Наибольшую же известность принесли Алану Лилльскому две аллегорические поэмы философско-дидактического характера (сохранившиеся более чем в ста манускриптах каждая): это написанный чередованием стихов и художественной прозы «Плач Природы» («De planctu Naturae», 1160/75) и его продолжение, эпопея в четырех тысячах трехстах гекзаметрах «Антиклавдиан» («Anticlaudianus», 1182/84), более полными названиями которой являются «Антиклавдиан об Антируфине» («Anticlaudianus de Antirufino») и «Антиклавдиан, или О должных свойствах человека благого и совершенного» («Anticlaudianus sive De officio viri boni et perfecti libri IX»). Сквозной темой обоих этих произведений является тема Природы как посредницы между Творцом и творениями, представительницы единого Бога во множественном мире, поддерживающей установленный в нем божественный порядок: ведь «Бог как тончайший архитектор мира, как обрабатывающий золото золотых дел мастер, как чудесным художеством художествующий художник, как удивительным трудом трудящийся труженик, дивным образом построил чертоги мира». Человек же, когда он грешит, изымает себя из вселенского порядка, нарушая и извращая законы Природы, которым подвластны все остальные творения, и потому заслуживает порицания и нуждается в исправлении.
Образцами же для поэм Алана Лилльского послужили «Утешение Философией» («De consolatione Philosophiae libri V», ок. 524) Боэция и «О целокупности мира, или Мегакосм и микрокосм» («De mundi universitate sive Megacosmos et microcosmos»), или «Турская космография» («Cosmographia Turonensis», 1143—1148) Бернарда Сильвестра. Труды Алана, в свою очередь, оказали влияние на творчество Гильома де Лорриса и Жана де Мёна («Роман о Розе»: «Roman de la Rose», 1225—1230 и 1268—1279), Данте Алигьери («Божественная комедия»: «La Divina Commedia», 1307—1321), Дж. Чосера («Кентерберийские рассказы»: «Canterbury Tales», ок. 1380-1390) и Э. Спенсера («Королева фей»: «The Faerie Queene», 1590—1596). Однако при этом Жан Жерсон, например, замечал, что стиль сочинения одного из последователей Алана, Жана де Мёна, гораздо более груб по сравнению со стилем его источника, а зачастую так даже просто непристоен: «Верно, что этот поэтический вымысел был в искаженном виде позаимствован у великого Алана, из книги, написанной им «О плаче Природы», но у того «ни один персонаж не говорит подобным языком... он только проклинает и обличает противоестественные пороки (Vray est Que ceste fiction poetique fut corrumpuement estraitte du grant Alain, en son livre qu’il fait De la plainte Nature... je reviens a Alain et dy que Per personnaige quelconque il ne parla onques en tele maniere... tant seulement il maudit et repreuve les vices contre nature)» («Трактат против “Романа о Розе”»: «Traictie contre le Roumant de la Rose», 1402).
«Плач Природы» построен как ее диалог с Аланом Лилльским, к которому Природа в виде царственной жены является в сновидении и, отвечая на его вопросы, рассказывает о себе, «наместнице» Бога в сотворенном космосе, и о Венере, своей «заместительнице» на земле, которая от мужа Гименея (Брака) родила Купидона (Влечение), любовь естественную, законную, а от любовника Антигама (Противобрака) - Йокуса (Развлечение), любовь противоестественную, преступную, т.е. гомосексуализм. Однако сам гомосексуальный акт описывается Аланом сугубо метафорически: «Бьет по наковальне, на которой семя ни одно не отчеканивается, / И ужасается сам молот своей наковальни; / Идея не оставляет отпечатка в материи матрицы, / Но скорей по бесплодному брегу лемех идет (Cudit in incude que semines nulla monetat, / Horret et incudem malleus ipse suam, / Nullam materiem matricis signat idea, / Sed magis in sterili litore vomer arat)» («De pi. Nat. », I, 27—30). Для борьбы с этим и прочими смертными грехами, удаляющими человека от его места в царстве Природы, последняя и низошла со своими спутниками-добродетелями на землю; и призванный в конце поэмы священнослужитель Природы Гений, управляющий ее естественными таинствами, прибыв со своей дочерью Истиной, оглашает отлучение от Природы и божественной Любви всех погрязших в грехах и преступающих естественные законы.
