Однако активная миссионерская деятельность Колумбана привела его к прямому столкновению с галльским духовенством: дело в том, что в то время как, согласно местным установлениям, епископ обладал абсолютной властью над всеми монашескими общинами его диоцеза (вплоть до права периодического вызова к себе аббатов для отчета и получения соответствующих инструкций), согласно тогдашней ирландской традиции, наоборот, аббат в реальности управлял примыкающей к монастырю церковно-административной единицей, фактически выступая в качестве архиепископа. К тому же Колумбан упорно придерживался обычая ирландской, а не римской, пасхалии (метода вычисления даты празднования Пасхи), ирландских же правил монастырской жизни (недопущения посторонних на территорию монастыря), ирландского монашеского облачения, ирландской тонзуры и т.п. В результате в 602 г. он был приглашен на поместный собор Галльской церкви для дачи соответствующих объяснений, однако не явившись на него, направил в адрес собравшихся прелатов послание, одновременно исполненное как чувства почтенного смирения, так и осознания своей полной независимости («Epistola ad patres synodi cujusdam Gallicanae super quaestione Paschae congregatae»). Так, называя себя, подобно тому, как это делал св. Патрик Ирландский, «Колумбан грешник» и подчеркивая, что не на нем лежит ответственность за наблюдаемую разницу в пасхалиях, он просит единственно о том, чтобы ему было позволено жить в тишине лесной чащи рядом с костьми 17 уже умерших его братьев: «О, позвольте же нам жить с вами в этой Галлии, где мы сейчас находимся, так, как нам предназначено жить друг с другом на небесах, если нас сочтут достойными вступить туда». В защиту кельтских церковных обычаев Колумбан написал также три письма папе Григорию I Великому (590-604), из которых в Рим дошло лишь последнее, оставшееся, впрочем, без ответа: в нем он, в частности, впервые использовал выражение «tota Еuropa» для обозначения единого церковного и культурного пространства христианского мира. В другом, датируемом 607/608 г., письме Бонифацию III (607) или Бонифацию IV (608-615) Колумбан изъявляет желание поддерживать самые тесные контакты с каждым из Римских понтификов и даже духовно их навещать и утешать: «visitare spiritu et consolare» («Epistolae», III, 2). Впоследствии св. Евстахий Люксёйский, с 610/611 г. преемник Колумбана на посту аббата монастыря Люксёй, по всей видимости, отказался от практики использования ирландской пасхалии, поскольку соответствующих обвинений со стороны галльских епископов больше не было.
Колумбан вступил в открытый конфликт с бургундским двором, пороки которого он осуждал публично и со свойственным ему ригоризмом, не поддаваясь при этом ни на дары, ни на знаки почтения. Король Теодорих II (596—613), будучи сыном Хильдеберта II (575—596) и, соответственно, внуком Сигиберта I (561-575) — брата Гунтрамна Святого и мужа Брунгильды (566— 613), вел чрезвычайно распутную жизнь под опекунством своей бабки: так, Брунгильда специально поощряла его связи с наложницами, дабы не иметь королеву-соперницу. Несмотря на то что Теодорих II высоко ценил Колумбана и даже лично навещал его в монастыре Люксёй, уговаривая подчиниться обычаям и традициям его королевства, последний не только отказался благословить незаконнорожденных детей Теодориха II, но и пригрозил вообще отлучить короля от Церкви. В результате, воспользовавшись, в том числе, и настроенностью против Колумбана галльского клира, Теодорих II добился в 601 г. его изгнания и заключения в Безансоне вплоть до дальнейших распоряжений. Однако вскорости Колумбан чудесным образом бежал от стражи, освободив при этом и других узников, и вновь вернулся в Люксёй (где столь же чудесным образом долгое время был сокрыт от глаз королевских солдат). Наконец, в 610 г. Теодорих II и Брунгильда велели его арестовать и вместе с группой ирландских монахов посадить в Невере на корабль, дабы по Луаре доставить их в Нант с целью уже оттуда окончательно отправить назад, в Ирландию. По пути, в Туре, Колумбан поклонился могиле св. Мартина Турского и отослал письмо Теодориху II, в котором предсказал, что в течение трех лет он и его дети умрут; а уже из Нанта направил также прощальное послание своим, оставшимся в Люксёе, братьям («Epistola ad discipulos et monachos suos»). Но как только Колумбан и сопровождающие его монахи пересели на новое судно и вышли в море, поднялся шторм, выбросивший корабль на берег, после чего дальнейшее плаванье оказалось невозможным.
