Вооружен катер был двумя 45-мм полуавтоматическими пушками, двумя пулеметами калибра 12,7 мм и значительным количеством глубинных бомб и дымовых шашек. Но не все "малые охотники" имели современную гидроакустическую аппаратуру. Она была установлена лишь на шести из них. Остальные располагали устаревшими гидроакустическими средствами.
Накануне войны на Краснознаменном Балтийском флоте имелось всего 17 "малых охотников" (в ОВРе главной базы - 7, в ОВРе Кронштадтской военно-морской базы-7 и в ОВРе военно-морской базы Ханко-3). С началом военных действий флоту были переданы 43 катера МО из состава 1-го и 2-го балтийских отрядов погрансудов НКВД. 40 "малых охотников" находились в достройке .
Личный состав "малых охотников", входивших до войны в соединения ОВРа военно-морских баз, бью хорошо подготовлен к решению задач противолодочной обороны (НЛО). Экипажи катеров, поступивших на флот от морской пограничной охраны, обладали отличными морскими качествами, но их действия в системе противолодочной обороны не были отработаны.
К борьбе с подводными лодками противника привлекались также сторожевые корабли. Но их было мало на флоте. Поэтому они в противолодочной обороне не играли большой роли. Это можно сказать и о противолодочной авиации КБФ, самолеты МБР-2 имели невысокие боевые возможности. К тому же их действия сковывала активность истребителей гитлеровцев.
Таким образом, в борьбе против вражеских подводных лодок на Балтике основной силой оказались катера МО
Система противолодочной обороны, осуществлявшейся соединениями Охраны водного района, охватывала пять зон театра: первая - от острова Осмуссар на запад, вторая - от острова Осмуссар на восток до острова Вайндло, третья - от острова Вайндло до меридиана острова Витрунд (Восточный Гогландский плес), четвертая-от меридиана острова Вигрунд до меридиана банки Змей (островной район) и пятая - от меридиана банки Змей на восток до Кронштадта.
За первой зоной в начале войны постоянный контроль не был организован. Обычно вражеские подводные лодки здесь обнаруживались случайно - кораблями и судами, выполнявшими другие задания. Всего за июнь - август в этой зоне немецкие лодки были замечены 30 раз. Во многих случаях они были атакованы нашими кораблями.
Удачно, например, действовал против подводного противника экипаж катера "МО-213" (командир младший лейтенант Д. В. Солнцев). 7 июля "малый охотник" при сопровождении эсминца "Энгельс" в Ирбенском проливе обнаружил перископ и, выйдя в атаку, сбросил две серии больших глубинных бомб. Удар был точным - на воде появились масляные пятна и воздушные пузыри. Катер снова пробомбил это место - теперь уже малыми глубинными бомбами.
Впоследствии водолазы со спасательного судна "Колывань", обследовав район атаки, обнаружили на грунте затонувшую подводную лодку противника
Во второй зоне за июнь - август было 29 случаев обнаружения вражеских подводных лодок. При этом они 13 раз пытались атаковать наши боевые корабли. Однако все эти попытки были сорваны противолодочным охранением. Лишь дважды противник смог выпустить торпеды, но все они прошли мимо целей
Противолодочные силы флота особенно активно действовали против немецких подводных лодок, появлявшихся у дозорных линий и в районах переходов наших кораблей.
24 июня катер "МО-206" (командир лейтенант М. А. Равдугин), находясь в дозоре между островами Найссар и Аэгна, обнаружил вражескую лодку и атаковал ее двумя сериями больших и малых глубинных бомб. После бомбометания на поверхности воды появилось большое маслянистое пятно. На этом месте наблюдалось также интенсивное выделение из глубины темно-желтой смеси.
Катер сбросил еще три малые глубинные бомбы. Гидроакустики длительное время прослушивали водные толщи, но подводная лодка никаких признаков жизни не подала.
