К сожалению, болгарский дезертир сообщил о предполагаемой вылазке туркам, и они успели подготовиться. Некоторое время после того, как гарнизон перебрался через ров, солдаты под командованием Боцариса, Кицоса, Цавеласа и Макриса ждали под огнем появления Караискакиса, но так и не дождались его. Тогда они с криками «Вперед!» бросились на осаждавших, перерезали артиллеристов и проложили себе дорогу к открытой местности; однако людей, оставшихся позади, охватила паника, они закричали: «Назад!» – и в ужасе побежали в город.
Те, кому удалось из него вырваться, попали в албанскую засаду, и уцелевшие в бою с трудом добрались до лагеря Караискакиса.
На следующее утро в город вошли войска Ибрахима, но встретили яростное сопротивление тех, кто в нем остался. Кто-то предпочел взорвать пороховые склады и погибнуть, чем попасть живыми в руки врага. Было подсчитано, что из тех, кто сумел бежать, выжило около 2 тысяч человек, а 3 тысячи было взято в плен. Среди тех, кто погиб, были Мейер, редактор газеты, выходившей в Месолонгионе, и магнат-патриот Патрас Пападиамантопопулос. Эти и подобные им люди подарили маленькому городу в Греции славу, которая будет жить столько же, сколько и весь греческий народ. Ежегодно в память о героической вылазке в нем проходит торжественная процессия. А вторая осада Месолонгиона заняла свое место среди других знаменитых осад в истории.
После падения этого неприступного места паши расстались: Ибрахим-паша вернулся в Морею и принялся ее грабить, а Решид Мехмед-паша остался, чтобы усмирить Западную Грецию. А тем временем новый поворот, который приняла война после вторжения египтян, заставил греков задуматься о мире. При этом они надеялись не потерять независимость, которая была куплена такой дорогой ценой – пятью годами непрерывных боев.
Внешние проблемы и домашние неурядицы убедили большую часть греков в том, что необходимо поискать защиты у какой-нибудь великой державы. Одна часть населения выступала за Россию, другая предлагала в качестве кандидата на греческий трон герцога де Немура, а третья мечтала о том, чтобы вся страна, подобно Ионическим островам, стала владением Великобритании. Это предложение было принято Ассамблеей в Нафплионе в августе 1825 года.
Решение греческого народа усилило позицию Джорджа Каннинга, британского министра иностранных дел, а Стратфорд Каннинг, новый британский посол в Стамбуле, направляясь в Англию, встретился с Маврокордатосом на острове Идра, чтобы обсудить условия британского посредничества. Ассамблея дала послу все полномочия для проведения переговоров от имени Греции, включая остров Крит, как подчиненной автономии под суверенитетом султана.
А тем временем герцог Веллингтон убедил нового русского царя Николая I ратифицировать подписанный 4 апреля 1826 года протокол, который даровал бы грекам, при условии выплаты ежегодной дани султану, эксклюзивное право на управление своими внутренними делами. Это был первый эффективный экономический шаг мировых держав в деле обеспечения независимости Греции.
Летом 1826 года Решид Мехмед перешел из Западной Греции в Аттику, чтобы осуществить следующую важную операцию войны – осаду Афин. 15 августа он взял город штурмом, заставив его защитников запереться в Акрополе; ими тогда командовал Караискакис, которого вновь избранный исполнительный комитет под председательством Андрея Заимиса назначил главнокомандующим в Восточной Греции. Ему вместе с полковником Фавье, опытным французским офицером, греческое правительство поручило создать регулярную армию, после чего они предприняли попытку освободить город. Турки разгромили греческие войска у Чайдари, неподалеку от монастыря Дафны, и продолжали обстреливать Акрополь, как это делал Морозини 140 лет до этого, и рыть подкоп в театре Одеон Герода Аттика.
Положение греческого гарнизона сделалось отчаянным после того, как его командир был застрелен во время ночного обхода позиций. Но Криезотис, храбрый вождь иррегулярных войск, сумел пройти через линии турок и войти в крепость, а Фавье 13 декабря последовал за ним, приведя с собой крупное пополнение. Однако это только ухудшило положение осажденных, ибо в Акрополе и без того уже скопилось много народу. Несмотря на фирман, полученный Стратфордом Каннингом, который запрещал обстрел древних памятников архитектуры, в храме Эрехтейон обрушилась крыша, похоронив под своими обломками несколько афинских женщин.
Военные несколько раз пытались снять осаду Акрополя. Генерал Гордон, историк революции, 5 февраля 1827 года занял Муникию, а полковник Бурбаки, кефаллонец, служивший когда-то во французской армии, подошел к Афинам с северо-запада. Но обе эти атаки потерпели крах; Бурбаки погиб на равнине около Каматерона, и его голову отослали в Стамбул; Гордону пришлось оборонять Муникию. Не повезло и полковнику Хайдеку, агенту короля Баварии, горячо выступавшему за свободу Греции; его наступление на Оропос закончилось провалом. Тогда командование было поручено двум выдающимся британским офицерам – лорду Кохрейну, который когда-то служил в Южной Америке, и сэру Ричарду Чёрчу, сражавшемуся в Египте, Италии, на Ионических островах, где он был ранен, свел знакомство с Колокотронисом и другими греческими вождями и заслужил их уважение. Весной 1827 года оба этих английских офицера приняли на себя командование морскими и сухопутными силами Греции. Кохрейн возглавил флот, а Чёрч – армию. Оба сосредоточили свои усилия на Пирее, а Караискакис им помогал.