Оказавшись, таким образом, на свободе, Колумбан с учениками удалился в Суассон — к благоволившему ему королю Нейстрии Хлотарю II (584—629); однако несмотря на предложение последнего поселиться на подвластной ему территории, они в 611 г. направились далее в Мец — к королю Австразии Теодеберту II (596-612), брату Теодориха II Бургундского, а уже оттуда по Мозелю, Рейну, Аре и Лиммату — в Тугген на востоке Цюрихского озера: дабы подыскать себе подходящее место «для проповеди народам» (ad praedicandum nationes), а именно язычникам-алеманнам. Однако поскольку их проповедь там не была успешной, монахи в отчаяньи ушли в Арбон на востоке Боденского озера, откуда местный священник Виллимар (Willimarus) направил их в близлежащий Брегенц, где они возобновили миссионерскую деятельность. Здесь Колумбан не только уничтожил идолы местночтимых божеств и совершил чудо, силой собственного дыхания разбив вдребезги большой кувшин с пивом, предназначенным в качестве жертвоприношения верховному богу свевов Вотану («іllі aiunt se deo suo Vodano nomine»), но и освятил небольшую церковь Св. Аврелии (Ecclesia Sanctae Aureliae), поместив мощи святой под алтарем, а также, возможно, основал монастырь. Однако уже в 612 г. Колумбан, по-видимому, в том числе и по причине одержанной Теодорихом II победы над покровителем ирландского монаха Теодебертом II Австразийским, отправился через Альпы в Ломбардию; при этом один из его учеников, св. Галл, отказавшись от предложенного ему сана епископа Констанца, остался проповедовать на берегах Боденского озера: впоследствии над его гробницей будет воздвигнута церковь, которая станет центром основанного в 719 г. св. Отмаром аббатства Св. Галла (Гельвеция), а позднее и города Санкт-Галлена.
Позднее, в IX—XI вв., указанное аббатство прославят три знаменитых Ноткера: 1) бл. Ноткер Бальбул (Заика) — поэт, автор сорока объединенных в 884 г. в «Книгу гимнов» («Liber hymnorum») секвенций, стихотворного «Жития св. Галла» («Vita Sancti Galli», или «Metrum de vita Sancti Galli»), «Мартиролога» («Martyrologium»), а также «Деяний Карла Великого» («Gesta Caroli Magni imperatoris», ок. 885), написанных, судя по всему, по непосредственному указанию императора Карла III Толстого (881—887), приезжавшего в Санкт-Галлен в 883 г.; 2) бл. Ноткер Физик (Врач) - медик, художник, автор антифонов и гимнов («Rector aeterni metuende secli»), который по причине строгости нрава заслужил прозвище «Перечное Зерно» (Piperis Granum); и 3) Ноткер Лабеон (Губастый) — автор трактатов «Об искусстве риторики» («De arte rhetorica»), «О частях логики» («De partibus logicae»), посвященного пасхалии «Компутуса» («Computus») и ок. 30 комментариев к сочинениям античных писателей, а также переводчик на древневерхненемецкий (алеманнский) язык Книги Иова («Liber Jobi»), Псалтири («Liber Psalmorum»), трудов Аристотеля («De interpretatione»), Теренция («Andria»), Вергилия («Bucolica [Carmina]»), Боэция («De consolatione Philosophiae libri V»), Григория I Великого («Expositio in beatum Job seu Moralium libri XXXV») и части «Сатирикона, или О бракосочетании Филологии и Меркурия» («Satyricon sive De nuptiis Philologiae et Mercurii libri novem») Марциана Капеллы.