Стредлинг оставил своего штурмана, снабдив его платьем, постелью, ружьем, порохом, посудой, книгами и навигационными инструментами. Селкирк оказался в лучшем положении, чем все его предшественники. Но когда «Пять Портов» собиралось уходить, строптивый шотландец одумался и умолял не бросать его. Однако капитану надоели выходки Селкирка, и он остался глух к его мольбам.
Первое время Селкирк очень тосковал. Но шли недели, приближалась зима, надо было думать о будущем. Селкирк построил две хижины на небольшом расстоянии одна от другой, покрыл крыши тростником, стены выложил козьими шкурами. Одна хижина, поменьше, служила кухней, вторая была спальней. Ради экономии пороха Селкирк решил собирать на берегу моллюсков. На его счастье, там в изобилии водились не только моллюски, но и черепахи. Их мясо, нежное и вкусное, сначала очень понравилось Селкирку, но вскоре он им пресытился. Пришлось перейти на козлятину, как ни жаль было скудных запасов пороха. Мясо он приготавливал вместе с плодами перечного дерева. Из этого же ароматичного дерева он запасал себе свечи и дрова. Без соли и хлеба очень трудно приходилось первые недели, поэтому ел Селкирк только в минуты крайнего голода. Желая всегда иметь в запасе свежее мясо, он поймал несколько козлят и подрезал им сухожилия ног так, чтобы они не могли далеко убежать от хижины.
Износилась одежда, стерся нож, кончился порох. Селкирк сшил себе костюм из козьих шкур, вытягивая нитки из своих чулок, сделал нож из железного обруча, который нашел на берегу. И отсутствие пороха не причиняло уже больших неудобств — Селкирк научился бегать так, что свободно догонял коз. Правда, однажды, преследуя козу и, уже схватив ее на краю обрыва, он оступился и упал вниз. От удара он потерял сознание, а когда очнулся, почувствовал, что лежит на мертвой козе. То, что он упал на козу, спасло его. Он пролежал больше трех дней.
В 1708 году во время войны за испанское наследство два английских корабля «Герцог» и «Герцогиня» под командой капитана Вудза Роджерса отправились каперствовать к берегам Южной Америки. В январе 1709 года английские корабли бросили якорь в Кемберлендском заливе острова Хуан-Фернандес. На остров выслали лодку, которая привезла оттуда массу раков и человека в козьих шкурах. Он весь зарос волосами и произносил только обрывки слов. Это был Александр Селкирк. Он рассказал, что прежде несколько раз видел корабли, проходившие вблизи острова. Дважды Хуан-Фернандес посещали испанцы, гонялись за Селкирком, но поймать не могли и ограничивались тем, что, отплывая, давали по острову орудийный залп. На сей раз Селкирк тотчас признал в «Герцоге» и «Герцогине» английские корабли и развел на берегу костер, чтобы привлечь внимание. Огонь увидели.
Селкирку предлагали водку, но он отказался, боясь, что водка может ему повредить. Только через несколько дней он мог приняться за кушанья, которых не пробовал более четырех лет.
Роджерс взял Селкирка к себе в помощники. Пираты грабили и уводили испанские суда, то есть брали призы, как тогда говорили. Селкирк с особенным рвением принялся за прежнее дело. В скором времени Роджерс назначил его командиром одного призового судна, потом перевел на такое же судно подшкипером.
Вскоре после опубликования статьи Стила в «Англичанине» в Лондоне появилась брошюра с интригующим названием: «Вмешательство провидения, или удивительное описание приключений некоего Александра Селкирка, написанные его собственной рукой». Вряд ли это творение привлекло бы внимание потомства, если бы шесть лет спустя не вышла в свет книга с еще более длинным названием, но несравненно более значительным содержанием, в основу которого тоже были положены приключения Селкирка: «Жизнь и удивительные приключения Робинзона Крузо, моряка из Йорка, прожившего двадцать восемь лет в полном одиночестве на необитаемом острове у берегов Америки, близ устья реки Ориноко, куда он был выброшен кораблекрушением, во время которого весь экипаж корабля, кроме него, погиб, с изложением его неожиданного освобождения пиратами, написанные им самим». Только благодаря этому сочинению Александр Селкирк получил бессмертие.
Впрочем, он не мог предполагать это весной 1712 года, когда вернулся на родину в Ларго. Привычка ли к одиночеству или что-либо другое сыграло роль, но Селкирк поступил несколько неожиданно: в отцовском саду он выстроил грот и жил в нем отшельником, предаваясь, по словам биографа, благочестивым размышлениям. Правда, эта высоконравственная жизнь довольно скоро кончилась. Во всяком случае известно, что в 1713 году он судился за избиение некого Ричарда Нетла, судостроителя. И это не единственное дело, которое привлекало к Селкирку внимание полиции. Умер Селкирк 12 декабря 1721 года на корабле «Веймут» в должности помощника капитана.