25 июня в 2 часа 07 мин. пост СНиС на мысе Юминда дал по радио оповещение об обнаружении неизвестной подводной лодки. Находившийся неподалеку на линии дозора сторожевой корабль "Аметист" (командир капитан-лейтенант А. Н. Сукач), получив радиограмму, полным ходом направился в указанный район. Через 20 мин. сигнальщик Куимов заметил перископ на курсовом угле 30° левого борта и доложил об этом командиру. Капитан-лейтенант Сукач повел корабль в атаку. Старшина 1-й статьи А. Косарев и матрос Г. Пашкевич по команде с мостика сбросили большую серию глубинных бомб. На поверхности моря образовались воздушные пузыри и всасывающая воронка. Находившиеся на мостике слышали характерный металлический звук подводного удара. Обследуя район атаки, "Аметист" сбросил еще серию глубинных бомб. На воде появились масляные и ржавые пятна. Корабль в течение пяти часов вел непрерывное наблюдение за подводной средой. В 7 час. 30 мин. подошел вызванный из поддержки дозора катер "МО-229". Он продолжил наблюдение, но движение лодки противника не было зафиксировано.
5 августа катера "МО-212" (командир лейтенант В. К. Яковлев) и "МО-142" (командир лейтенант А. А. Обухов) сопровождали транспорт "Хильда" на пере ходе из Таллина на Ханко. "МО-212" слева за кормой на расстоянии 4 кабельтовых обнаружил перископ подводной лодки. Затем показалась ее рубка, и наблюдатели заметили след торпед, выпущенных по транспорту. Катер тут же устремился к лодке и сбросил серию глубинных бомб. Взрыв третьей по счету большой глубинной бомбы по звуку был не похож на предшествующие, прозвучал более глухо. Необычным был и всплеск от него. Поверхность моря всколыхнул большой воздушный пузырь. Катер произвел повторное бомбометание. Он не располагал гидроакустической аппаратурой, поэтому прослушать район не смог.
"МО-142" по приказанию командира конвоя оставался в охранении транспорта, производя бомбометание по курсу движения. Взрывы бомб, очевидно, повлияли на выпущенные лодкой торпеды. Одна из них взорвалась, не дойдя до цели, вторая, изменив курс, прошла у транспорта за кормой.
Особую активность подводные лодки противника проявляли в третьей зоне. За первые три месяца войны в этом районе они обнаруживались 69 раз. Однако преследованию подвергались лишь в 28 случаях. Это объясняется прежде всего значительной удаленностью мест обнаружения подводных лодок от пунктов базирования наших противолодочных сил. Пока наши корабли шли из Таллина или Кронштадта в район обнаружения лодки, она успевала уйти. Тогда наши противолодочные силы не базировались в губе Кунда. На Западном Гогландском плесе дозорная служба из-за нехватки сторожевых кораблей и катеров МО практически не неслась. Привлекавшиеся же к несению дозора тихоходные тральщики типа "Ижорец" не могли решать задачи, свойственные противолодочным кораблям. Кроме того, в начале войны на Балтийском флоте еще не была отработана связь дозорных сил с береговыми постами наблюдения, не имевшими радиостанции УКВ. Осуществлялась она через Кронштадт, и это, естественно, приводило к задержке прохождения радиограмм и запаздыванию оповещений об обнаружении вражеских подводных лодок. Тем не менее противнику в третьей зоне только один раз удалось добиться успеха. 3 июля его подводная лодка в результате торпедной атаки потопила транспорт "Выборг"
Дольше всего, но безуспешно действовали подводные лодки противника в четвертой зоне. За первые три месяца войны здесь было отмечено 16 их появлений, в 10 случаях им было оказано активное боевое противодействие.
В пятой зоне, непосредственно прилегавшей к Кронштадту, вражеские лодки в первые месяцы войны обнаруживались 7 раз. Во всех случаях они были атакованы и преследовались кораблями дозоров и специально высылавшимися катерами.