Матюшкин наизусть помнил этот посвященный ему отрывок из стихотворения, сочиненного Пушкиным в одну из годовщин основания «лицейской республики». Примечательно, что слова «блуждающая судьба» Пушкин употребил не только по отношению к Матюшкину, но и применительно к себе (в «Евгении Онегине»). Поистине их сердца были «единой страстью полны». О теплых дружеских чувствах к «питомцу моря» свидетельствует и напутствие поэта в послании брату Лайону: «Поцелуй Матюшкина, люби и почитай Александра Пушкина».
Дата «19 октября» свято почиталась всеми лицеистами. Этот день, как правило, не обходился без традиционной приятельской встречи, на которую собирались все, кого только можно было отыскать из питомцев Лицея «старого чекана». На таких вечерах после 1825 года часто поминались имена ссыльных декабристов: связь с «государственными преступниками» не прерывалась. Матюшкин особенно много переписывался с Иваном Пущиным, для которого он, даже став сенатором, «превосходительством», был по-прежнему «веселым Федернелке».
В феврале 1853 года на имя Матюшкина из Ялуторовска пришла восторженная благодарность Пущина за фортепиано, которое вскладчину приобрели для дочери декабриста и отправили за Урал его друзья — петербургские лицеисты «первого призыва»: «Принимаю ваш подарок с тем же чувством, с которым вы его послали мне, далекому. Спасибо вам, от души спасибо! Разделите между собой мой признательный крик, как я нераздельно принимаю ваше старое лицейское воспоминание. Фортепиано в Сибири будет известно под именем лицейского…»
О близости Матюшкина к идеям декабризма, о его высоком патриотизме говорит, в частности, тот факт, что именно ему адресовал Пущин из сибирской ссылки свои размышления такого рода: «Я все надеюсь, что не с гнилого Запада явится заря, а с Востока, то есть от соединения славянских племен. Это будет прочнее всех вспышек и потом реакций, отдаляющих жестоко самое дело. У меня это idée fixe, и я все подвожу к этому подготовлению: много тут основных начал, несознательно ведущих к желаемым изменениям, без которых нет блага под луной. Вот куда меня забросила мечта, будто бы я с тобой говорю, — ты, может быть, примешь меня за сумасшедшего. Пусть так; только это состояние отрадное — вера в человечество, стремящееся, несмотря на все закоулки, к чему-нибудь высокому, хорошему, благому. Без этой веры темно жить».
Черное море сменили свинцовые воды Балтики, куда Матюшкина перевели уже в чине контр-адмирала. Затем его знания и десятилетиями накопленный практический опыт понадобились в Морском министерстве. Солидная министерская должность была ему меньше по душе, чем вождение фрегатов, но пришлось смириться, тем более что давал себя знать возраст и подкравшиеся с ним недомогания. Матюшкин прошел головнинскую и лазаревскую школу, взгляды его отличались подлинным демократизмом, и заботила его в первую очередь не собственная карьера, а состояние отечественного флота, им двигало высокое стремление принести максимальную пользу родине. Когда в 1851 году ему предложили высказать суждение по поводу проекта нового Морского устава, то он воспользовался случаем, чтобы довести до начальства свое мнение о невыносимо тягостном положении «нижних чинов» на флоте: «Не надобно матроса считать не человеком, машиною; молиться, ходить, спать, сидеть, петь, плясать по дудке убивает человека, сначала морально, потом физически… Человека более всего поддерживает надежда, предположение, мечты. Имеет ли их матрос? Через 20 лет службы он возвращается на родину в поношенной шинели. Вот все, что он видит впереди…»
В Крымскую войну Матюшкин руководил укреплением Свеаборга — российского аванпоста на Балтийском море, который устоял против мощной армады, не допустив неприятеля к столице. Год окончания войны принес ему звание вице-адмирала, а хоронили Матюшкина тоскливой петербургской осенью 1872 года в мундире полного адмирала. «Адмиральские орлы были честно заслужены им, заслужены не в передних Петербурга, — справедливо отмечает биограф, — а в плаваниях, скитаниях, походах и сражениях».