Уже после отплытия Васко да Гамы от Малабарского побережья португальские фактории подвергались смертельной опасности.
Саморин Каликуты вынашивал планы отмщения чужеземцам, потребовал от кочинского раджи их выдачи. Когда раджа отказался выполнить это требование, надеясь на поддержку новых союзников, саморин с пятьюдесятью тысячами воинов напал на Кочин, разбил его войско и овладел городом. Правитель с оставшимися воинами и португальцами бежал на один островок в океане.
В самый критический момент Висенти Судре, испугавшись большой армии и флота саморина, уплыл со своей эскадрой в Аденский залив у Красного моря и там подстерегал мусульманские суда, возвращавшиеся с паломниками домой из Мекки.
За это время Кочин пал, а эскадру Суд ре в Баб-эль-Мандебском проливе рассеяла жестокая буря. Сам Висенти Судре погиб в пучине вместе с флагманским кораблем, Спасшиеся суда поплыли в Кочин, но противный ветер остановил их у Лакадивских островов. Там они дождались новую португальскую эскадру и вместе двинулись на Кочин. Каликутский саморин, увидев приближение столь мощного флота, без боя поспешно оставил Кочин.
Среди капитанов португальской эскадры был Аффонсу Албукерки, смелый, энергичный завоеватель. Он родился в 1453 году в семье родовитого вельможи, получил хорошее образование, несколько лет провел в заморском Алгарви – португальском владении на североафриканском побережье. Позднее он верно служил королю, участвовал в экспедиции, поддержавшей неаполитанского короля в борьбе с турками. Следовательно, Албукерки был закаленным бойцом и мореплавателем.
Португальские хронисты назвали его впоследствии Великим Албукерки. Современники изображали его человеком среднего роста с приятной внешностью, свежим лицом. К старости его украсила белая, до пояса, борода, придавшая еще больше достоинства его внешности. Албукерки читал и писал по-латыни. Его любили и побаивались, он твердо держал данное слово и был справедливым судьей. Закаленный воитель, израненный в боях, он не страшился никакой опасности, славу ценил выше, чем богатство, и нередко щедро раздаривал военную добычу своим капитанам.
На другом корабле в этой эскадре капитаном был Дуарти Пашеку Пирейра, уже упоминавшийся как мореплаватель и хронист экспедиций Бартоломеу Диаша я Кабрала. Вместе с ними плавал и Николау Коэлью, капитан еще со времен первого плавания Гамы и экспедиции Кабрала (вскоре его настигла смерть в бурных волнах океана).
Португальцы с разрешения раджи Кочина воздвигли мощный форт, в котором остался Пирейра со ста шестьюдесятью солдатами и тремя кораблями. Албукерки возвратился на родину.
Узнав об этом, саморин Каликуты вступил в союз с правителями Малабара и вновь осадил Кочин. С суши на город наступало сорок шесть тысяч воинов (у них, по утверждению одного хрониста, было даже огнестрельное оружие), а с моря – флот из двухсот восьмидесяти кораблей.
Но португальцы и кочинское войско защищались очень успешно и отбили все атаки войск саморина. На помощь поспешила и португальская эскадра, крейсировавшая до того в океане, и отогнала индийские корабли. Пять месяцев пытался саморин взять Кочин, пока не убедился, что его усилия напрасны. Дисциплинированные, прекрасно вооруженные португальские солдаты совершали внезапные вылазки, упорно оборонялись и так победили во много раз превосходившее их войско противника. Хронист рассказывает, что саморин потерял восемнадцать тысяч убитыми. Индийские корабли не могли противостоять орудиям португальской эскадры. Командир этой эскадры Пирейра позднее вернулся на родину как герой, с большим триумфом. После этого он был назначен губернатором Гвинеи, но завистники вскоре оклеветали его, заковали в цепи и отдали под суд. Он был оправдан, но, увенчанный заслугами, уподобленный историками Леониду в Спарте, Пирейра не получил за свои подвиги в Индии никакой награды.
Король Португалии понял, что нельзя опираться лишь на разрозненные фактории и флот, который время от времени грабил арабские суда. Пока флот находился в Индийском океане, португальцы были практически непобедимы; едва же корабли уходили, факториям грозило уничтожение. Создалась необходимость постоянно держать флот у Малабарского побережья, построить здесь прочные крепости и базы для флота, создать какую-то определенную систему управления. Все это нужно было сделать, чтобы обеспечить, наконец, поток товаров в Лиссабон, чтобы не посылать по муссонным дорогам эскадру за эскадрой с новыми командирами, которые каждый раз были вынуждены все начинать сначала.