Разуверившись окончательно в большевиках и в своей работе, он отказался от новых высоких назначений (от назначения торгпредом за границу, сделанного ему Красиным) и перешел на агрономическую работу. Будучи уроженцем Латвии, он подал в латвийское посольство в Москве заявление об оптации латвийского гражданства. Это заявление было удовлетворено с одновременным разрешением въезда в Латвию. В 1922 г. он организовал Общество Русско-Германского сближения, состоявшее из ученых, техников и разных общественных деятелей, и в том же году, по приглашении приехавшей в Москву норвежской экономической делегации, стал уполномоченным делегации по переговорами с советским правительством по ряду важных экономических вопросов.
10-го мая 1923 г., за несколько недель до предполагавшегося отъезда Бруновского с семьей в Латвию, его, по ордеру ГПУ, арестовали.
Заместитель Дзержинскаго, Уншлихт, заявил ему, что скоро будет начать грандиозный показательный процесс о шпионской работе Англии в СССР, и что Бруновский мог бы оказать громадную услугу ГПУ, если б он согласился взять на себя в этом процессе роль уполномоченного английского правительства по производству шпионажа в СССР. — Уншлихт вместе с тем заверил Бруновского, что по поводу его осуждения в порядке процесса ему беспокоиться не приходится, ибо ему будет предоставлена возможность, после процесса, жить под чужою фамилией, в любом месте СССР. Равным образом, будут найдены способы вознаградить его по его усмотрению.
Бруновский от этого гнусного предложения категорически отказался и остался непреклонным, несмотря на все застращивания и на резкое ухудшение применявшегося к нему, во «внутренней тюрьме» на Лубянке, тюремного режима.
Бруновского, по обвинению в экономическом шпионаже в пользу Англии, Норвегии и других государств, предали суду, его дело слушалось 29 сентября 1923 года в Московском Военно-Революционном Трибунале при закрытых дверях и было направлено к доследованию, «в целях выяснения той роли, которую Бруновский сыграл в концессионной политике СССР».
Второй раз дело слушалось 10–11 декабря 1923 г. в Военной Коллегии Верховного Суда Республики, при закрытых дверях, по обвинению «Бруновского, Владимира Христиановича, 37 лет, латвийского подданного, без определенных занятий, ученого агронома, в преступлениях, предусмотренных ст. 66 часть 1 Уголовного Кодекса» (т. е. в шпионаже).
Бруновский был найден виновным «в собирании сведений, носящих характер государственной тайны и в сообщении их отдельным представителям иностранных государств» и приговорен к расстрелу.
Каким-то чудом Бруновскому — в то время, когда его везли на автомобиле из тюрьмы в суд — удалось выбросить на улицу, около условленного места, где стояла его сестра, обвинительный акт по его делу, который был поднят его сестрою и предъявлен его женою и сестрою английскому, норвежскому и латвийскому посольствам в Москве, как доказательство обвинения невинного человека в тягчайшем государственном преступлении. Английский поверенный в делах г. Ходжсон и норвежский посланник г. Якхельн предприняли энергичные шаги в народном комиссариате иностранных дел, а латвийское правительство заявило протест посредством вербальной ноты. Этим путем удалось предотвратить расстрел.
После этого Бруновский еще целые три года просидел в разных тюрьмах Москвы в качестве «смертника», вынося невероятные, прямо ужасающие мытарства, неоднократно объявлял голодовку и обструкцию и несколько раз был брошен в карцер и прикручен веревками к койке.
В конце концов, Бруновский — вместе со своей женою и сестрою, также арестованными после вынесенного над ним смертного приговора, и совместно с другими арестованными латвийскими гражданами — был обменен 31-го декабря 1926 года против осужденных и содержавшихся в Рижской Центральной Тюрьме коммунистов — агентов ГПУ в Латвии.
Случай с Бруновским далеко не единичный. Он во всяком случае явственно показывает, что ожидает беспартийного спеца, попавшего на скамью подсудимых по обвинению в экономическом шпионаже. Не подлежит ни малейшему сомнению, что Бруновский — совершенно невинный в возведенном на него обвинении — был бы расстрелян, если б он случайно не оказался латвийским гражданином и за него не заступились бы своевременно иностранные посольства.
Внесудебное преследование преступлений. Дело Волина