Капитан каравеллы допустил еще одну глупость: он оставил Колан и направился к Алмейде с донесением на Анджидивские острова. По пути он захватил два небольших арабских корабля, загнал разоруженных мавров под палубу и на каждом корабле оставил по три португальца у руля и парусов.
Гордый своей добычей, капитан встретился в море к северу от Каннанура с флотом вице-короля. И как раз в этот момент один из захваченных арабских кораблей оказался в отдалении от остальных. Пленники, улучив удобную минуту, вырвались из трюма, перебили оставленных на судне португальцев и бежали.
Алмейда был так возмущен легкомыслием и нерадивостью капитана, что едва не снял его с должности.
Тем временем в Колане назревал взрыв. Мусульманские купцы пожаловались радже на самоуправство португальцев и обратились за помощью к жителям города. Разъяренная толпа напала на факторию. Фактор со своими людьми укрылся в капелле и отчаянно защищался. Тогда нападавшие подожгли строение, и португальцы погибли в огне. Фактория была разграблена. Капитан небольшой каравеллы, только что прибывший сюда от Алмейды, не решился сойти на берег и оказать помощь. Он пушечным огнем поджег пять арабских кораблей и поспешил в Кочин с известием о случившемся.
Алмейду это известие неприятно поразило. Он должен был спешить с погрузкой перца, а карательная экспедиция в Колан угрожала срывом этих работ.
Все же вице-король в тот же вечер направил в Колан своего сына с семью кораблями. Флот так быстро оказался у цели, что его никто не ожидал. Преодолев упорное сопротивление, португальцы уничтожили в гавани Колана двадцать пять кораблей с грузом пряностей. Береговой ветер гнал горящие корабли из гавани в море, где они один за другим шли ко дну. Большая часть принадлежала индийским мусульманам, что вызвало новые осложнения. Раджа Колана не слал к португальцам гонцов и ничего не предпринимал для ликвидации конфликта.
В Жуана Хонена, главного виновника всех бед, во время боя угодило ядро бомбарды, которое разбило ему щит и нагрудник, самому не причинив ни малейшего вреда. Историк Барруш замечает: капитан был столь истовым христианином, что бог сделал все, чтобы его спасти.
Алмейда не был столь добр к нему. Получив подробные сведения о совершенных в Колане глупостях, он сместил капитана с должности.
Кочин стал главным опорным пунктом португальцев в Индии и крупнейшим центром торговли перцем на всем Малабарском побережье. Перец произрастал здесь на больших площадях, и по многочисленным рекам, сбегавшим с отрогов гор, и приморским озерам его без труда доставляли на морское побережье и в гавань.
Раджа Кочина в 1500 году дружески принял Кабрала после кровавой бойни в Каликуте, снабдил его корабли грузом пряностей и, вопреки постоянным угрозам со стороны саморина, поддерживал дружбу с чужеземцами. Но теперь этот правитель по старости лет отошел от дел. Молодой раджа до сих пор относился к португальцам дружественно. Алмейда передал ему послание короля Мануэла и золотую корону стоимостью в девятьсот крузаду. Португальцы тем самым признали нового правителя и освободили его от вассальских обязанностей по отношению к саморину Каликуты.
Уже на следующее утро началась погрузка пряностей на королевские корабли. Это было сейчас важнейшей задачей Алмейды. Кроме того, португальцы с позволения раджи начали строить прочную каменную крепость на месте старых бревенчатых укреплений. Снова за тачки и лопаты взялись не только простолюдины, но и благородные. Даже вице-король и новый градоправитель вставали затемно, около трех утра, чтобы присутствовать на работах и подбадривать строителей. Часа через два после восхода уже становилось так жарко, что работы приходилось прерывать до послеобеденного спада жары. Часты были перебои в обеспечении камнем и другими материалами. Но вице-король надеялся возвести до декабря стены высотой в двенадцать футов и трехэтажную башню. Строился также госпиталь, конечно, не такой хороший, как в Лиссабоне, но с удобными кроватями и достаточным количеством белья из захваченного в Килве и Момбасе. Госпиталь находился рядом с церковью, и больные, как сообщает хронист, могли видеть Христа на алтарной росписи и слушать песнопения.