С указанными воззрениями связан также принципиальный отказ Петра Дамиани от попытки построения какой бы то ни было рациональной апологетики христианства, предполагающей применение логического метода в истолковании догматических положений Церкви, базирующихся на богооткровенных истинах и потому принципиально превосходящих всякое умственное постижение и не нуждающихся в оправдании перед лицом человеческого разума: «То что исходит из рассуждений диалектиков или риторов, нельзя так просто распространять на божественные тайны; и не так обстоит дело, чтобы придуманное для использования в качестве доказательств силлогизмов или заключений речи жестко подчиняло себе священные законы и противопоставляло необходимость своих выводов божественной мощи» («De div. omnip.», V). Заявляя, что дабы «не потерять свет сокровенной добродетели и прямую тропу истины, увлекшись последовательностью внешних слов», «опытность человеческого искусства в тех случаях, когда она применяется к исследованию священных речений, не должна присваивать себе нахально (arroganter) право учительства, но [должна] подобно служанке госпожи прислуживать в послушании рабском (sed velut ancilla dominae quodam famulatus obsequio subservire)» («De div. omnip.», V), Петр фактически формулирует будущее классическое выражение, определяющее место светского знания по отношению к духовной мудрости: «Философия - служанка богословия (Philosophia ancilla theologiae)» (ср.: Притч. 30, 21—23).
В наиболее радикальном виде Петр Дамиани выражает свою позицию в посвященном аббату Монте-Кассино Дезидерию (будущему папе Виктору III, 1086—1087) трактате «О божественном всемогуществе» («De divina omnipotentia», 1067), чьей основной задачей является доказательство того, что законы логики (в том числе и закон противоречия) истинны лишь в контексте тварного мира и не имеют силы над абсолютно свободной волей Божества, пребывающего не во времени, но в вечности, и потому способного к проявлению Своей мощи как по отношению к настоящим, так и по отношению к будущим и даже прошлым событиям: невозможность того, «чтобы одному и тому же чему-либо случилось и быть, и не быть [одновременно]», поскольку «противоположные свойства не могут сходиться в одном подлежащем», «хотя и верно сказывается о природной необходимости, никак не касается божественного могущества» (XI). С точки зрения Петра, «диалектики или, лучше сказать, еретики», которые «замахиваются на большее, чем могут [достичь], и в гордыне рвутся овладеть тем, что выше них», подобны легендарному философу, наблюдавшему бег светил и упавшему в результате в канаву. Эти «суетные люди и распространители безбожного учения» упускают «в потемках своих доказательств... основание ясной веры», когда заявляют, что все в мире происходит лишь по необходимости, ибо «Божья сила часто разбивает воинственного вида силлогизмы диалектиков и хитрости их; и те, что у них уже считались за необходимые и неизбежные, доводы всех философов посрамляет» (X).
Дело в том, что Бог обладает абсолютным всеведением и всемогуществом («Совечно же присуще Богу как все мочь, так и все знать...», VII) в силу того, что заключает в соответствии со словами апостола (2 Петр. 3, 8) в лоне Своего «вечного сегодня» и в Своей вездесущности «всех веков бесконечную протяженность» и все мыслимое пространство: «Он так охватывает единым простым взглядом все установленное в виду Его настоящего, что для Него в подлинном смысле ни прошлое не проходит, ни грядущее не грядет... И как внутри Себя содержит разом все времена, без прохождения, так же точно внутри Себя, без протяженности, все содержит места» (VI). Потому Бог, Который может все, независимо от того, делает ли Он что-либо или не делает (за исключением разве что зла, которое «хотя и представляется сущим, не существует, ибо оно не от Бога и потому есть ничто...» IX), способен в том числе и — вопреки утверждению Аристотеля («Никомахова этика», VI, 2, 1139 b, 8-9) — бывшее сделать небывшим; и вышеприведенные рассуждения являются ответом на вопрос о причинах этой возможности (Cap. IV: «Quomodo possit fieri, ut quod factum est, non sit factum»). Бог, следовательно, может вернуть человеку девственность после ее потери, «сделать так, чтобы Рим, основанный в древние времена, не был основан» и «чтобы тем, что доныне были созданы, впредь не быть» (XV), уничтожить грех убийства после покаяния человека, его свершившего, и т.д. В Доказательство сказанного Петром приводятся многочисленные ссылки на те чудеса, что преподносят нам текст Священного Писания, окружающий мир («великие явления Божьего могущества, которые суть вопреки обыкновенному порядку природы», но которые возможны ввиду того что Тот, «Кто создал природу, природный порядок изменяет по Своему волению...» XI), а также исторические и бытовые события (например, разрушение Ромулова дворца в Риме в момент Рождества Христова). Позднее отстаиваемое Петром абсолютное могущество Бога (potentia Dei absoluta) будет одним из ключевых звеньев богословия многих приверженцев «нового пути» (via modena), таких, например, как доминиканец Роберт Холкот, автор «Вопросов о будущих контингентных событиях» («Quaestiones de futuris contingentibus»), учивший об особой «логике веры» (logica fidei), выходящей за пределы принципов тождества и непротиворечия.
Кроме того, Петр Дамиани является автором семидесяти четырех проповедей («Sermones»), многочисленных посланий («Epistolae») и целого ряда других сочинений, написанных как в прозе, так и в стихах и посвященных вопросам теологии, экзегетики и монашеской жизни: «О десяти казнях египетских и о Декалоге» («De decern Aegypti plagis atque Decalogo»), «Свидетельства Нового Завета» («Testimonia Novi Testamenti»), «О католической вере к Амвросию» («De fide catholica ad Ambrosium»), «Антилог против иудеев к Гонесту» («Antilogus contra Judaeos ad Honestum»), «Разговор между иудеем и христианином» («Dialogus inter Judaeum et Christianum»), «Против заблуждений греков относительно исхождения Святого Духа» («Contra errorem Graecorum de processione Spiritus Sancti»), «Апологетика презрения к веку сему» («Apologeticum de contemptu saeculi»), «О преходящей славе мира и о презрении к веку сему» («De fluxa mundi gloria et saeculi despectione»), «Об истинном счастье и мудрости» («De vera felicitate ac sapientia»), «О преданной, а не обманной вере в Бога» («De fide Deo obstricta non fallenda»), «О духовных утешениях» («De spiritualibus deliciis»), «О том, что терпение есть царица добродетелей» («Quod patientia sit regina virtutum»), «О милостыне» («De eleemosyna»), «Об отшельнической жизни и истинных отшельниках» («De vita eremitica et probatis erfcmitis»), «О канонических часах» («De horis canonicis»), «О различных священных вопросах» («De variis quaestionibus sacris»), «О различных чудесных рассказах» («De variis miraculosis narrationibus»), «О краткости жизни Римских понтификов и о божественном провидении» («De brevitate vitae Pontificum Romanorum et divina providentia»), «Житие св. Одилона Клюнийского» («Vita Sancti Odilonis Cluniacensis»), «Житие Доминика Лориката» («Vita Dominici Loricati»), «Гимн о райской славе» («Hymnus de gloria paradisi»), «Священные стихи и молитвы» («Carmina sacra et preces») и др.