Такая интернациональная помощь обернулась для Кыргызстана и его спецслужб серьезными испытаниями в 1999 г., когда с узбекской территории в район Боткена вторглась вооруженная группа исламистов Джумы Намангани. В операции против узбекских партизан выявилась оперативная слабость МНБ и Военной контрразведки киргизов, а в войсковых подразделениях МНБ — слабость в антитеррористических действиях. Войсковые части Сил безопасности были разгромлены боевиками Намангани, а командир этого подразделения генерал Шамкеев вместе с некоторыми бойцами попал в плен и был отпущен только спустя два месяца после долгих переговоров. Группу Намангани с большим трудом и потерями удалось вытеснить за пределы Кыргызстана только при помощи узбекского правительственного десанта. Многие вслед за Намангани ушли в Афганистан к талибам. На этом неприятности для киргизских спецслужб в борьбе с исламистами не закончились. Во время боев в Боткене в руки Намангани попала группа японских телевизионщиков и геологов, поэтому правительство Японии передало через киргизское МНБ выкуп за них для террористов. После того как японцы были отбиты у исламистов, как полагали в Токио, безо всякого выкупа, МНБ деньги японскому правительству не дернуло, заявив, что их заплатили людям Намангани. Протесты Японии ни к чему не привели, деньги исчезли. Японцы не сомневались, что их присвоила верхушка МНБ.
Новые проблемы вокруг спецслужб независимого Кыргызстана начались в 1998 г. после массовых чисток в местных органах безопасности. Несколько высокопоставленных офицеров МНБ и Военной контрразведки были арестованы за контакты с киргизской наркомафией. Затем возникло дело группы «Калкан» и экс-главы МНБ Кулова.
Акаев периодически перетряхивал свое окружение, круша истинные и мнимые заговоры против себя и своего клана. В очередные заговорщики попал и набравший мощный политический вес генерал Кулов, после МНБ и МВД он стал вицепрезидентом и вступил в противоборство с бывшим патроном, но Кулов успел создать собственную партию «Достоинство», его арест в 2000 г. сопровождался массовыми уличными акциями в Бишкеке. Спецназ МНБ, возглавляемый заместителем начальника этой спецслужбы Полуэктовым, жестоко разогнал эти митинги, а их организатора Тургуналиева захватили вместе с Куловым, обоих бросили в камеры к уголовникам.
Тогда власть и обнародовала правду о секретной группе спецопераций «Калкан», действовавшей в недрах МНБ при министре Кулове. Сотрудников «Калкана», которых также арестовали, обвиняли в ведении незаконной слежки за киргизскими политиками, сборе на них компромата и даже в тайных ликвидациях неугодных Кулову граждан в середине и конце 90-х годов. В числе жертв «Калкана» называли и министра безопасности Бакаева, сменившего в свое время Кулова. Официально Бакаев погиб в автокатастрофе, но следствие полагало, что к трагедии причастны «Калкан» и лично Кулов. МНБ во главе с новым министром Аширкуловым приложило руку к осуждению его и его соратников по движению: Кулов получил 7 лет лишения свободы.
Репрессии против оппозиционных сил «Достоинства», Демпартии, националистов из союза «Асаба» и исламистов в 2000–2002 гг. набирали силу. Особенно это было заметно в Оше и Джелалабаде, где киргизское население традиционно поддерживало исламистов и требовало изгнать американские войска с авиабазы Манас, откуда те бомбили талибов. В 2002 г. арест очередного активиста «Достоинства» Бекназарова в Джелалабаде привел к массовым выступлениям оппозиции, переросшим в уличные беспорядки. Только в городе Кербенте при их подавлении было убито, по разным данным, от 10 до 30 человек. Акаев, декларировавший в первые годы правления демократический характер своей власти и свое неноменклатурное прошлое, все более скатывается к силовым и откровенно тираническим средствам удержания личной власти.
Можно подвести некоторые промежуточные итоги.
1. Ни одна из стран бывшего СССР не избежала серьезных проблем со своими спецслужбами.
2. Национальные различия спецслужб в плане целей и методов очевидны. Система взаимодействия этих спецслужб так же несовершенна и временна, как и сам союз стран СНГ.
3. Главный вывод: никто в СНГ не избежал синдрома ВЧК—КГБ. В некоторых странах спецслужбы стали таким же орудием удержания власти, каким в молодом СССР была ЧК. В других этот синдром проявляется не так ярко, но он заметен. По поводу несоразмерно значительного места спецслужб в системе власти можно сказать, что подобная ситуация имела место в России во времена Коржакова и Барсукова в 1993–1996 годах, а сейчас сохраняется в Белоруссии, Грузии, Азербайджане и Туркменистане.