При этом около четверти объема всего произведения занимает у Алана Лилльского непосредственно сам портрет Природы, включающий в себя подробное описание ее одежд, на которых изображено все, что ей подчиняется, а именно многочисленные небесные, водные и земные твари; характерно, что в одном месте эти одежды порваны — как раз там, где на них изображен человек. Венец же на голове Природы представляет собою мир надлунный; так, украшающие его драгоценные камни являют двенадцать знаков Зодиака, а самоцветы - семь планет, которые, обращаясь, производят музыку сфер: «Под этими домами двенадцати драгоценных камней скопление из самоцветов, извечно совершая кругообразное движение, чудесным образом играя, водило достойный хоровод. Сей хоровод не был лишен сладостной гармонии, то полутонами резвясь, то умеренную звучность тонов привнося, то возросшим звуком в музыкальную октаву мелодично переходя. Он предлагал нашим глазам спать, своей тимпанизацией возбуждая вожделение наших ушей (Sub hiis autem duodecim lapidum domiciliis septena gemmarum pluralitas, motum circularem perhennans, miraculoso ludendi genere choream exerce bat plausibilem. Nec ipsi choree sua deerat suauitas armonie, nunc semitoniis lasciuiens, nunc mediocri tonorum sonoritate iuuenescens, nunc maturiori tuba in diapasoneum melodiama procedens, que, sua timpanizatione nostrarum aurium excitando libidinem, nostris oculis offerebat dormiendi preludia)».
В «Антиклавдиане», название коего отсылает к инвективе позднеантичного латинского поэта Клавдия Клавдиана («Іп Rufinum», конец IV в.), направленной против изображенного как вместилище всех пороков Флавия Руфина, регента первого восточно-римского императора Аркадия (383—408) и противника Флавия Стилихона, регента первого западно-римского императора Гонория (395—423) и покровителя Клавдиана, Природа уже не обличает преступления против нее, но одолевает их путем сотворения нового, идеального человека (homo divinus), вместилища всех добродетелей. Так как Природа не может сама создать его душу, она на совете с пятнадцатью сестрами-добродетелями решает обратиться с этой просьбой к Богу и посылает к Нему на колеснице (изготовленной семью свободными искусствами, ведомой пятью конями-Чувствами и управляемой возницей-Рассудком) Благоразумность (Prudentia), чье путешествие описывается как аллегория восхождения к Богу человеческого разума. Поскольку при переходе из небесных сфер в область эмпирея Чувства и Рассудок утрачивают способность вести далее Благоразумность, ее путеводителем становится Богословие, а опорой - Вера; они подводят Благоразумность к престолу Святой Троицы, где в ответ на ее моление божественный Ум (Noys) творит совершенную идею человека (синтез добродетелей библейских героев), по которой и создается далее душа совершенного человека, доставляемая Благоразумностью во дворец Природы. Природа творит тело, Согласие (Concordia) соединяет его с душой, а добродетели и искусства одаряют своими богатствами нового человека, сотворенного, таким образом, совместно: Богом и Природой, Богословием и философией, добродетелями и свободными искусствами. Однако фурия Алекто поднимает против него воинство пороков, и происходит война, описываемая Аланом по образцу «Психомахии» («Psychomachia», начало V в.) Пруденция: т.е. каждая добродетель в ней борется с противоположным ей пороком. После победы над последними в мире воцаряется новый золотой век.
К прочим произведениям Алана Лилльского относятся комментарии к Священному Писанию: «Разъяснение на Песнь Песней» («Elucidatio in Cantica Canticorum»), «О шести крыльях херувимов» («De sex alis cherubim»); моральные сочинения: «О добродетелях и пороках и о дарах Святого Духа» («De ѵіrtutibus et vitiis et de donis Spiritus Sancti»), «Законы небесной справедливости» («Regulae caelestis juris»), «Книга о покаянии» («Liber poenitentialis»); сентенции: «Liber sententiarum», «Dicta mirabilia seu Memorabilia»; проповеди и руководства к ним: «Sermones», «Против иудеев» («Contra Judaeos»), «Искусство проповеди» («Ars praedicandi», или «Summa de arte praedicatoria»), в котором он, советуя проповедникам — по примеру ап. Павла — использовать в своей работе цитаты из языческих авторов, предлагает вниманию отдельные специфические модели духовного наставления для различных слоев общества (например, для рыцарей, адвокатов, судей, государей, вдов, дев и др.); а также поэтические труды: «Стих о воплощении Христа» («Rhythmus de incarnatione Christi»), возможно, состоящая из трехсот девятнадцати дистихов «Книга парабол» («Doctrinale minus, alias Liber parabolarum»), в коей обнаруживается изречение («Mille ѵіае ducunt hominem per saecula Romam»), вероятно, послужившее первоисточником для пословицы «Все дороги ведут в Рим (Omnes viae Romam ducunt)», и другие стихотворения, в том числе чрезвычайно популярный эталон средневекового символизма — «Стих о непрочном и бренном естестве человека» («Rhythmus alter, quo graphice natura hominis fluxa et caduca depingitur»), опирающийся на образ увядающей розы и начинающийся со слов «Omnis mundi creatura / Quasi liber et pictura / Nobis est et speculum... (Всякое творение в мире есть для нас как бы книга, картина и зеркало...)»